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1su3

X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 141.0 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interstitial collagenase

Homo sapiens

UniProt P03956

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–469 未记录 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP 分辨率 2.20 Å R-free 0.252
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 20–469 未记录 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP 分辨率 2.20 Å R-free 0.252
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 20–469 未记录 CA CALCIUM ION × 32 CL CHLORIDE ION × 8 NA SODIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 16 SO4 SULFATE ION × 32 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP 分辨率 2.20 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1SU3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AYK INHIBITOR-FREE CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1997-11-06 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 101–269（169 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1
分辨率未提供
1CGE CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 102–269（168 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
1CGF CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 102–263（162 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1CGF CRYSTAL STRUCTURES OF RECOMBINANT 19-KDA HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED TO ITSELF 提交 1994-02-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 102–263（162 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1HFC 1.56 ANGSTROM STRUCTURE OF MATURE TRUNCATED HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE 提交 1994-09-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 101–269（169 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 PLH METHYLAMINO-PHENYLALANYL-LEUCYL-HYDROXAMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.50 Å
2AYK INHIBITOR-FREE CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-11-06 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 101–269（169 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM TRIS BASE, 100 mM NACL, 5 mM CACL2, 0.1 mM ZNCL2, 2mM NAN3, 10 mM DEUTERATED DTT, 90% H2O/10%D2O OR 100% D2O；压力 1
分辨率未提供
2CLT Crystal structure of the active form (full-length) of human fibroblast collagenase. 提交 2006-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 100–466（367 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS (7.5); 10% PEG 8000; 1.5M AMMONIUM FORMATE, pH 7.50
分辨率 2.67 Å R-free 0.259
2CLT Crystal structure of the active form (full-length) of human fibroblast collagenase. 提交 2006-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 100–466（367 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS (7.5); 10% PEG 8000; 1.5M AMMONIUM FORMATE, pH 7.50
分辨率 2.67 Å R-free 0.259
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 101–269（169 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).
分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 101–269（169 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).
分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2J0T Crystal Structure of the Catalytic Domain of MMP-1 in Complex with the Inhibitory Domain of TIMP-1 提交 2006-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 101–269（169 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 101-269
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M HEPES (PH 7.5).
分辨率 2.54 Å R-free 0.275
2TCL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH AN INHIBITOR 提交 1994-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 101–269（169 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 SM SAMARIUM (III) ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 RO4 [[1-[N-HYDROXY-ACETAMIDYL]-3-METHYL-BUTYL]-CARBONYL-LEUCINYL]-ALANINE ETHYL ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
3AYK CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH CGS-27023A, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1999-02-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 101–269（169 aa） 片段：CATALYTIC FRAGMENT
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CGS N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1
分辨率未提供
3SHI Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution 提交 2011-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 106–261（156 aa） 片段：UNP residues 106-261
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.278
3SHI Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution 提交 2011-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 106–261（156 aa） 片段：UNP residues 106-261
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.278
3SHI Crystal structure of human MMP1 catalytic domain at 2.2 A resolution 提交 2011-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 M 106–261（156 aa） 片段：UNP residues 106-261
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.278
4AUO Crystal structure of MMP-1(E200A) in complex with a triple-helical collagen peptide 提交 2012-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 100–466（367 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8
分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4AUO Crystal structure of MMP-1(E200A) in complex with a triple-helical collagen peptide 提交 2012-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 100–466（367 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8
分辨率 3.00 Å R-free 0.273
4AYK CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH CGS-27023A, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1999-02-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 101–269（169 aa） 片段：CATALYTIC FRAGMENT
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CGS N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；压力 1
分辨率未提供
966C CRYSTAL STRUCTURE OF FIBROBLAST COLLAGENASE-1 COMPLEXED TO A DIPHENYL-ETHER SULPHONE BASED HYDROXAMIC ACID 提交 1998-08-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 108–264（157 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 RS2 N-HYDROXY-2-[4-(4-PHENOXY-BENZENESULFONYL)-TETRAHYDRO-PYRAN-4-YL]-ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.330

共 13 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MMP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–450； UniProt 20–469 作者链 B； PDB构建体 1–450； UniProt 20–469

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1su3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1su3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1su3
沉积日期 deposition_date2004-03-26
结构标题 titleX-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action
关键词 keywordsProdomain, Hemopexin domain, exocite, Structural Proteomics in Europe, SPINE, Structural Genomics, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.25 Å
零角强度 I(0) i0137261000.00
分子量 molecular_weight95479.0 kDa
排除体积 excluded_volume119030 ų
包络体积 envelope_volume163880 ų
水化壳体积 shell_volume34248 ų
包络直径 envelope_diameter150.7 Å
壳层 Rg shell_rg42.62 Å
包络 Rg envelope_rg43.36 Å
形状 Rg shape_rg44.20 Å
总 Rg total_rg44.33 Å
总原子数 total_atoms6727
残基数 n_residues831
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.0 Å
Rg (实空间) rg_real44.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal137200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7105
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.4 Å
偏度 Skewness skewness0.504
峰度 Kurtosis kurtosis-0.644
角度范围 angular_range— – 0.1800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6956000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.618; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.374; Smooth: 0.006
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1su3a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.20 — PGBD-like
超家族 Superfamily superfamilya.20.1 — PGBD-like
家族 Family familya.20.1.2 — MMP N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1su3a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.66 — 4-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.66.1 — Hemopexin-like domain
家族 Family familyb.66.1.1 — Hemopexin-like domain
结构域编号 domain_idd1su3a3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain
结构域编号 domain_idd1su3b1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.20 — PGBD-like
超家族 Superfamily superfamilya.20.1 — PGBD-like
家族 Family familya.20.1.2 — MMP N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1su3b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.66 — 4-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.66.1 — Hemopexin-like domain
家族 Family familyb.66.1.1 — Hemopexin-like domain
结构域编号 domain_idd1su3b3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.11 — Matrix metalloproteases, catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1su3A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1su3A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture110 — 4 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Hemopexin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hemopexin-like domain
结构域编号 domain_id1su3B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
结构域编号 domain_id1su3B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture110 — 4 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Hemopexin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hemopexin-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)