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1toz

NMR structure of the human NOTCH-1 ligand binding region

Method: SOLUTION NMR Dmax: 59.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic locus notch homolog protein 1

Homo sapiens

UniProt P46531

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 411–526 片段：NOTCH-1 EGF 11-13 突变：M477I 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）15mM CaCl2；压力 ambient NMR样品组成：0.5-1mM protein | 90% H2O, 10% D2O, 15mM CaCl2, 0.02% NaN3 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1TOZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1PB5 NMR Structure of a Prototype LNR Module from Human Notch1 提交 2003-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1447–1481（35 aa） 片段：First LNR module
未记录 CA CALCIUM ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Ca2+；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；283 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Ca2+, 50mM PIPES；压力 ambient
NMR样品组成 1mM LNRA U-15N, 10mM Ca2+, 0.5mM DSS pH 6.5 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM LNRA U-15N,13C, 10mM Ca2+, 0.5mM DSS pH 6.5 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.5mM LNRA U-15N,13C, 10 mM Ca2+, 0.5mM DSS, 50 mM deuterated PIPES pH 7.0 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1YYH Crystal structure of the human Notch 1 ankyrin domain 提交 2005-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1873–2115（243 aa） 片段：ankyrin domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium hydrogen phosphate, sodium chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.193
1YYH Crystal structure of the human Notch 1 ankyrin domain 提交 2005-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1873–2115（243 aa） 片段：ankyrin domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium hydrogen phosphate, sodium chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.193
2F8X Crystal structure of activated Notch, CSL and MAML on HES-1 promoter DNA sequence 提交 2005-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 K 1873–2127（255 aa） 片段：[Contains: Notch 1 extracellular truncation; Notch 1 intracellular domain]
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 HANGING DROP；pH 7.9；298 K；50mM HEPES, 6% PEG 3350, and 5% ethylene glycol, pH 7.9, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.25 Å R-free 0.257
2F8Y Crystal structure of human Notch1 ankyrin repeats to 1.55A resolution. 提交 2005-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1906–2127（222 aa） 片段：ankyrin repeat domain, repeats 1-7
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å R-free 0.187
2F8Y Crystal structure of human Notch1 ankyrin repeats to 1.55A resolution. 提交 2005-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1906–2127（222 aa） 片段：ankyrin repeat domain, repeats 1-7
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å R-free 0.187
2HE0 Crystal structure of a human Notch1 ankyrin domain mutant 提交 2006-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1873–2115（243 aa） 片段：Ankyrin Domain, residues 1873-2115
链 B 1873–2115（243 aa） 片段：Ankyrin Domain, residues 1873-2115
突变：E58A, R66A 突变：E58A, R66A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.55M Sodium/Potassium Tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.231
2VJ3 Human Notch-1 EGFs 11-13 提交 2007-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：EGFS 11-13, RESIDUES 411-526
未记录 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.7；30% (W/V) PEG-5000-MME, 100MM SODIUM ACETATE, PH5.7
分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3ETO 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2008-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1447–1734（288 aa） 片段：NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734
未记录 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3ETO 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2008-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1447–1734（288 aa） 片段：NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734
未记录 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1446–1664（219 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665)
链 B 1666–1734（69 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)
未记录 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1446–1664（219 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665)
链 D 1666–1734（69 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1446–1664（219 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665)
链 B 1666–1734（69 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)
链 C 1446–1664（219 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665)
链 D 1666–1734（69 aa） 片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)
未记录 CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3L95 Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody 提交 2010-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 X 1448–1621（174 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 X 1670–1728（59 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 Y 1448–1621（174 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 Y 1670–1728（59 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.271
3L95 Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody 提交 2010-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 1448–1621（174 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 X 1670–1728（59 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 Y 1448–1621（174 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
链 Y 1670–1728（59 aa） 片段：Negative regulatory region (NRR1)
未记录 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.271
3NBN Crystal structure of a dimer of Notch Transcription Complex trimers on HES1 DNA 提交 2010-06-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 B 1872–2126（255 aa） 片段：residues 1872-2126
链 E 1872–2126（255 aa） 片段：residues 1872-2126
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；3% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.15M NaCl, 0.1M magnesium chloride, 0.1M BIS-TRIS, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.45 Å R-free 0.298
3V79 Structure of human Notch1 transcription complex including CSL, RAM, ANK, and MAML-1 on HES-1 promoter DNA sequence 提交 2011-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 K 1872–2126（255 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；6% PEG 3350, 5% Ethylene glycol, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.85 Å R-free 0.245
4CUD Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant fucosylated at T466 提交 2014-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 410–526（117 aa） 片段：EGF 11-13, RESIDUES 410-526
未记录 FUC alpha-L-fucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 1.85 Å R-free 0.260
4CUE Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466V 提交 2014-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526
突变：YES CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5
分辨率 3.00 Å R-free 0.282
4CUF Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466S 提交 2014-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526
突变：YES CA CALCIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.29 Å R-free 0.286
4D0E Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant GlcNAc-fucose disaccharide modified at T466 提交 2014-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 1.61 Å R-free 0.270
4D0F Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466A 提交 2014-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 411–526（116 aa） 片段：EGF 11-13
突变：YES CA CALCIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.265
5FM9 human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 140–294（155 aa） 片段：EGF DOMAINS 4-7, UNP RESIDUES 140-294
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；PH 8.5
分辨率 2.92 Å R-free 0.237
5FMA human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 142–294（153 aa） 片段：EGF DOMAINS 4-7, RESIDUES 142-294
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.46 Å R-free 0.263
5FMA human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 142–294（153 aa） 片段：EGF DOMAINS 4-7, RESIDUES 142-294
未记录 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.46 Å R-free 0.263
5KZO Notch1 transmembrane and associated juxtamembrane segment 提交 2016-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1721–1771（51 aa） 片段：UNP residues 1721-1771
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）65 mM imidazole；压力 1
NMR样品组成 350 uM [U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC bicelle, 1 mM EDTA, 65 mM imidazole, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC bicelle, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC, 1 mM EDTA, 65 mM imidazole, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5L0R human POGLUT1 in complex with Notch1 EGF12 and UDP 提交 2016-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 452–491（40 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol
分辨率 1.50 Å R-free 0.171
5UB5 human POGLUT1 in complex with human Notch1 EGF12 S458T mutant and UDP 提交 2016-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 452–491（40 aa） 片段：UNP residues 452-491
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% (v/v) PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.09 Å R-free 0.193
6PY8 Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA 提交 2019-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 1759–2127（369 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350
分辨率 3.75 Å R-free 0.315
6PY8 Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA 提交 2019-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 K 1759–2127（369 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350
分辨率 3.75 Å R-free 0.315
8OR5 Solution NMR structure of Notch1 TMD 提交 2023-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1734–1760（27 aa） 片段：Notch1 transmembrane domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1
NMR样品组成 500 uM Notch1 WT TMD, trifluoroethanol/water 80/20 | trifluoroethanol/water 80/20
分辨率未提供
8ORY Solution NMR structure of Notch1 L1740-1743 TMD 提交 2023-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1734–1757（24 aa）
突变：A1740L, A1741L, A1742L, A1743L 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1
NMR样品组成 500 uM Notch1 L1740-1743 TMD, trifluoroethanol/water 80/20 | trifluoroethanol/water 80/20
分辨率未提供
8ORZ Solution NMR structure of Notch1 G1740-1743 TMD 提交 2023-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1734–1757（24 aa） 片段：Notch1 transmembrane domain
突变：A1740G, A1741G, A1742G, A1743G 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1
NMR样品组成 500 uM Notch1 G1740-1743 TMD, trifluoroethanol/water 80/20 | trifluoroethanol/water 80/20
分辨率未提供
9B3G Human Notch-1 EGFs 21-23 提交 2024-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 790–906（117 aa） 片段：Human Notch1 EGF domains 21-23
未记录 BA BARIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M BIS-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG3350
分辨率 1.55 Å R-free 0.218
9B3N Human Notch-1 EGFs 20-24 提交 2024-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 753–944（192 aa） 片段：Human Notch1 EGFs 20-24
未记录 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Imidazole Malate pH 6 8% (w/v) PEG4K
分辨率 1.50 Å R-free 0.198

共 27 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOTC1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–116； UniProt 411–526

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1toz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1toz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1toz
沉积日期 deposition_date2004-06-15
结构标题 titleNMR structure of the human NOTCH-1 ligand binding region
关键词 keywordsNOTCH, EGF, CALCIUM BINDING, LIGAND BINDING, MODULE, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.45 Å
零角强度 I(0) i01165990000.00
分子量 molecular_weight251220.0 kDa
排除体积 excluded_volume298010 ų
包络体积 envelope_volume59505 ų
水化壳体积 shell_volume18184 ų
包络直径 envelope_diameter103.1 Å
壳层 Rg shell_rg33.92 Å
包络 Rg envelope_rg30.13 Å
形状 Rg shape_rg23.48 Å
总 Rg total_rg23.55 Å
总原子数 total_atoms32760
残基数 n_residues2320
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.6 Å
Rg (实空间) rg_real21.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.13 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1120e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2570e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1166000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6264
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary13.8 Å
偏度 Skewness skewness0.269
峰度 Kurtosis kurtosis-0.913
角度范围 angular_range— – 0.3450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha2.5510
最高正则化参数 α highest_alpha83240.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.003; Oscil: 0.930; Stabil: 0.983; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.411; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1toza1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module
结构域编号 domain_idd1toza2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module
结构域编号 domain_idd1toza3
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1tozA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
结构域编号 domain_id1tozA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)