1rp4

Structure of Ero1p, Source of Disulfide Bonds for Oxidative Protein Folding in the Cell

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rp4
沉积日期 deposition_date	2003-12-03
结构标题 title	Structure of Ero1p, Source of Disulfide Bonds for Oxidative Protein Folding in the Cell
关键词 keywords	flavoenzyme, disulfide bonds, CXXCXXC, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.74 Å
零角强度 I(0) i0	34782900.00
分子量 molecular_weight	44116.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54377 Å³
包络体积 envelope_volume	63734 Å³
水化壳体积 shell_volume	24927 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.23 Å
包络 Rg envelope_rg	21.29 Å
形状 Rg shape_rg	20.76 Å
总 Rg total_rg	21.60 Å
总原子数 total_atoms	3067
残基数 n_residues	367
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34780000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7945
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.207
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.288
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8316000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Hypothetical 65.0 kDa protein in COX14-COS3 intergenic region precursor
分子量 formula_weight	45179.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3169

GSHHHHHHSSGLVPRGSFNELNAINENIRDDLSALLKSDFFKYFRLDLYKQCSFWDANDGLCLNRACSVDVVEDWDTLPEYWQPEILGSFNNDTMKEADDSDDECKFLDQLCQTSKKPVDIEDTINYCDVNDFNGKNAVLIDLTANPERFTGYGGKQAGQIWSTIYQDNCFTIGETGESLAKDAFYRLVSGFHASIGTHLSKEYLNTKTGKWEPNLDLFMARIGNFPDRVTNMYFNYAVVAKALWKIQPYLPEFSFCDLVNKEIKNKMDNVISQLDTKIFNEDLVFANDLSLTLKDEFRSRFKNVTKIMDCVQCDRCRLWGKIQTTGYATALKILFEINDADEFTKQHIVGKLTKYELIALLQTFGRLSESIESVNMFEKMYGKRLLER

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	1-ETHYL-PYRROLIDINE-2,5-DIONE
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	102

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1rp4a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.227 — ERO1-like
超家族 Superfamily superfamily	a.227.1 — ERO1-like
家族 Family family	a.227.1.1 — ERO1-like

结构域编号 domain_id	d1rp4a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1rp4a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.470 Å
晶胞边长 b length_b	134.330 Å
晶胞边长 c length_c	102.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/rp/1rp4/1rp4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rp/1rp4/1rp4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rp/1rp4/1rp4.dat