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1t0v

NMR Solution Structure of the Engineered Lipocalin FluA(R95K) Northeast Structural Genomics Target OR17

Method: SOLUTION NMR Dmax: 74.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BILIN-BINDING PROTEIN

Pieris brassicae

UniProt P09464

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 16–189 突变：R95K 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl; 10 mM Na-PO4; 50 mM benzamidine; 0.2 mM EDTA；压力 ambient NMR样品组成：0.7 mM FluA(R95K) U-13C,15N 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4 | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.7 mM FluA(R95K) U-50% 2H,15N 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4 | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.7 mM FluA(R95K) U-15N 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4 | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.7 mM FluA(R95K) 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4 | 100% D2O NMR样品组成：0.7 mM FluA(R95K) 150 mM NaCl 10 mM Na-PO4 0.2 mM EDTA 50 mM benzamidine pH 6.4 | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1T0V Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BBP MOLECULAR STRUCTURE OF THE BILIN BINDING PROTEIN (BBP) FROM PIERIS BRASSICAE AFTER REFINEMENT AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION. 提交 1990-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 16–188（173 aa）
链 B 16–188（173 aa）
链 C 16–188（173 aa）
链 D 16–188（173 aa）
未记录 BLV BILIVERDIN IX GAMMA CHROMOPHORE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1KXO ENGINEERED LIPOCALIN DIGA16 : APO-FORM 提交 2002-02-01 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–189（174 aa）
突变：N1D, N21G, E28Q, K31A, N34D, S35H, V36I, E37T, N48R, H60S, I69S, K87S, L88Y, Y90I, K95Q, N97G, Y114F, K116S, Q125M, F127L, K135M 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；0.1-M Hepes, 10% Isopropanole, 19% PEG 4000, pH = 7.8, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.289
1LKE ENGINEERED LIPOCALIN DIGA16 IN COMPLEX WITH DIGOXIGENIN 提交 2002-04-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–189（174 aa）
突变：N1D, N21G, E28Q, K31A, N34D, S35H, V36I, E37T, N48R, H60S, I69S, K87S, L88Y, Y90I, K95Q, N97G, Y114F, K116S, Q125M, F127L, K135M DOG DIGOXIGENIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.1-M HEPES, 10% ISOPROPANOL, 19% PEG 4000, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1LNM ANTICALIN DIGA16 IN COMPLEX WITH DIGITOXIGENIN 提交 2002-05-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–189（174 aa）
突变：N1D, N21G, E28Q, K31A, N34D, S35H, V36I, E37T, N48R, H60S, I69S, K87S, L88Y, Y90I, K95Q, N97G, Y114F, K116S, Q125M, F127L, K135M DTX DIGITOXIGENIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.1-M hepes, 10% isopropanol, 19% peg 4000, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.245
1N0S ENGINEERED LIPOCALIN FLUA IN COMPLEX WITH FLUORESCEIN 提交 2002-10-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–189（174 aa）
未记录 FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；2.0 M (NH4)2SO4, 2% (w/v) PEG 400, 10 mM hepes/naoh, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 KK
分辨率 2.00 Å R-free 0.243
1N0S ENGINEERED LIPOCALIN FLUA IN COMPLEX WITH FLUORESCEIN 提交 2002-10-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 16–189（174 aa）
未记录 FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；2.0 M (NH4)2SO4, 2% (w/v) PEG 400, 10 mM hepes/naoh, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 KK
分辨率 2.00 Å R-free 0.243

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BBP_PIEBR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–174； UniProt 16–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1t0v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1t0v
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1t0v
沉积日期 deposition_date2004-04-13
结构标题 titleNMR Solution Structure of the Engineered Lipocalin FluA(R95K) Northeast Structural Genomics Target OR17
关键词 keywords;PIERIS BRASSICAE, LIPOCALIN, ANTICALIN, PROTEIN ENGINEERING, BETA-BARREL, LIGAND BINDING PROTEIN, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Northeast Structural Genomics Consortium, NESG ;; LIGAND BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.37 Å
零角强度 I(0) i02443360000.00
分子量 molecular_weight419690.0 kDa
排除体积 excluded_volume523020 ų
包络体积 envelope_volume59294 ų
水化壳体积 shell_volume22822 ų
包络直径 envelope_diameter82.0 Å
壳层 Rg shell_rg28.85 Å
包络 Rg envelope_rg24.20 Å
形状 Rg shape_rg17.35 Å
总 Rg total_rg17.60 Å
总原子数 total_atoms58160
残基数 n_residues3680
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.8 Å
Rg (实空间) rg_real17.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real2.4430e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2443000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7231
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9 Å
偏度 Skewness skewness0.429
峰度 Kurtosis kurtosis0.333
角度范围 angular_range— – 0.4550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1106000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.268; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.591; Smooth: 1.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1t0va1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.1 — Retinol binding protein-like
结构域编号 domain_idd1t0va2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1t0vA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)