SAXSdb — 1tpk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 211–298	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 211–298	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 211–298	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TPK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A5H CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN TWO-CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR COMPLEX OF A BIS-BENZAMIDINE 提交 1998-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 311–562（252 aa）片段：LIGHT CHAIN, CATALYTIC DOMAIN 链 C 298–304（7 aa）片段：HEAVY CHAIN FRAGMENT, CATALYTIC DOMAIN	未记录	BBA 2,7-BIS-(4-AMIDINOBENZYLIDENE)-CYCLOHEPTAN-1-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.90 Å
1A5H CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN TWO-CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR COMPLEX OF A BIS-BENZAMIDINE 提交 1998-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 311–562（252 aa）片段：LIGHT CHAIN, CATALYTIC DOMAIN 链 D 298–304（7 aa）片段：HEAVY CHAIN FRAGMENT, CATALYTIC DOMAIN	未记录	BBA 2,7-BIS-(4-AMIDINOBENZYLIDENE)-CYCLOHEPTAN-1-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.90 Å
1BDA CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN SINGLE CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR IN COMPLEX WITH DANSYL-EGR-CMK (DANSYL-GLU-GLY-ARG CHLOROMETHYL KETONE) 提交 1998-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 298–562（265 aa）片段：UNP residues 298-562	突变：DELETION MUTANT	2Z0 N-{[5-(dimethylamino)naphthalen-2-yl]sulfonyl}-L-alpha-glutamyl-N-[(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-(chloroacetyl) butyl]glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；pH 8.2	分辨率 3.35 Å
1BDA CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN SINGLE CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR IN COMPLEX WITH DANSYL-EGR-CMK (DANSYL-GLU-GLY-ARG CHLOROMETHYL KETONE) 提交 1998-05-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 298–562（265 aa）片段：UNP residues 298-562	突变：DELETION MUTANT	2Z0 N-{[5-(dimethylamino)naphthalen-2-yl]sulfonyl}-L-alpha-glutamyl-N-[(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-(chloroacetyl) butyl]glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；pH 8.2	分辨率 3.35 Å
1PK2 SOLUTION STRUCTURE OF THE TISSUE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR KRINGLE 2 DOMAIN COMPLEXED TO 6-AMINOHEXANOIC ACID AN ANTIFIBRINOLYTIC DRUG 提交 1991-09-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 209–298（90 aa）	未记录	ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1PML KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES 提交 1994-04-25	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 213–298（86 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.38 Å
1PML KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES 提交 1994-04-25	构建体不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 213–298（86 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.38 Å
1PML KRINGLE-KRINGLE INTERACTIONS IN MULTIMER KRINGLE STRUCTURES 提交 1994-04-25	构建体不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 213–298（86 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.38 Å
1RTF COMPLEX OF BENZAMIDINE WITH THE CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN TWO CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR [(TC)-T-PA] 提交 1995-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 311–562（252 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.265
1TPG F1-G MODULE PAIR RESIDUES 1-91 (C83S) OF TISSUE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR (T-PA) (NMR, 298K, PH2.95, REPRESENTATIVE STRUCTURE) 提交 1995-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–126（91 aa）	突变：C83S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1TPM SOLUTION STRUCTURE OF THE FIBRIN BINDING FINGER DOMAIN OF TISSUE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR DETERMINED BY 1H NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE 提交 1993-05-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–85（50 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1TPN SOLUTION STRUCTURE OF THE FIBRIN BINDING FINGER DOMAIN OF TISSUE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR DETERMINED BY 1H NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE 提交 1993-05-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–85（50 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
5BRR Michaelis complex of tPA-S195A:PAI-1 提交 2015-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 311–562（252 aa）片段：UNP residues 311-562	突变：C120A, N173Q, S203A	GOL GLYCEROL × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；298.15 K；8% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl	分辨率 3.16 Å R-free 0.276
5ZLZ Structure of tPA and PAI-1 提交 2018-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 311–561（251 aa）	突变：C430A, F458E, N483Q, S513A	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4-8% PEG 3350, 20 mM bis-Tris-HCl pH 7.0	分辨率 3.58 Å R-free 0.312

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–88； UniProt 211–298 作者链 B； PDB构建体 1–88； UniProt 211–298 作者链 C； PDB构建体 1–88； UniProt 211–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tpk
沉积日期 deposition_date	1991-09-24
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE KRINGLE-2 DOMAIN OF TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR AT 2.4-ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	PLASMINOGEN ACTIVATOR; PLASMINOGEN ACTIVATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.60 Å
零角强度 I(0) i0	17130300.00
分子量 molecular_weight	29041.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35308 Å³
包络体积 envelope_volume	44186 Å³
水化壳体积 shell_volume	18092 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.84 Å
包络 Rg envelope_rg	21.69 Å
形状 Rg shape_rg	21.58 Å
总 Rg total_rg	22.34 Å
总原子数 total_atoms	2028
残基数 n_residues	255
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8828
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.547
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3772000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.886; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR
分子量 formula_weight	9653.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2119

GNSDCYFGNGSAYRGTHSLTESGASCLPWNSMILIGKVYTAQNPSAQALGLGKHNYCRNPDGDAKPWCHVLKNRRLTWEYCDVPSCST

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	91

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1tpka_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d1tpkb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d1tpkc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1tpkA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	1tpkB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	1tpkC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.800 Å
晶胞边长 b length_b	63.580 Å
晶胞边长 c length_c	46.580 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/tp/1tpk/1tpk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tp/1tpk/1tpk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tp/1tpk/1tpk.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE KRINGLE-2 DOMAIN OF TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR AT 2.4-ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution