SAXSdb — 1tmf

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tmf
沉积日期 deposition_date	1992-02-20
结构标题 title	THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THEILER MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (BEAN STRAIN)
关键词 keywords	COAT PROTEIN, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.92 Å
零角强度 I(0) i0	127259000.00
分子量 molecular_weight	88701.0 kDa
排除体积 excluded_volume	110590 Å³
包络体积 envelope_volume	155790 Å³
水化壳体积 shell_volume	41595 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.3 Å
壳层 Rg shell_rg	38.01 Å
包络 Rg envelope_rg	31.91 Å
形状 Rg shape_rg	30.88 Å
总 Rg total_rg	31.70 Å
总原子数 total_atoms	6260
残基数 n_residues	806
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	127300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8802
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.357
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.265
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.945

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1) ;
分子量 formula_weight	30574.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	6260

GVDNAEKGKVSNDDASVDFVAEPVKLPENQTRVAFFYDRAVPIGMLRPGQNMETTFNYQENDYRLNCLLLTPLPSFCPDSSSGPQKTKAPVQWRWVRSGGVNGANFPLMTKQDYAFLCFSPFTFYKCDLEVTVSALGTDTVASVLRWAPTGAPADVTDQLIGYTPSLGETRNPHMWLVGAGNSQVSFVVPYNSPLSVLPAAWFNGWSDFGNTKDFGVAPNADFGRLWIQGNTSASVRIRYKKMKVFCPRPTLFFPWPTPTTTKINADNPVPILELE

来源 Source

来源生物 organism	;Theiler's encephalomyelitis virus ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12124

Entity 2 polymer

描述 description	;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2) ;
分子量 formula_weight	29494.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

DQNTEEMENLSDRVASDKAGNSATNTQSTVGRLCGYGKSHHGEHPASCADTATDKVLAAERYYTIDLASWTTSQEAFSHIRIPLPHVLAGEDGGVFGATLRRHYLCKTGWRVQVQCNASQFHAGSLLVFMAPEFYTGKGTKTGTMEPSDPFTMDTEWRSPQGAPTGYRYDSRTGFFATNHQNQWQWTVYPHQILNLRTNTTVDLEVPYVNVAPSSSWTQHANWTLVVAVLSPLQYATGSSPDVQITASLQPVNPVFNGLRHETVIAQ

来源 Source

来源生物 organism	;Theiler's encephalomyelitis virus ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12124

Entity 3 polymer

描述 description	;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3) ;
分子量 formula_weight	25508.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

SPIPVTVREHKGCFYSTNPDTTVPIYGKTISTPSDYMCGEFSDLLELCKLPTFLGNPNTNNKRYPYFSATNSVPATSMVDYQVALSCSCMANSMLAAVARNFNQYRGSLNFLFVFTGAAMVKGKFLIAYTPPGAGKPTTRDQAMQSTYAIWDLGLNSSFNFTAPFISPTHYRQTSYTSPTITSVDGWVTVWQLTPLTYPSGTPTNSDILTLVSAGDDFTLRMPISPTKWVPQ

来源 Source

来源生物 organism	;Theiler's encephalomyelitis virus ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12124

Entity 4 polymer

描述 description	;THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4) ;
分子量 formula_weight	4686.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

NESGNEGVIINNFYSNQYQNSIDLSASGGNAGDAPQTNGQLSNLL

来源 Source

来源生物 organism	;Theiler's encephalomyelitis virus ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12124

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1tmf.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1tmf1_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1tmf3_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1tmf100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1tmf200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1tmf300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	331.860 Å
晶胞边长 b length_b	331.860 Å
晶胞边长 c length_c	796.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	240

空间群 space_group	P 43 2 2
空间群编号 int_tables_number	95
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/tm/1tmf/1tmf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tm/1tmf/1tmf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tm/1tmf/1tmf.dat

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THEILER MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (BEAN STRAIN)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)