← 返回搜索
1sqn

Progesterone Receptor Ligand Binding Domain with bound Norethindrone

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.0 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

progesterone receptor

Homo sapiens

UniProt P06401

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 673–933 片段：residues 676-933, ligand binding domain NDR (14beta,17alpha)-17-ethynyl-17-hydroxyestr-4-en-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；PEG 1000, Li2SO4. hepes pH 6.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K 分辨率 1.45 Å R-free 0.216
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 673–933 片段：residues 676-933, ligand binding domain NDR (14beta,17alpha)-17-ethynyl-17-hydroxyestr-4-en-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；PEG 1000, Li2SO4. hepes pH 6.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K 分辨率 1.45 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1SQN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A28 HORMONE-BOUND HUMAN PROGESTERONE RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN 提交 1998-01-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN
未记录 STR PROGESTERONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2% PEG 4000, 50 MM PIPES PH 6.5, 350 MM LI2SO4, THEN STABILIZED IN THE SAME BUFFER WITH 21% ETHYLENE GLYCOL
分辨率 1.80 Å R-free 0.227
1A28 HORMONE-BOUND HUMAN PROGESTERONE RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN 提交 1998-01-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN
未记录 STR PROGESTERONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2% PEG 4000, 50 MM PIPES PH 6.5, 350 MM LI2SO4, THEN STABILIZED IN THE SAME BUFFER WITH 21% ETHYLENE GLYCOL
分辨率 1.80 Å R-free 0.227
1E3K Human Progesteron Receptor Ligand Binding Domain in complex with the ligand metribolone (R1881) 提交 2000-06-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 676–933（258 aa） 片段：LIGAND-BINDING DOMAIN
未记录 R18 (17BETA)-17-HYDROXY-17-METHYLESTRA-4,9,11-TRIEN-3-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；RESERVOIR SOLUTION: 10% ISO-PROPANOL, 100MM SODIUM CITRATE 50MM HEPES PH 7.5. THE DROPS WERE SET UP USING THE HANGING DROP METHOD AND WERE COMPOSED OF A 2:1 RATIO OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS.
分辨率 2.80 Å R-free 0.343
1E3K Human Progesteron Receptor Ligand Binding Domain in complex with the ligand metribolone (R1881) 提交 2000-06-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 676–933（258 aa） 片段：LIGAND-BINDING DOMAIN
未记录 R18 (17BETA)-17-HYDROXY-17-METHYLESTRA-4,9,11-TRIEN-3-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；RESERVOIR SOLUTION: 10% ISO-PROPANOL, 100MM SODIUM CITRATE 50MM HEPES PH 7.5. THE DROPS WERE SET UP USING THE HANGING DROP METHOD AND WERE COMPOSED OF A 2:1 RATIO OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS.
分辨率 2.80 Å R-free 0.343
1SR7 Progesterone Receptor Hormone Binding Domain with Bound Mometasone Furoate 提交 2004-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 676–933（258 aa） 片段：Ligand binding domain
链 B 676–933（258 aa） 片段：Ligand binding domain
未记录 MOF MOMETASONE FUROATE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；PEG 1000, Li2SO4, hepes, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.46 Å R-free 0.211
1ZUC Progesterone receptor ligand binding domain in complex with the nonsteroidal agonist tanaproget 提交 2005-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 675–933（259 aa）
链 B 675–933（259 aa）
未记录 T98 5-(4,4-DIMETHYL-2-THIOXO-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-6-YL)-1-METHYL-1H-PYRROLE-2-CARBONITRILE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 3350, MgSO4, PIPES pH 6.5, glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.228
2C7A STRUCTURE OF THE PROGESTERONE RECEPTOR-DNA COMPLEX 提交 2005-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 399–476（78 aa） 片段：DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 399-476
链 B 399–476（78 aa） 片段：DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 399-476
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.246
2OVH Progesterone Receptor with Bound Asoprisnil and a Peptide from the Co-Repressor SMRT 提交 2007-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：PR LBD
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.1M Tris, 0.4M NaCl, 10% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2OVH Progesterone Receptor with Bound Asoprisnil and a Peptide from the Co-Repressor SMRT 提交 2007-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 678–933（256 aa） 片段：PR LBD
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.1M Tris, 0.4M NaCl, 10% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2OVM Progesterone Receptor with Bound Asoprisnil and a Peptide from the Co-Repressor NCoR 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：Ligand Binding Domain (residues 678-933)
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.15M NaCl, 10% glycerol, pH 8.0, spontaneous crystallization, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2OVM Progesterone Receptor with Bound Asoprisnil and a Peptide from the Co-Repressor NCoR 提交 2007-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 678–933（256 aa） 片段：Ligand Binding Domain (residues 678-933)
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.15M NaCl, 10% glycerol, pH 8.0, spontaneous crystallization, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.244
2W8Y RU486 bound to the progesterone receptor in a destabilized agonistic conformation 提交 2009-01-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：PR LBD, RESIDUES 678-933
未记录 486 11-(4-DIMETHYLAMINO-PHENYL)-17-HYDROXY-13-METHYL-17-PROP-1-YNYL-1,2,6,7,8,11,12,13,14,15,16,17-DODEC AHYDRO-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-3-ONE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；22.5% PEG4000, 0.1M HEPES 6.5, 100 MM LI2SO4
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
2W8Y RU486 bound to the progesterone receptor in a destabilized agonistic conformation 提交 2009-01-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 678–933（256 aa） 片段：PR LBD, RESIDUES 678-933
未记录 NDR (14beta,17alpha)-17-ethynyl-17-hydroxyestr-4-en-3-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；22.5% PEG4000, 0.1M HEPES 6.5, 100 MM LI2SO4
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
3D90 Crystal structure of the human progesterone receptor ligand-binding domain bound to levonorgestrel 提交 2008-05-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 676–933（258 aa） 片段：Ligand-binding domain, UNP residues 676-933
未记录 NOG 13-BETA-ETHYL-17-ALPHA-ETHYNYL-17-BETA-HYDROXYGON-4-EN-3-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8% PEG3350, x300mM MgSO4, 10% Glycerol 10%, 50mM PIPES, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.26 Å R-free 0.279
3D90 Crystal structure of the human progesterone receptor ligand-binding domain bound to levonorgestrel 提交 2008-05-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 676–933（258 aa） 片段：Ligand-binding domain, UNP residues 676-933
未记录 NOG 13-BETA-ETHYL-17-ALPHA-ETHYNYL-17-BETA-HYDROXYGON-4-EN-3-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8% PEG3350, x300mM MgSO4, 10% Glycerol 10%, 50mM PIPES, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.26 Å R-free 0.279
3G8O Progesterone Receptor with bound Pyrrolidine 1 提交 2009-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 673–933（261 aa） 片段：ligand binding domain
链 B 673–933（261 aa） 片段：ligand binding domain
未记录 30X N~2~-[4-cyano-3-(trifluoromethyl)phenyl]-N,N-dimethyl-N~2~-(2,2,2-trifluoroethyl)-L-alaninamide × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7；298 K；0.1M Hepes, 0.2M Lithium Sulfate, 15% PEG3350, pH 7.0, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.241
3HQ5 Progesterone Receptor bound to an Alkylpyrrolidine ligand. 提交 2009-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：residues 678-933
链 B 678–933（256 aa） 片段：residues 678-933
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 GKK 2-chloro-4-{[(3S)-1-methylpyrrolidin-3-yl][2-(trifluoromethyl)benzyl]amino}benzonitrile × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295.15 K；20 % Peg 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Hepes 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K
分辨率 2.10 Å R-free 0.237
3KBA Progesterone receptor bound to sulfonamide pyrrolidine partial agonist 提交 2009-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 681–933（253 aa） 片段：Steroid-binding region: UNP residues 681-933
未记录 WOW 2-chloro-4-{(2-methylbenzyl)[(3S)-1-(methylsulfonyl)pyrrolidin-3-yl]amino}benzonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 2mM Li2SO4, HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3KBA Progesterone receptor bound to sulfonamide pyrrolidine partial agonist 提交 2009-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 681–933（253 aa） 片段：Steroid-binding region: UNP residues 681-933
未记录 WOW 2-chloro-4-{(2-methylbenzyl)[(3S)-1-(methylsulfonyl)pyrrolidin-3-yl]amino}benzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；20% PEG 3350, 2mM Li2SO4, HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3ZR7 Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES
未记录 OR8 2-CHLORO-N-[[4-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)PHENYL]METHYL]-1,4-DIMETHYL-1H-PYRAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30%POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.65 Å R-free 0.192
3ZR7 Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES
未记录 OR8 2-CHLORO-N-[[4-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)PHENYL]METHYL]-1,4-DIMETHYL-1H-PYRAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30%POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.65 Å R-free 0.192
3ZRA Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 678-933
未记录 ORB N-{(1R)-1-[4-(2-CHLORO-5-FLUOROPYRIDIN-3-YL)PHENYL]ETHYL}-3,5-DIMETHYLISOXAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL.
分辨率 1.90 Å R-free 0.248
3ZRA Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 678–933（256 aa） 片段：LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 678-933
未记录 ORB N-{(1R)-1-[4-(2-CHLORO-5-FLUOROPYRIDIN-3-YL)PHENYL]ETHYL}-3,5-DIMETHYLISOXAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL.
分辨率 1.90 Å R-free 0.248
3ZRB Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 678-933
未记录 OR8 2-CHLORO-N-[[4-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)PHENYL]METHYL]-1,4-DIMETHYL-1H-PYRAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30%POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
3ZRB Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators 提交 2011-06-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 678–933（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 678-933
未记录 GOL GLYCEROL × 1 ORC (R)-N-[1-[4-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)PHENYL]ETHYL]-3,5-DIMETHYLISOXAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30%POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
4A2J PR X-Ray structures in agonist conformations reveal two different mechanisms for partial agonism in 11beta-substituted steroids 提交 2011-09-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 514–769（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 514-769
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL.
分辨率 2.00 Å R-free 0.251
4A2J PR X-Ray structures in agonist conformations reveal two different mechanisms for partial agonism in 11beta-substituted steroids 提交 2011-09-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 514–769（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 514-769
未记录 AS0 4-[(11BETA,17BETA)-17-METHOXY-17-(METHOXYMETHYL)-3-OXOESTRA-4,9-DIEN-11-YL]BENZALDEHYDE OXIME × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL.
分辨率 2.00 Å R-free 0.251
4APU PR X-Ray structures in agonist conformations reveal two different mechanisms for partial agonism in 11beta-substituted steroids 提交 2012-04-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 514–769（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 514-769
未记录 OR8 2-CHLORO-N-[[4-(3,5-DIMETHYLISOXAZOL-4-YL)PHENYL]METHYL]-1,4-DIMETHYL-1H-PYRAZOLE-4-SULFONAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.90 Å R-free 0.252
4APU PR X-Ray structures in agonist conformations reveal two different mechanisms for partial agonism in 11beta-substituted steroids 提交 2012-04-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 514–769（256 aa） 片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 514-769
未记录 A2K (8S,11R,13S,14S,16S,17S)-17-cyclopropylcarbonyl-16-ethenyl-13-methyl-11-(4-pyridin-3-ylphenyl)-2,6,7,8,11,12,14,15,16,17-decahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL
分辨率 1.90 Å R-free 0.252
4OAR Progesterone receptor with bound ulipristal acetate and a peptide from the co-repressor SMRT 提交 2014-01-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 678–933（256 aa） 片段：Steroid-binding Region
未记录 2S0 [(8S,11R,13S,14S,17R)-17-acetyl-11-[4-(dimethylamino)phenyl]-13-methyl-3-oxo-1,2,6,7,8,11,12,14,15,16-decahydrocyclopen ta[a]phenanthren-17-yl] acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG3350, Tris,HCl 50mM, NaCl 400mM, 10% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.234

共 18 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRGR_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–261； UniProt 673–933 作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 673–933

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1sqn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1sqn
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1sqn
沉积日期 deposition_date2004-03-19
结构标题 titleProgesterone Receptor Ligand Binding Domain with bound Norethindrone
关键词 keywordsprogesterone receptor; nuclear receptor; steroid receptor; norethindrone; birth control, HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.33 Å
零角强度 I(0) i047538800.00
分子量 molecular_weight57033.0 kDa
排除体积 excluded_volume72883 ų
包络体积 envelope_volume86848 ų
水化壳体积 shell_volume27912 ų
包络直径 envelope_diameter94.2 Å
壳层 Rg shell_rg33.07 Å
包络 Rg envelope_rg26.25 Å
形状 Rg shape_rg26.34 Å
总 Rg total_rg27.08 Å
总原子数 total_atoms4011
残基数 n_residues498
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.0 Å
Rg (实空间) rg_real27.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real4.7540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal47540000.0000
解质量估计 total_estimate0.9044
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.5 Å
偏度 Skewness skewness0.289
峰度 Kurtosis kurtosis-0.602
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12320000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.983
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1sqna_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
结构域编号 domain_idd1sqnb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1sqnA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id1sqnB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)