1tkw

The transient complex of poplar plastocyanin with turnip cytochrome f determined with paramagnetic NMR

Method: SOLUTION NMR Dmax: 78.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plastocyanin A

Populus nigra

UniProt P00299

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 70–168 未记录 Cytochrome f × 1 (P36438) CU COPPER (II) ION × 1 HEC HEME C × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6;303 K;离子强度(mmCIF原始值)10 mM;压力 1 NMR测量条件:pH 6;303 K;离子强度(mmCIF原始值)11 mM;压力 1 NMR样品组成:0.5 mM Cd-substituted poplar plastocyanin + 0.35 mM soluble fragment of turnip cytochrome f in oxidized state in 10 mM sodium phosphate pH 6.0 | 94% H2O, 6% D2O NMR样品组成:0.5 mM Cd-substituted poplar plastocyanin + 0.35 mM soluble fragment of turnip cytochrome f in reduced state in 10 mM sodium phosphate pH 6.0 + 1 mM sodium ascorbate | 94% H2O, 6% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLAS1_POPNI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–99; UniProt 70–168

Cytochrome f

Brassica rapa subsp. rapa

UniProt P36438

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 36–287 未记录 Plastocyanin A × 1 (P00299) CU COPPER (II) ION × 1 HEC HEME C × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6;303 K;离子强度(mmCIF原始值)10 mM;压力 1 NMR测量条件:pH 6;303 K;离子强度(mmCIF原始值)11 mM;压力 1 NMR样品组成:0.5 mM Cd-substituted poplar plastocyanin + 0.35 mM soluble fragment of turnip cytochrome f in oxidized state in 10 mM sodium phosphate pH 6.0 | 94% H2O, 6% D2O NMR样品组成:0.5 mM Cd-substituted poplar plastocyanin + 0.35 mM soluble fragment of turnip cytochrome f in reduced state in 10 mM sodium phosphate pH 6.0 + 1 mM sodium ascorbate | 94% H2O, 6% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYF_BRARA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–252; UniProt 36–287

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1tkw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1tkw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1tkw
沉积日期 deposition_date2004-06-09
结构标题 titleThe transient complex of poplar plastocyanin with turnip cytochrome f determined with paramagnetic NMR
关键词 keywordsElectron transfer, photosynthesis, paramagnetic, rigid body calculations; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.97
零角强度 I(0) i01970730000.00
分子量 molecular_weight384300.0 kDa
排除体积 excluded_volume483680 ų
包络体积 envelope_volume68247 ų
水化壳体积 shell_volume24258 ų
包络直径 envelope_diameter90.1
壳层 Rg shell_rg30.79
包络 Rg envelope_rg24.96
形状 Rg shape_rg23.96
总 Rg total_rg24.13
总原子数 total_atoms53960
残基数 n_residues3490
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.8
Rg (实空间) rg_real23.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72
I(0) (实空间) i0_real1.9710e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1971000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8761
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.9
偏度 Skewness skewness0.509
峰度 Kurtosis kurtosis-0.161
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3310000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.892; Smooth: 0.946

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1tkwa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1tkwA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1tkwB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily830 — Cytochrome f large domain
结构域编号 domain_id1tkwB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)