SAXSdb — 1sr4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1sr4
沉积日期 deposition_date	2004-03-22
结构标题 title	Crystal Structure of the Haemophilus ducreyi cytolethal distending toxin
关键词 keywords	;toxin, bacterial, Haemophilus ducreyi, virulence, DNA Damage, genotoxin, cytotoxins, Cell Cycle, Apoptosis, lectin, Deoxyribonuclease I ;; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.92 Å
零角强度 I(0) i0	80069200.00
分子量 molecular_weight	66357.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81006 Å³
包络体积 envelope_volume	94125 Å³
水化壳体积 shell_volume	31784 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.10 Å
包络 Rg envelope_rg	24.16 Å
形状 Rg shape_rg	23.84 Å
总 Rg total_rg	24.96 Å
总原子数 total_atoms	4562
残基数 n_residues	579
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	80070000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9111
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.150
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.515
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.988

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytolethal distending toxin subunit A
分子量 formula_weight	22873.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5039

SNQRMNDYSQPESQSDLAPKSSTIQPQPQPLLSKTPSMSLNLLSSSGPNRQVLPSEPSNFMTLMGQNGALLTVWALAKRNWLWAYPNIYSQDFGNIRNWKMEPGKHREYFRFVNQSLGTCVEAYGNGLIHDICSLDKLAQEFELLPTDSGAVVIKSVSQGRCVTYNPVSTTFYSTVTLSVCDGATEPSRDQTWYLAPPVLEATAVN

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus ducreyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	730
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	cytolethal distending toxin protein B
分子量 formula_weight	28989.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NLSDFKVATWNLQGSSAVNESKWNINVRQLLSGEQGADILMVQEAGSLPSSAVRTSRVIQHGGTPIEEYTWNLGTRSRPNMVYIYYSRLDVGANRVNLAIVSRRQADEAFIVHSDSSVLQSRPAVGIRIGTDVFFTVHALATGGSDAVSLIRNIFTTFNSSSSPPERRVYSWMVVGDFNRAPANLEVALRQEPAVSENTIIIAPTEPTHRSGNILDYAILHDAHLPRREQARERIGASLMLNQLRSQITSDHFPVSFVRDR

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus ducreyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	730
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	cytolethal distending toxin protein C
分子量 formula_weight	18379.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ESNPDPTTYPDVELSPPPRISLRSLLTAQPVKNDHYDSHNYLSTHWELIDYKGKEYEKLRDGGTLVQFKVVGAAKCFAFLGKGTTDCKDTDHTVFNLIPTNTGAFLIKDALLGFCITSHDFDDLKLEPCGGSVSGRTFSLAYQWGILPPFGPSKILIPPVRRNQGS

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus ducreyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	730
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	477

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1sr4a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

结构域编号 domain_id	d1sr4b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.151 — DNase I-like
超家族 Superfamily superfamily	d.151.1 — DNase I-like
家族 Family family	d.151.1.1 — DNase I-like

结构域编号 domain_id	d1sr4c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1sr4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1sr4B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Deoxyribonuclease I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endonuclease/exonuclease/phosphatase

结构域编号 domain_id	1sr4C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.652 Å
晶胞边长 b length_b	75.653 Å
晶胞边长 c length_c	121.637 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	99.000 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2140

fit	/app/data/saxs_computation/sr/1sr4/1sr4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sr/1sr4/1sr4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sr/1sr4/1sr4.dat

Crystal Structure of the Haemophilus ducreyi cytolethal distending toxin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)