SAXSdb — 1tm7

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tm7
沉积日期 deposition_date	2004-06-10
结构标题 title	;crystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotrypsin inhibitor 2 M59Y mutant ;
关键词 keywords	serine protease, inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.40 Å
零角强度 I(0) i0	24027100.00
分子量 molecular_weight	36997.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46108 Å³
包络体积 envelope_volume	51857 Å³
水化壳体积 shell_volume	21986 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.33 Å
包络 Rg envelope_rg	19.85 Å
形状 Rg shape_rg	19.39 Å
总 Rg total_rg	20.32 Å
总原子数 total_atoms	2601
残基数 n_residues	345
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6275
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.311
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.139
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7838000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.734; Stabil: 0.997; Sysdev: 0.319; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	;Subtilisin BPN' ;
分子量 formula_weight	28381.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.62
突变 mutation	C-terminal 6-His tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	3116

AQSVPYGVSQIKAPALHSQGYTGSNVKVAVIDSGIDSSHPDLKVAGGASMVPSETNPFQDNNSHGTHVAGTVAALNNSIGVLGVAPSASLYAVKVLGADGSGQYSWIINGIEWAIANNMDVINMSLGGPSGSAALKAAVDKAVASGVVVVAAAGNEGTSGSSSTVGYPGKYPSVIAVGAVDSSNQRASFSSVGPELDVMAPGVSIQSTLPGNKYGAYNGTSMASPHVAGAAALILSKHPNWTNTQVRSSLENTTTKLGDSFYYGKGLINVQAAAQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1390
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

Entity 2 polymer

描述 description	chymotrypsin inhibitor 2
分子量 formula_weight	7315.6 kDa
突变 mutation	I45A, I59Y,
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MKTEWPELVGKSVEEAKKVILQDKPAAQIIVLPVGTIVTYEYRIDRVRLFVDRLDNIAQVPRVG

来源 Source

来源生物 organism	Hordeum vulgare subsp. vulgare
通用名 common_name	domesticated barley
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	112509
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	462

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1tm7e1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family family	c.41.1.1 — Subtilases

结构域编号 domain_id	d1tm7e2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1tm7i_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.40 — CI-2 family of serine protease inhibitors
超家族 Superfamily superfamily	d.40.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors
家族 Family family	d.40.1.1 — CI-2 family of serine protease inhibitors

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1tm7E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Peptidase S8/S53 domain

结构域编号 domain_id	1tm7I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Trypsin Inhibitor V; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin Inhibitor V, subunit A

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.153 Å
晶胞边长 b length_b	94.153 Å
晶胞边长 c length_c	186.421 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.590 Å
最低分辨率 resolution_low	81.650 Å
R 因子 r_factor	0.1561
R_work r_work	0.1551
R_free r_free	0.1750

fit	/app/data/saxs_computation/tm/1tm7/1tm7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tm/1tm7/1tm7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tm/1tm7/1tm7.dat

;crystal structure of the complex of subtilisin BPN' with chymotrypsin inhibitor 2 M59Y mutant ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)