1rp3

Cocrystal structure of the flagellar sigma/anti-sigma complex, Sigma-28/FlgM

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)

Aquifex aeolicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O67268_AQUAE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–239； UniProt 1–236 作者链 C； PDB构建体 4–239； UniProt 1–236 作者链 E； PDB构建体 4–239； UniProt 1–236 作者链 G； PDB构建体 4–239； UniProt 1–236 作者链 B； PDB构建体 1–88； UniProt 43–100 作者链 D； PDB构建体 1–88； UniProt 43–100 作者链 F； PDB构建体 1–88； UniProt 43–100 作者链 H； PDB构建体 1–88； UniProt 43–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rp3
沉积日期 deposition_date	2003-12-02
结构标题 title	Cocrystal structure of the flagellar sigma/anti-sigma complex, Sigma-28/FlgM
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, SIGMA FACTOR; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1rp3__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1rp3__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1rp3__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.17 Å
Rg（电子密度）	20.89 Å
总 Rg	21.78 Å
原子数	2216
残基数	299
排除体积	39737 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1rp3__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1rp3__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1rp3__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1rp3__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)
分子量 formula_weight	27735.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	9110

GSHMKNPYSNQIEREELILKYLPLVKAIATNIKKHLPEDVDIRDLISYGVIGLIKAVDNLSTENPKRAEAYIKLRIKGAIYDYLRSLDFGSRQVREKERRIKEVVEKLKEKLGREPTDEEVAKELGISTEELFKTLDKINFSYILSLEEVFRDFARDYSELIPSSTNVEEEVIKRELTEKVKEAVSKLPEREKLVIQLIFYEELPAKEVAKILETSVSRVSQLKAKALERLREMLSNPL

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	63363
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	anti sigma factor FlgM
分子量 formula_weight	10257.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MVNRIELSRLIGLLLETEKRKNTEQKESGTNKIEDKVTLSKIAQELSKNDVEEKDLEKKVKELKEKIEKGEYEVSDEKVVKGLIEFFT

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	63363
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	73

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

结构域编号 domain_id	d1rp3a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.4.13.1 — Sigma3 domain

结构域编号 domain_id	d1rp3a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.4.13.2 — Sigma4 domain

结构域编号 domain_id	d1rp3a3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.177 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
超家族 Superfamily superfamily	a.177.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.177.1.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors

结构域编号 domain_id	d1rp3a4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1rp3b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.11 — Anti-sigma factor FlgM
家族 Family family	a.137.11.1 — Anti-sigma factor FlgM

结构域编号 domain_id	d1rp3c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.4.13.1 — Sigma3 domain

结构域编号 domain_id	d1rp3c2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.4.13.2 — Sigma4 domain

结构域编号 domain_id	d1rp3c3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.177 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
超家族 Superfamily superfamily	a.177.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.177.1.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors

结构域编号 domain_id	d1rp3d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.11 — Anti-sigma factor FlgM
家族 Family family	a.137.11.1 — Anti-sigma factor FlgM

结构域编号 domain_id	d1rp3e1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.4.13.1 — Sigma3 domain

结构域编号 domain_id	d1rp3e2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.4.13.2 — Sigma4 domain

结构域编号 domain_id	d1rp3e3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.177 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
超家族 Superfamily superfamily	a.177.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.177.1.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors

结构域编号 domain_id	d1rp3f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.11 — Anti-sigma factor FlgM
家族 Family family	a.137.11.1 — Anti-sigma factor FlgM

结构域编号 domain_id	d1rp3g1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.4.13.1 — Sigma3 domain

结构域编号 domain_id	d1rp3g2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.4.13.2 — Sigma4 domain

结构域编号 domain_id	d1rp3g3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.177 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
超家族 Superfamily superfamily	a.177.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.177.1.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors

结构域编号 domain_id	d1rp3h_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.11 — Anti-sigma factor FlgM
家族 Family family	a.137.11.1 — Anti-sigma factor FlgM

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	1rp3A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1740 — Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif

结构域编号 domain_id	1rp3A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — PhyR, sigma-like (SL) domain

结构域编号 domain_id	1rp3B01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	1rp3B02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Anti-sigma-28 factor FlgM

结构域编号 domain_id	1rp3C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1740 — Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif

结构域编号 domain_id	1rp3C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — PhyR, sigma-like (SL) domain

结构域编号 domain_id	1rp3D01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	1rp3D02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Anti-sigma-28 factor FlgM

结构域编号 domain_id	1rp3E01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1740 — Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif

结构域编号 domain_id	1rp3E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — PhyR, sigma-like (SL) domain

结构域编号 domain_id	1rp3F01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	1rp3F02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Anti-sigma-28 factor FlgM

结构域编号 domain_id	1rp3G01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1740 — Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif

结构域编号 domain_id	1rp3G02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — PhyR, sigma-like (SL) domain

结构域编号 domain_id	1rp3H01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

结构域编号 domain_id	1rp3H02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Anti-sigma-28 factor FlgM

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晶胞边长 a length_a	76.388 Å
晶胞边长 b length_b	119.666 Å
晶胞边长 c length_c	100.056 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	29.920 Å
R 因子 r_factor	0.2420
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2620

Cocrystal structure of the flagellar sigma/anti-sigma complex, Sigma-28/FlgM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rp3__assembly_3__model_1

1rp3__assembly_3__model_1 | I(q)

1rp3__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Cocrystal structure of the flagellar sigma/anti-sigma complex, Sigma-28/FlgM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase sigma factor SIGMA-28 (FliA)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1rp3__assembly_3__model_1

1rp3__assembly_3__model_1 | I(q)

1rp3__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)