SAXSdb — 1rh5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Preprotein translocase secY subunit

Methanocaldococcus jannaschii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Preprotein translocase secE subunit × 1 （Q57817） SecBeta × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECY_METJA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–436； UniProt 1–436

Preprotein translocase secE subunit

Methanocaldococcus jannaschii

UniProt Q57817

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Preprotein translocase secY subunit × 1 （Q60175） SecBeta × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECE_METJA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rh5
沉积日期 deposition_date	2003-11-13
结构标题 title	The structure of a protein conducting channel
关键词 keywords	Protein translocation, SecY, Membrane Protein, Protein Channels, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1rh5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1rh5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1rh5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.64 Å
Rg（电子密度）	23.72 Å
总 Rg	24.76 Å
原子数	3852
残基数	498
排除体积	71445 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1rh5__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Preprotein translocase secY subunit
分子量 formula_weight	47512.9 kDa
突变 mutation	R422K, T423V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3852

MKKLIPILEKIPEVELPVKEITFKEKLKWTGIVLVLYFIMGCIDVYTAGAQIPAIFEFWQTITASRIGTLITLGIGPIVTAGIIMQLLVGSGIIQMDLSIPENRALFQGCQKLLSIIMCFVEAVLFVGAGAFGILTPLLAFLVIIQIAFGSIILIYLDEIVSKYGIGSGIGLFIAAGVSQTIFVGALGPEGYLWKFLNSLIQGVPNIEYIAPIIGTIIVFLMVVYAECMRVEIPLAHGRIKGAVGKYPIKFVYVSNIPVILAAALFANIQLWGLALYRMGIPILGHYEGGRAVDGIAYYLSTPYGLSSVISDPIHAIVYMIAMIITCVMFGIFWVETTGLDPKSMAKRIGSLGMAIKGFRKSEKAIEHRLKRYIPPLTVMSSAFVGFLATIANFIGALGGGTGVLLTVSIVYRMYEQLLRERTSELHPAIAKLLNK

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Preprotein translocase secE subunit
分子量 formula_weight	8451.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKTDFNQKIEQLKEFIEECRRVWLVLKKPTKDEYLAVAKVTALGISLLGIIGYIIHVPATYIKGILKPPTTPRV

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SecBeta
分子量 formula_weight	5967.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSKREETGLATSAGLIRYMDETFSKIRVKPEHVIGVTVAFVIIEAILTYGRFL

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1rh5a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.41 — Preprotein translocase SecY subunit
超家族 Superfamily superfamily	f.41.1 — Preprotein translocase SecY subunit
家族 Family family	f.41.1.1 — Preprotein translocase SecY subunit

结构域编号 domain_id	d1rh5b_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.28 — Preprotein translocase SecE subunit
家族 Family family	f.23.28.1 — Preprotein translocase SecE subunit

结构域编号 domain_id	d1rh5c_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.6 — Sec-beta or SecG subunit of protein translocation channel
家族 Family family	f.17.6.1 — Sec-beta subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1rh5A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3370 — Preprotein translocase SecY subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecY subunit domain

结构域编号 domain_id	1rh5B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	820 — Preprotein translocase SecE subunit

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晶胞边长 a length_a	102.930 Å
晶胞边长 b length_b	156.650 Å
晶胞边长 c length_c	69.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2420
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2880

The structure of a protein conducting channel

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Preprotein translocase secY subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Preprotein translocase secE subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rh5__assembly_1__model_1

1rh5__assembly_1__model_1 | I(q)

1rh5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of a protein conducting channel

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Preprotein translocase secY subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Preprotein translocase secE subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rh5__assembly_1__model_1

1rh5__assembly_1__model_1 | I(q)

1rh5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)