1t2t

Crystal structure of the DNA-binding domain of intron endonuclease I-TevI with operator site

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intron-associated endonuclease 1

Enterobacteria phage T4

UniProt P13299

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 5'-D(*TP*TP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*T)-3' × 1 5'-D(*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*AP*A)-3' × 1 ZINC ION × 1 water × 3 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TEV1_BPT4
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–116; UniProt 130–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1t2t
沉积日期 deposition_date2004-04-22
结构标题 titleCrystal structure of the DNA-binding domain of intron endonuclease I-TevI with operator site
关键词 keywordsprotein-DNA complex, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1t2t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1t2t__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1t2t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.58 Å
Rg(电子密度)22.98 Å
总 Rg23.49 Å
原子数1625
残基数138
排除体积26236 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1t2t__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1t2ta_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.285 — DNA-binding domain of intron-encoded endonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.285.1 — DNA-binding domain of intron-encoded endonucleases
家族 Family familyd.285.1.1 — DNA-binding domain of intron-encoded endonucleases

7. 引用文献 (1)