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1tjv

Crystal Structure of T161D Duck Delta 2 Crystallin Mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 117.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Delta crystallin II

Anas platyrhynchos

UniProt P24058

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–468 链 B； UniProt 1–468 链 C； UniProt 1–468 链 D； UniProt 1–468 片段：Duck delta 2 crystallin 突变：T161D 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；14% PEG2000 MME, 350 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.00 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1TJV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AUW H91N DELTA 2 CRYSTALLIN FROM DUCK 提交 1997-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–468（468 aa）
链 B 1–468（468 aa）
链 C 1–468（468 aa）
链 D 1–468（468 aa）
突变：H89N 突变：H89N 突变：H89N 突变：H89N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18-20% PEG MME 2K, 300 MM MGCL2,100 MM TRIS-HCL PH 8.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.235
1DCN INACTIVE MUTANT H162N OF DELTA 2 CRYSTALLIN WITH BOUND ARGININOSUCCINATE 提交 1998-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–465（447 aa）
链 B 19–465（447 aa）
链 C 19–465（447 aa）
链 D 19–465（447 aa）
突变：H162N 突变：H162N 突变：H162N 突变：H162N AS1 ARGININOSUCCINATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1HY1 CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE DUCK DELTA 2 CRYSTALLIN (EYE LENS PROTEIN) 提交 2001-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–468（468 aa）
链 B 1–468（468 aa）
链 C 1–468（468 aa）
链 D 1–468（468 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；14% PEG 2000 MME, 300mM magnesium chloride, 100mM HEPES, pH 7.5. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298 K
分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1K7W Crystal Structure of S283A Duck Delta 2 Crystallin Mutant 提交 2001-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–468（468 aa）
链 B 1–468（468 aa）
链 C 1–468（468 aa）
链 D 1–468（468 aa）
突变：S283A 突变：S283A 突变：S283A 突变：S283A AS1 ARGININOSUCCINATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；12% PEG 2000 MME, 300 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.96 Å R-free 0.253
1TJU Crystal Structure of T161S Duck Delta 2 Crystallin Mutant 提交 2004-06-07 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–468（468 aa） 片段：Duck delta 2 crystallin
链 B 1–468（468 aa） 片段：Duck delta 2 crystallin
链 C 1–468（468 aa） 片段：Duck delta 2 crystallin
链 D 1–468（468 aa） 片段：Duck delta 2 crystallin
突变：T161S 突变：T161S 突变：T161S 突变：T161S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；14% PEG2000 MME, 300 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.10 Å R-free 0.221
1TJW Crystal Structure of T161D Duck Delta 2 Crystallin Mutant with bound argininosuccinate 提交 2004-06-07 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–468（468 aa） 片段：Duck delta 2 crystallin
链 B 1–468（468 aa） 片段：Duck delta 2 crystallin
链 C 1–468（468 aa） 片段：Duck delta 2 crystallin
链 D 1–468（468 aa） 片段：Duck delta 2 crystallin
突变：T161D 突变：T161D 突变：T161D 突变：T161D AS1 ARGININOSUCCINATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；14% PEG2000 MME, 350 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.225

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CRD2_ANAPL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 B； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 C； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468 作者链 D； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1tjv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1tjv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1tjv
沉积日期 deposition_date2004-06-07
结构标题 titleCrystal Structure of T161D Duck Delta 2 Crystallin Mutant
关键词 keywordseye lens protein, delta 2 crystallin, argininosuccinate lyase, enzyme mechanism, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.06 Å
零角强度 I(0) i0559664000.00
分子量 molecular_weight197650.0 kDa
排除体积 excluded_volume249840 ų
包络体积 envelope_volume297780 ų
水化壳体积 shell_volume65677 ų
包络直径 envelope_diameter129.0 Å
壳层 Rg shell_rg44.51 Å
包络 Rg envelope_rg36.29 Å
形状 Rg shape_rg36.06 Å
总 Rg total_rg36.59 Å
总原子数 total_atoms13888
残基数 n_residues1798
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.6 Å
Rg (实空间) rg_real36.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real5.5970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.9070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal559700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8937
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.5 Å
偏度 Skewness skewness0.188
峰度 Kurtosis kurtosis-0.459
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha191600000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.935
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1tjva_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.127 — L-aspartase-like
超家族 Superfamily superfamilya.127.1 — L-aspartase-like
家族 Family familya.127.1.1 — L-aspartase/fumarase
结构域编号 domain_idd1tjvb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.127 — L-aspartase-like
超家族 Superfamily superfamilya.127.1 — L-aspartase-like
家族 Family familya.127.1.1 — L-aspartase/fumarase
结构域编号 domain_idd1tjvc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.127 — L-aspartase-like
超家族 Superfamily superfamilya.127.1 — L-aspartase-like
家族 Family familya.127.1.1 — L-aspartase/fumarase
结构域编号 domain_idd1tjvd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.127 — L-aspartase-like
超家族 Superfamily superfamilya.127.1 — L-aspartase-like
家族 Family familya.127.1.1 — L-aspartase/fumarase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id1tjvA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)
结构域编号 domain_id1tjvA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fumarase/aspartase (Central domain)
结构域编号 domain_id1tjvA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology40 — Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Fumarase/aspartase (C-terminal domain)
结构域编号 domain_id1tjvB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)
结构域编号 domain_id1tjvB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fumarase/aspartase (Central domain)
结构域编号 domain_id1tjvB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology40 — Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Fumarase/aspartase (C-terminal domain)
结构域编号 domain_id1tjvC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)
结构域编号 domain_id1tjvC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fumarase/aspartase (Central domain)
结构域编号 domain_id1tjvC03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology40 — Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Fumarase/aspartase (C-terminal domain)
结构域编号 domain_id1tjvD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology275 — Fumarase C; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fumarase/aspartase (N-terminal domain)
结构域编号 domain_id1tjvD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology200 — Fumarase C; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fumarase/aspartase (Central domain)
结构域编号 domain_id1tjvD03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology40 — Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Fumarase/aspartase (C-terminal domain)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)