SAXSdb — 1si8

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1si8
沉积日期 deposition_date	2004-02-28
结构标题 title	Crystal structure of E. faecalis catalase
关键词 keywords	N-terminal arm; anti-parallel beta-barrel; wrapping region; C-terminal helical region; tetramer; heme group, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.45 Å
零角强度 I(0) i0	724038000.00
分子量 molecular_weight	216550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	268990 Å³
包络体积 envelope_volume	319710 Å³
水化壳体积 shell_volume	69826 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.3 Å
壳层 Rg shell_rg	45.57 Å
包络 Rg envelope_rg	35.61 Å
形状 Rg shape_rg	35.42 Å
总 Rg total_rg	36.12 Å
总原子数 total_atoms	15314
残基数 n_residues	1896
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.1 Å
Rg (实空间) rg_real	35.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	724100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8988
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.148
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	254600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.913

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Catalase
分子量 formula_weight	54677.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16509

MKNQHLTTSQGSPVGDNQNSLTAGEFGPVLIQDVHLLEKLAHFNRERVPERVVHAKGAGAHGIFKVSQSMAQYTKADFLSEVGKETPLFARFSTVAGELGSSDTLRDPRGFALKFYTDEGNYDLVGNNTPIFFIRDAIKFPDFIHSQKRNPRTHLKSPEAVWDFWSHSPESLHQVTILMSDRGIPLSFRHMHGFGSHTFKWVNAAGEVFFVKYHFKTNQGIKNLESQLAEEIAGKNPDFHIEDLHNAIENQEFPSWTLSVQIIPYADALTMKETLFDVTKTVSQKEYPLIEVGTMTLNRNPENYFAEVEQVTFSPGNFVPGIEASPDKLLQGRLFAYGDAHRHRVGANSHQLPINQAKAPVNNYQKDGNMRFNNGNSEINYEPNSYTETPKEDPTAKISSFEVEGNVGNYSYNQDHFTQANALYNLLPSEEKENLINNIAASLGQVKNQEIIARQIDLFTRVNPEYGARVAQAIKQQAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226185
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1195

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1si8a_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

结构域编号 domain_id	d1si8b_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

结构域编号 domain_id	d1si8c_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

结构域编号 domain_id	d1si8d_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family family	e.5.1.1 — Heme-dependent catalases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1si8A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	1si8B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	1si8C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

结构域编号 domain_id	1si8D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Catalase core domain

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	236.860 Å
晶胞边长 b length_b	236.860 Å
晶胞边长 c length_c	198.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2180

fit	/app/data/saxs_computation/si/1si8/1si8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/si/1si8/1si8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/si/1si8/1si8.dat

Crystal structure of E. faecalis catalase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction