1rpy

CRYSTAL STRUCTURE OF THE DIMERIC SH2 DOMAIN OF APS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 53.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

adaptor protein APS

Rattus norvegicus

UniProt Q9Z200

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 401–510 链 B; UniProt 401–510 片段:SH2 domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;Ammonium sulfate/tris, pH 7.5, pH 7.50 分辨率 2.30 Å R-free 0.270
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 401–510 链 B; UniProt 401–510 片段:SH2 domain 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;Ammonium sulfate/tris, pH 7.5, pH 7.50 分辨率 2.30 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 APS_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–114; UniProt 401–510 作者链 B; PDB构建体 5–114; UniProt 401–510

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1rpy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1rpy
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1rpy
沉积日期 deposition_date2003-12-03
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE DIMERIC SH2 DOMAIN OF APS
关键词 keywordsADAPTER PROTEIN, SH2 DOMAIN, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.71
零角强度 I(0) i07333390.00
分子量 molecular_weight19477.0 kDa
排除体积 excluded_volume24233 ų
包络体积 envelope_volume27805 ų
水化壳体积 shell_volume14870 ų
包络直径 envelope_diameter55.2
壳层 Rg shell_rg21.62
包络 Rg envelope_rg16.08
形状 Rg shape_rg15.66
总 Rg total_rg16.90
总原子数 total_atoms1370
残基数 n_residues166
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.9
Rg (实空间) rg_real16.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real7.3330e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.9690e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7333000.0000
解质量估计 total_estimate0.8169
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.0
偏度 Skewness skewness0.070
峰度 Kurtosis kurtosis-0.447
角度范围 angular_range— – 0.4700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha982800.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1rpya_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.1 — SH2 domain
结构域编号 domain_idd1rpyb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamilyd.93.1 — SH2 domain
家族 Family familyd.93.1.1 — SH2 domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1rpyA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
结构域编号 domain_id1rpyB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)