1s6u

Solution structure and backbone dynamics of the Cu(I) form of the second metal-binding domain of the Menkes protein ATP7A

Method: SOLUTION NMR Dmax: 40.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Copper-transporting ATPase 1

Homo sapiens

UniProt Q04656

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 169–240 片段:Second domain of ATP7A CU1 COPPER (I) ION × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)100 mM phosphate;压力 ambient NMR样品组成:1 mM protein, 1:1 copper(I) | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:1 mM protein U-15N, 1:1 copper(I) | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:1 mM protein U-15N,13C, 1:1 copper(I) | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP7A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–72; UniProt 169–240

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1s6u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1s6u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1s6u
沉积日期 deposition_date2004-01-27
结构标题 titleSolution structure and backbone dynamics of the Cu(I) form of the second metal-binding domain of the Menkes protein ATP7A
关键词 keywordscopper homeostasis, metal transport, Menkes, Structural Proteomics in Europe, SPINE, Structural Genomics, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.69
零角强度 I(0) i0888217000.00
分子量 molecular_weight255380.0 kDa
排除体积 excluded_volume321190 ų
包络体积 envelope_volume19086 ų
水化壳体积 shell_volume11908 ų
包络直径 envelope_diameter44.0
壳层 Rg shell_rg19.38
包络 Rg envelope_rg14.06
形状 Rg shape_rg11.67
总 Rg total_rg11.89
总原子数 total_atoms36240
残基数 n_residues2280
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.2
Rg (实空间) rg_real11.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real8.8820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0210e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal888200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8640
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.8
偏度 Skewness skewness0.121
峰度 Kurtosis kurtosis-0.299
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha107800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.744; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1s6ua1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.17 — HMA, heavy metal-associated domain
家族 Family familyd.58.17.1 — HMA, heavy metal-associated domain
结构域编号 domain_idd1s6ua2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1s6uA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)