← 返回搜索
1ttk

NMR solution structure of omega-conotoxin MVIIA, a N-type calcium channel blocker

Method: SOLUTION NMR Dmax: 23.0 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Omega-conotoxin MVIIa

物种未注明

UniProt P05484

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 46–70 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 3.5；293 K；压力 ambient NMR测量条件：pH 3.5；280 K；压力 ambient NMR样品组成：2mM MVIIA, 95% H2O, D2O, DSS | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：2mM MVIIA, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1TTK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DW4 NMR STRUCTURE OF OMEGA-CONOTOXIN MVIIA: CONSTRAINTS ON DISULPHIDE BRIDGES 提交 2000-01-24 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–25（25 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 1 | H2O (10% D2O)
NMR样品组成 1 | D2O
分辨率未提供
1DW5 NMR STRUCTURE OF OMEGA-CONOTOXIN MVIIA: NO CONSTRAINTS ON DISULPHIDE BRIDGES 提交 2000-01-24 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–25（25 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1
分辨率未提供
1FEO Solution structure of omega-conotoxin MVIIA with C-terminal Gly 提交 2000-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–25（25 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；283 K；压力 ambient
NMR样品组成 2 mM omega-MVIIA-Gly | 93% H2O, 7% D20
NMR样品组成 2 mM omega-MVIIA-Gly U-15N | 93% H2O, 7% D20
分辨率未提供
1MVI N-TYPE CALCIUM CHANNEL BLOCKER, OMEGA-CONOTOXIN MVIIA, NMR, 15 STRUCTURES 提交 1996-08-02 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–25（25 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3；293 K
分辨率未提供
1OMG NMR STUDY OF OMEGA-CONOTOXIN MVIIA 提交 1995-04-26 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–25（25 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1TT3 NMR soulution structure of omega-conotoxin [K10]MVIIA 提交 2004-06-21 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 46–70（25 aa）
突变：R10K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.5；293 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 3.5；280 K；压力 ambient
NMR样品组成 2mM [K10]MVIIA, 95% H2O, 5% D2O, DSS | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 2mM [K10]MVIIA, 100% D2O, DSS | 100% D2O
分辨率未提供
7MIX Human N-type voltage-gated calcium channel Cav2.2 in the presence of ziconotide at 3.0 Angstrom resolution 提交 2021-04-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 46–70（25 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 CLR CHOLESTEROL × 5 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 6 seconds before plunging
分辨率 3.00 Å
7VFU Human N-type voltage gated calcium channel CaV2.2-alpha2/delta1-beta1 complex, bound to ziconotide 提交 2021-09-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 46–70（25 aa）
未记录 R16 HEXADECANE × 18 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 1 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXO7A_CONMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–25； UniProt 46–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ttk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ttk
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ttk
沉积日期 deposition_date2004-06-22
结构标题 titleNMR solution structure of omega-conotoxin MVIIA, a N-type calcium channel blocker
关键词 keywordsfour loop frame work, amidated C-terminal, disulfide rich, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier6.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron7.22 Å
零角强度 I(0) i041143600.00
分子量 molecular_weight45054.0 kDa
排除体积 excluded_volume53310 ų
包络体积 envelope_volume5117 ų
水化壳体积 shell_volume5486 ų
包络直径 envelope_diameter27.0 Å
壳层 Rg shell_rg13.32 Å
包络 Rg envelope_rg8.77 Å
形状 Rg shape_rg7.18 Å
总 Rg total_rg7.56 Å
总原子数 total_atoms6035
残基数 n_residues425
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax23.0 Å
Rg (实空间) rg_real6.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal6.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal41140000.0000
解质量估计 total_estimate0.8463
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary22.5 Å
偏度 Skewness skewness0.186
峰度 Kurtosis kurtosis-0.182
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4818.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.742; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.785
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ttka_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.6 — omega toxin-like
家族 Family familyg.3.6.1 — Conotoxin
▶

8. 引用文献 (2)

▶

9. 文件与曲线 (10)