SAXSdb — 1re0

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1re0
沉积日期 deposition_date	2003-11-06
结构标题 title	Structure of ARF1-GDP bound to Sec7 domain complexed with Brefeldin A
关键词 keywords	all-helical, alph-beta, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.17 Å
零角强度 I(0) i0	29968500.00
分子量 molecular_weight	41959.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52527 Å³
包络体积 envelope_volume	64006 Å³
水化壳体积 shell_volume	23668 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.39 Å
包络 Rg envelope_rg	23.43 Å
形状 Rg shape_rg	23.16 Å
总 Rg total_rg	23.96 Å
总原子数 total_atoms	2949
残基数 n_residues	357
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8550
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.215
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5886000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.747; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.988

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor 1
分子量 formula_weight	18822.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3062

MRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	ARF guanine-nucleotide exchange factor 1
分子量 formula_weight	25418.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHMASDRKTEFILCVETFNEKAKKGIQMLIEKGFIDSDSNRDIASFLFLNNGRLNKKTIGLLLCDPKKTSLLKEFIDLFDFKGLRVDEAIRILLTKFRLPGESQQIERIVEAFSSKYSADQSNDKVELEDKKAGKNGSESMTEDDIIHVQPDADSVFVLSYSIIMLNTDSHNPQVKDHMTFDDYSNNLRGCYNGKDFPRWYLHKIYTSIKVKEIVMPEEH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,6,7,8,9,11A,12,13,14,14A-DECAHYDRO-1,13-DIHYDROXY-6-METHYL-4H-CYCLOPENT[F]OXACYCLOTRIDECIN-4-ONE
分子量 formula_weight	280.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	113

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1re0a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1re0b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.3 — Sec7 domain
家族 Family family	a.118.3.1 — Sec7 domain

结构域编号 domain_id	d1re0b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1re0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1re0B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	220 — Annexin V; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1re0B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1000 — Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.725 Å
晶胞边长 b length_b	72.294 Å
晶胞边长 c length_c	119.632 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	19.950 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/re/1re0/1re0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/re/1re0/1re0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/re/1re0/1re0.dat

Structure of ARF1-GDP bound to Sec7 domain complexed with Brefeldin A

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)