SAXSdb — 1tn9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (INTEGRASE)

Enterococcus faecalis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 3–71	片段：N-TERMINAL DNA BINDING DOMAIN 突变：C57A	;DNA (5'-D(GPAPGPTPAPGPTPAPAPAPTPTPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPAPAPTPTPTPAPCPTPAPCPTPC)-3') ; × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；305 K	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TN9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B69 THE SOLUTION STRUCTURE OF TN916 INTEGRASE N-TERMINAL DOMAIN/DNA COMPLEX 提交 1999-01-21	当前字段一致	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 3–71（69 aa）片段：N-TERMINAL DNA BINDING DOMAIN	突变：C57A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K	分辨率未提供
1BB8 N-TERMINAL DNA BINDING DOMAIN FROM TN916 INTEGRASE, NMR, 25 STRUCTURES 提交 1998-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–73（71 aa）片段：N-TERMINAL DNA BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K NMR样品组成 H2O	分辨率未提供
2BB8 N-TERMINAL DNA BINDING DOMAIN FROM TN916 INTEGRASE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–73（71 aa）片段：N-TERMINAL DNA BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K NMR样品组成 H2O	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNR6_ENTFA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–69； UniProt 3–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tn9
沉积日期 deposition_date	1999-01-21
结构标题 title	THE SOLUTION STRUCTURE OF TN916 INTEGRASE N-TERMINAL DOMAIN/DNA COMPLEX
关键词 keywords	INTEGRASE, DNA BINDING, TRANSPOSITION, COMPLEX, BETA-SHEET RECOGNITION, INTEGRASE-DNA COMPLEX; INTEGRASE/DNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.45 Å
零角强度 I(0) i0	2506340000.00
分子量 molecular_weight	321560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	359480 Å³
包络体积 envelope_volume	32165 Å³
水化壳体积 shell_volume	16103 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.2 Å
壳层 Rg shell_rg	22.79 Å
包络 Rg envelope_rg	17.18 Å
形状 Rg shape_rg	15.37 Å
总 Rg total_rg	15.72 Å
总原子数 total_atoms	39820
残基数 n_residues	1900
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.7 Å
Rg (实空间) rg_real	15.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5060e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6510e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2506000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8831
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.204
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.428
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	685200.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPGPTPAPGPTPAPAPAPTPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4014.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	39820

GAGTAGTAAATTC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPAPTPTPTPAPCPTPAPCPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3925.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GAATTTACTACTC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (INTEGRASE)
分子量 formula_weight	8177.3 kDa
突变 mutation	C57A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EKRRDNRGRILKTGESQRKDGRYLYKYIDSFGEPQFVYSWKLVATDRVPAGKRDAISLREKIAELQKDI

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1351
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1tn9a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.10 — DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.10.1 — DNA-binding domain
家族 Family family	d.10.1.1 — DNA-binding domain from tn916 integrase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1tn9A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/tn/1tn9/1tn9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tn/1tn9/1tn9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tn/1tn9/1tn9.dat

THE SOLUTION STRUCTURE OF TN916 INTEGRASE N-TERMINAL DOMAIN/DNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (INTEGRASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)