1siz

Crystal structure of the [Fe3S4]-ferredoxin from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin

Pyrococcus furiosus

UniProt P29603

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 COBALT (III) ION × 4 FE3-S4 CLUSTER × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FER_PYRFU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–66; UniProt 1–66 作者链 C; PDB构建体 1–66; UniProt 1–66

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1siz
沉积日期 deposition_date2004-03-02
结构标题 titleCrystal structure of the [Fe3S4]-ferredoxin from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus
关键词 keywordsthermostability, iron-sulfur clusters, dimer, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1siz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1siz__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1siz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)17.39 Å
Rg(电子密度)16.39 Å
总 Rg17.38 Å
原子数1010
残基数132
排除体积18021 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1siz__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1siza_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family familyd.58.1.4 — Single 4Fe-4S cluster ferredoxin
结构域编号 domain_idd1sizc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family familyd.58.1.4 — Single 4Fe-4S cluster ferredoxin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1sizA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id1sizC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
▶

7. 引用文献 (1)