SAXSdb — 1tgk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 301–412	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：PEG 4000	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TGK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KTZ Crystal Structure of the Human TGF-beta Type II Receptor Extracellular Domain in Complex with TGF-beta3 提交 2002-01-18	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 301–412（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING A WELL SOLUTION CONTAINING 20% (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL AND 0.1 M CITRATE PH 4.0	分辨率 2.15 Å R-free 0.215
1TGJ HUMAN TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA 3, CRYSTALLIZED FROM DIOXANE 提交 1996-07-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 301–412（112 aa）	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；15% (V/V) DIOXANE, 100 MM SODIUM ACETATE, PH 5.0	分辨率 2.00 Å
2PJY Structural basis for cooperative assembly of the TGF-beta signaling complex 提交 2007-04-16	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 301–412（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；10-20% PEG 3350, 0.4-0.65 M calcium acetate, 0.1-0.25M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.297
3EO1 Structure of the Fab Fragment of GC-1008 in Complex with Transforming Growth Factor-Beta 3 提交 2008-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 301–412（112 aa）片段：UNP residues 301-412, receptor binding fragment 链 F 301–412（112 aa）片段：UNP residues 301-412, receptor binding fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；23% tert.-butanol, 0.1M sodium citrate, 0.2M phenoxyacetic acid, pH6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.279
3EO1 Structure of the Fab Fragment of GC-1008 in Complex with Transforming Growth Factor-Beta 3 提交 2008-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 301–412（112 aa）片段：UNP residues 301-412, receptor binding fragment 链 L 301–412（112 aa）片段：UNP residues 301-412, receptor binding fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；23% tert.-butanol, 0.1M sodium citrate, 0.2M phenoxyacetic acid, pH6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.279
4UM9 Crystal structure of alpha V beta 6 with peptide 提交 2014-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 259–269（11 aa）片段：RESIDUES 7-17	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
4UM9 Crystal structure of alpha V beta 6 with peptide 提交 2014-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 259–269（11 aa）片段：RESIDUES 7-17	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
8V52 Crystal structure of 2A10 Fab bound to Human TGF-beta3 提交 2023-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 301–412（112 aa）链 B 301–412（112 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；25% PEG 1000, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.269
8VS6 L-TGF-b3/avb8 提交 2024-01-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 24–412（389 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
8VSB L-TGF-b3/GARP 提交 2024-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 24–412（389 aa）链 B 24–412（389 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
9B9F Zebrafish Betaglycan Orphan Domain (zfBGo) in complex with TGF-B3 and extracellular domains of TGFBRI and TGFBRII 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 301–412（112 aa）链 B 301–412（112 aa）	突变：R325E,Y390A,R394E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30 %(w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.278
9B9F Zebrafish Betaglycan Orphan Domain (zfBGo) in complex with TGF-B3 and extracellular domains of TGFBRI and TGFBRII 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 301–412（112 aa）链 G 301–412（112 aa）	突变：R325E,Y390A,R394E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30 %(w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.278
9FK5 Zebrafish Betaglycan Orphan Domain (zfBGo) in complex with TGF-B3 and extracellular domains of TGFBRI and TGFBRII 提交 2024-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 301–412（112 aa）链 B 301–412（112 aa）	突变：R325E,Y390A,R394E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TGFB3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–112； UniProt 301–412

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tgk
沉积日期 deposition_date	1996-07-10
结构标题 title	HUMAN TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA 3, CRYSTALLIZED FROM PEG 4000
关键词 keywords	GROWTH FACTOR, MITOGEN, GLYCOPROTEIN; GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.23 Å
零角强度 I(0) i0	3220320.00
分子量 molecular_weight	12722.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15807 Å³
包络体积 envelope_volume	18750 Å³
水化壳体积 shell_volume	9870 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.8 Å
壳层 Rg shell_rg	21.79 Å
包络 Rg envelope_rg	18.67 Å
形状 Rg shape_rg	18.29 Å
总 Rg total_rg	18.70 Å
总原子数 total_atoms	890
残基数 n_residues	112
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2200e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5570e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3220000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6060
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.582
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.158
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	364500.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.486; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.408; Positv: 1.000; Valcen: 0.194; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1tgka_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1tgkA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	77.800 Å
晶胞边长 b length_b	77.800 Å
晶胞边长 c length_c	143.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	—

描述 description	TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA 3
分子量 formula_weight	12734.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	890

HUMAN TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA 3, CRYSTALLIZED FROM PEG 4000

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/tg/1tgk/1tgk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tg/1tgk/1tgk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tg/1tgk/1tgk.dat