SAXSdb — 1sr4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytolethal distending toxin subunit A

Haemophilus ducreyi

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	cytolethal distending toxin protein B × 1 （O06523） cytolethal distending toxin protein C × 1 （O06524） BROMIDE ION × 26 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDTA_HAEDU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–206； UniProt 18–223

cytolethal distending toxin protein B

Haemophilus ducreyi

UniProt O06523

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytolethal distending toxin subunit A × 1 （O06522） cytolethal distending toxin protein C × 1 （O06524） BROMIDE ION × 26 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O06523_HAEDU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 23–283

cytolethal distending toxin protein C

Haemophilus ducreyi

UniProt O06524

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytolethal distending toxin subunit A × 1 （O06522） cytolethal distending toxin protein B × 1 （O06523） BROMIDE ION × 26 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O06524_HAEDU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–166； UniProt 21–186

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1sr4
沉积日期 deposition_date	2004-03-22
结构标题 title	Crystal Structure of the Haemophilus ducreyi cytolethal distending toxin
关键词 keywords	;toxin, bacterial, Haemophilus ducreyi, virulence, DNA Damage, genotoxin, cytotoxins, Cell Cycle, Apoptosis, lectin, Deoxyribonuclease I ;; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1sr4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1sr4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1sr4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.14 Å
Rg（电子密度）	23.92 Å
总 Rg	24.96 Å
原子数	4562
残基数	579
排除体积	81006 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1sr4__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytolethal distending toxin subunit A
分子量 formula_weight	22873.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5039

SNQRMNDYSQPESQSDLAPKSSTIQPQPQPLLSKTPSMSLNLLSSSGPNRQVLPSEPSNFMTLMGQNGALLTVWALAKRNWLWAYPNIYSQDFGNIRNWKMEPGKHREYFRFVNQSLGTCVEAYGNGLIHDICSLDKLAQEFELLPTDSGAVVIKSVSQGRCVTYNPVSTTFYSTVTLSVCDGATEPSRDQTWYLAPPVLEATAVN

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus ducreyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	730
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	cytolethal distending toxin protein B
分子量 formula_weight	28989.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NLSDFKVATWNLQGSSAVNESKWNINVRQLLSGEQGADILMVQEAGSLPSSAVRTSRVIQHGGTPIEEYTWNLGTRSRPNMVYIYYSRLDVGANRVNLAIVSRRQADEAFIVHSDSSVLQSRPAVGIRIGTDVFFTVHALATGGSDAVSLIRNIFTTFNSSSSPPERRVYSWMVVGDFNRAPANLEVALRQEPAVSENTIIIAPTEPTHRSGNILDYAILHDAHLPRREQARERIGASLMLNQLRSQITSDHFPVSFVRDR

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus ducreyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	730
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	cytolethal distending toxin protein C
分子量 formula_weight	18379.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ESNPDPTTYPDVELSPPPRISLRSLLTAQPVKNDHYDSHNYLSTHWELIDYKGKEYEKLRDGGTLVQFKVVGAAKCFAFLGKGTTDCKDTDHTVFNLIPTNTGAFLIKDALLGFCITSHDFDDLKLEPCGGSVSGRTFSLAYQWGILPPFGPSKILIPPVRRNQGS

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus ducreyi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	730
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	477

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1sr4a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

结构域编号 domain_id	d1sr4b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.151 — DNase I-like
超家族 Superfamily superfamily	d.151.1 — DNase I-like
家族 Family family	d.151.1.1 — DNase I-like

结构域编号 domain_id	d1sr4c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1sr4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1sr4B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Deoxyribonuclease I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endonuclease/exonuclease/phosphatase

结构域编号 domain_id	1sr4C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	71.652 Å
晶胞边长 b length_b	75.653 Å
晶胞边长 c length_c	121.637 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	99.000 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2140

Crystal Structure of the Haemophilus ducreyi cytolethal distending toxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytolethal distending toxin subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

cytolethal distending toxin protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

cytolethal distending toxin protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sr4__assembly_1__model_1

1sr4__assembly_1__model_1 | I(q)

1sr4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Haemophilus ducreyi cytolethal distending toxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytolethal distending toxin subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

cytolethal distending toxin protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

cytolethal distending toxin protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sr4__assembly_1__model_1

1sr4__assembly_1__model_1 | I(q)

1sr4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)