1tro

CRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.6 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TRP REPRESSOR)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 0–107 链 C； UniProt 0–107	未记录	;DNA (5'-D(TPGPTPAPCPTPAPGPTPTPAPAPCPTPAPGPT PAPC)-3') ; × 2 TRP* TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 0–107 链 G； UniProt 0–107	未记录	;DNA (5'-D(TPGPTPAPCPTPAPGPTPTPAPAPCPTPAPGPT PAPC)-3') ; × 2 TRP* TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TRO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CO0 NMR STUDY OF TRP REPRESSOR-MTR OPERATOR DNA COMPLEX 提交 1999-05-30	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.7	分辨率未提供
1JHG TRP REPRESSOR MUTANT V58I 提交 1996-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–107（101 aa）	突变：CHAIN A, V58I	PO4 PHOSPHATE ION × 2 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION 2.0 M SODIUM PHOSPHATE, PH 5.0 600 MM AMMONIUM CHLORIDE 5 MM L-TRYPTOPHAN, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.30 Å R-free 0.172
1MI7 Crystal Structure of Domain Swapped trp Aporepressor in 30%(v/v) Isopropanol 提交 2002-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–107（107 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100 mM Na HEPES, 100 mM sodium chloride, 30%(v/v) isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1RCS NMR STUDY OF TRP REPRESSOR-OPERATOR DNA COMPLEX 提交 1995-05-12	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–106（104 aa）链 B 3–106（104 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1TRR TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX 提交 1993-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 G 1–107（107 aa）链 H 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1TRR TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX 提交 1993-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）链 J 1–107（107 aa）链 K 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1WRP FLEXIBILITY OF THE DNA-BINDING DOMAINS OF TRP REPRESSOR 提交 1987-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1WRS NMR STUDY OF HOLO TRP REPRESSOR 提交 1995-05-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 3–107（105 aa）链 S 3–107（105 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1WRT NMR STUDY OF APO TRP REPRESSOR 提交 1995-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 3–107（105 aa）链 S 3–107（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
2OZ9 E. coli TRP holorepressor, orthorhombic crystal form 提交 2007-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 2–108（107 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；298 K；crystallization conditions: 2.5 M sodium phosphate, 0.6 M ammonium chloride, 2.5 mM L-tryptophan. Prior to data collection the crystal was equilibrated to 2.4 M ammonium sulfate, 0.4 M sodium chloride, 2.4 mM L-tryptophan, 50 mM sodium acetate., pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.65 Å
3SSW E. coli trp aporepressor 提交 2011-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 2–108（107 aa）链 R 2–108（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；Hampton Research Crystal Screen condition #6: 30% (w/v) PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.67 Å R-free 0.219
3SSX E. coli trp aporeporessor L75F mutant 提交 2011-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 2–108（107 aa）链 R 2–108（107 aa）	突变：L75F 突变：L75F	TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；Hampton Research Crystal Screen condition #6: 30% (w/v) PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.58 Å R-free 0.218
3WRP FLEXIBILITY OF THE DNA-BINDING DOMAINS OF TRP REPRESSOR 提交 1987-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
6EJW Tryptophan Repressor TrpR from E.coli wildtype with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 2 M Ammonium sulfate	分辨率 1.99 Å R-free 0.243
6EJW Tryptophan Repressor TrpR from E.coli wildtype with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 2 M Ammonium sulfate	分辨率 1.99 Å R-free 0.243
6EKP Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2 P3G 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.05 Calcium Chloride 0.1M Bis-Tris pH 6.5 30% PEG 550 MME	分辨率 1.46 Å R-free 0.190
6ELB Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81M N87G S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350 0.17M KCl 3% D-(+) Trehalose dihydrate	分辨率 1.44 Å R-free 0.193
6ELF Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81I S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH 6.5 12 % PEG 20000	分辨率 1.83 Å R-free 0.217
6ELG Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81I S88Y with Indole-3-acetonitrile 提交 2017-09-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	3BO 1H-indol-3-ylacetonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M Ammonium Formate 20% PEG 3350	分辨率 1.38 Å R-free 0.176
6ENI Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.1 M MMT buffer pH 4 25 % PEG 1500	分辨率 1.10 Å R-free 0.175
6ENN Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M N87G S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1 M MMT buffer pH 5 25 % PEG 1500	分辨率 1.17 Å R-free 0.180
6F7F Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid 提交 2017-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–106（103 aa）链 B 4–106（103 aa）	未记录	IOP INDOLYLPROPIONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M Calcium Chloride 0.1 M HEPES pH7.5 30% PEG 4000	分辨率 2.13 Å R-free 0.229
6F7F Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid 提交 2017-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 4–106（103 aa）链 D 4–106（103 aa）	未记录	IOP INDOLYLPROPIONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M Calcium Chloride 0.1 M HEPES pH7.5 30% PEG 4000	分辨率 2.13 Å R-free 0.229
6F7G Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 5-Methyltryptamine 提交 2017-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–106（103 aa）链 C 4–106（103 aa）	未记录	CVW 2-(5-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethanamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 Sodium Chloride 0.1 M HEPES pH7.5 25% PEG 3350	分辨率 1.66 Å R-free 0.226
6F9K Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 5-methyl-L-tryptophan as ligand 提交 2017-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–107（107 aa）	未记录	D0Q 5-methyl-L-tryptophan × 8 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.1M Citric acid pH3.5, 2.4M Ammonium sulfate, pH4.0 cryo: +25% glycerol	分辨率 1.40 Å R-free 0.206
6FAL Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid as ligand 提交 2017-12-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–108（107 aa）链 B 2–108（107 aa）	未记录	IOP INDOLYLPROPIONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M MgCl2 0.1M Tris HCl, pH8.5 30% PEG 4000	分辨率 1.20 Å R-free 0.179
6ST6 Crystal Structure of Domain Swapped Trp Repressor V58I Variant 提交 2019-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–105（105 aa）	突变：V58I	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM Na HEPES, 100 mM sodium chloride, 27.5-35%(v/v) isopropanol, pH 7.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.311
6ST7 Crystal Structure of Domain Swapped Trp Repressor V58I Variant with bound L-trp 提交 2019-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–105（105 aa）	突变：V58I	TRP TRYPTOPHAN × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM Na HEPES, 100 mM sodium chloride, 27.5-35%(v/v) isopropanol, pH 7.5	分辨率 2.45 Å R-free 0.287

共 26 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPR_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 0–107 作者链 C； PDB构建体 1–108； UniProt 0–107 作者链 E； PDB构建体 1–108； UniProt 0–107 作者链 G； PDB构建体 1–108； UniProt 0–107

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tro
沉积日期 deposition_date	1992-08-30
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RESOLUTION
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, DOUBLE HELIX, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.18 Å
零角强度 I(0) i0	109309000.00
分子量 molecular_weight	69537.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80748 Å³
包络体积 envelope_volume	117700 Å³
水化壳体积 shell_volume	28232 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.13 Å
包络 Rg envelope_rg	36.65 Å
形状 Rg shape_rg	37.14 Å
总 Rg total_rg	37.43 Å
总原子数 total_atoms	4801
残基数 n_residues	477
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.6 Å
Rg (实空间) rg_real	37.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	109300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7386
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.536
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.567
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7082000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.493; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.252; Smooth: 0.868

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPTPAPCPTPAPGPTPTPAPAPCPTPAPGPT PAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	5818.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,J,K,L
原子数 atom_count	5373

TGTACTAGTTAACTAGTAC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (TRP REPRESSOR)
分子量 formula_weight	12371.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G

MAQQSPYSAAMAEERHQEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLTPDEREALGTRVRIVEELLRGEMSQRELKNELGAGIATITRGSNSLKAAPVELRQWLEEVLLKSD

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TRYPTOPHAN
分子量 formula_weight	204.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	572

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1troa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.12 — TrpR-like
家族 Family family	a.4.12.1 — Trp repressor, TrpR

结构域编号 domain_id	d1troc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.12 — TrpR-like
家族 Family family	a.4.12.1 — Trp repressor, TrpR

结构域编号 domain_id	d1troe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.12 — TrpR-like
家族 Family family	a.4.12.1 — Trp repressor, TrpR

结构域编号 domain_id	d1trog_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.12 — TrpR-like
家族 Family family	a.4.12.1 — Trp repressor, TrpR

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1troA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Trp Operon Repressor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TrpR-like

结构域编号 domain_id	1troC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Trp Operon Repressor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TrpR-like

结构域编号 domain_id	1troE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Trp Operon Repressor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TrpR-like

结构域编号 domain_id	1troG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Trp Operon Repressor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TrpR-like

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	43.650 Å
晶胞边长 b length_b	72.430 Å
晶胞边长 c length_c	107.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1670
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/tr/1tro/1tro.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tr/1tro/1tro.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tr/1tro/1tro.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TRP REPRESSOR)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)