SAXSdb — 1tme

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1) ;

;Theiler's encephalomyelitis virus (STRAIN DA) ;

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 240	water × 240	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 20	water × 20	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	water × 24	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 120	water × 120	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_TMEVD
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–274； UniProt 647–920 作者链 2； PDB构建体 1–267； UniProt 148–414 作者链 3； PDB构建体 1–236； UniProt 415–650 作者链 4； PDB构建体 1–71； UniProt 77–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tme
沉积日期 deposition_date	1992-01-30
结构标题 title	THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THEILER VIRUS
关键词 keywords	VIRUS, Icosahedral virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1tme__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1tme__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1tme__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	134.20 Å
总 Rg	134.30 Å
原子数	357180
残基数	45960
排除体积	6320300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1tme__assembly_1__model_1`	240-MERIC （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1tme__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1tme__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1tme__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1tme__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`1tme__assembly_6__model_1`	120-meric （120）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1) ;
分子量 formula_weight	30385.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	6280

GSDNAEKGKVSNDDASVDFVAEPVKLPENQTRVAFFYDRAVPIGMLRPGQNIESTFVYQENDLRLNCLLLTPLPSFCPDSTSGPVKTKAPVQWRWVRSGGTTNFPLMTKQDYAFLCFSPFTYYKCDLEVTVSALGTDTVASVLRWAPTGAPADVTDQLIGYTPSLGETRNPHMWLVGAGNTQISFVVPYNSPLSVLPAAWFNGWSDFGNTKDFGVAPNADFGRLWIQGNTSASVRIRYKKMKVFCPRPTLFFPWPVSTRSKINADNPVPILELE

来源 Source

来源生物 organism	;Theiler's encephalomyelitis virus (STRAIN DA) ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12126

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2) ;
分子量 formula_weight	29544.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

DQNTEEMENLSDRVASDKAGNSATNTQSTVGRLCGYGEAHHGEHPASCADTATDKVLAAERYYTIDLASWTTTQEAFSHIRIPLPHVLAGEDGGVFGATLRRHYLCKTGWRVQVQCNASQFHAGSLLVFMAPEFYTGKGTKTGDMEPTDPFTMDTTWRAPQGAPTGYRYDSRTGFFAMNHQNQWQWTVYPHQILNLRTNTTVDLEVPYVNIAPTSSWTQHANWTLVVAVFSPLQYASGSSSDVQITASIQPVNPVFNGLRHETVIAQ

来源 Source

来源生物 organism	;Theiler's encephalomyelitis virus (STRAIN DA) ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12126

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3) ;
分子量 formula_weight	25824.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

SPIAVTVREHKGCFYSTNPDTTVPIYGKTISTPNDYMCGEFSDLLELCKLPTFLGNPNSNNKRYPYFSATNSVPTTSLVDYQVALSCSCMCNSMLAAVARNFNQYRGSLNFLFVFTGAAMVKGKFLIAYTPPGAGKPTTRDQAMQATYAIWDLGLNSSFVFTAPFISPTHYRQTSYTSATIASVDGWVTVWQLTPLTYPSGTPVNSDILTLVSAGDDFTLRMPISPTKWVPQGSDN

来源 Source

来源生物 organism	;Theiler's encephalomyelitis virus (STRAIN DA) ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12126

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4) ;
分子量 formula_weight	7107.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GNASSSDKSNSQSSGNEGVIINNFYSNQYQNSIDLSASGGNAGDAPQNNGQLSNILGGAANAFATMAPLLL

来源 Source

来源生物 organism	;Theiler's encephalomyelitis virus (STRAIN DA) ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12126

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	327

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1tme.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1tme1_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1tme3_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1tme100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1tme200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1tme300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	360.500 Å
晶胞边长 b length_b	338.400 Å
晶胞边长 c length_c	348.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.3000
R_free r_free	—

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THEILER VIRUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1) ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tme__assembly_1__model_1

1tme__assembly_1__model_1 | I(q)

1tme__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THEILER VIRUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1) ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tme__assembly_1__model_1

1tme__assembly_1__model_1 | I(q)

1tme__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)