SAXSdb — 1tu4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-5A

Homo sapiens

UniProt P20339

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–184	片段：GTP binding domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
10	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–184 链 B； UniProt 15–184	片段：GTP binding domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 15–184	片段：GTP binding domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 15–184	片段：GTP binding domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 15–184	片段：GTP binding domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–184 链 B； UniProt 15–184 链 C； UniProt 15–184 链 D； UniProt 15–184	片段：GTP binding domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 12 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
6	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–184 链 B； UniProt 15–184 链 C； UniProt 15–184 链 D； UniProt 15–184	片段：GTP binding domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
7	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–184 链 B； UniProt 15–184	片段：GTP binding domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
8	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 15–184 链 D； UniProt 15–184	片段：GTP binding domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274
9	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 15–184 链 D； UniProt 15–184	片段：GTP binding domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO COBALT (II) ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；ammonium sulfate, cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TU4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N6H Crystal Structure of Human Rab5a 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.51 Å R-free 0.190
1N6I Crystal Structure of Human Rab5a A30P mutant Complex with GDP 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30P	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
1N6K Crystal Structure of Human Rab5a A30P mutant complex with GDP and aluminum fluoride 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30P	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.200
1N6L Crystal Structure of Human Rab5a A30P mutant complex with GTP 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30P	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.211
1N6N Crystal Structure of Human Rab5a A30R mutant complex with GppNHp 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30R	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
1N6O Crystal Structure of Human Rab5a A30K mutant complex with GppNHp 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30K	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.207
1N6P Crystal Structure of Human Rab5a A30E mutant complex with GppNHp 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30E	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.54 Å R-free 0.204
1N6R Crystal Structure of Human Rab5a A30L mutant complex with GppNHp 提交 2002-11-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPASE DOMAIN	突变：A30L	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 6000, sodium chloride, MES , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.55 Å R-free 0.200
1R2Q Crystal Structure of Human Rab5a GTPase Domain at 1.05 A resolution 提交 2003-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–184（170 aa）片段：GTPase domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG 6000, SODIUM CHLORIDE, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.05 Å R-free 0.169
1TU3 Crystal Structure of Rab5 complex with Rabaptin5 C-terminal Domain 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 15–184（170 aa）链 B 15–184（170 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG3350, ammonium bromide, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.277
1TU3 Crystal Structure of Rab5 complex with Rabaptin5 C-terminal Domain 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 15–184（170 aa）链 D 15–184（170 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG3350, ammonium bromide, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.277
1TU3 Crystal Structure of Rab5 complex with Rabaptin5 C-terminal Domain 提交 2004-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 15–184（170 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG3350, ammonium bromide, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.31 Å R-free 0.277
3MJH Crystal Structure of Human Rab5A in complex with the C2H2 Zinc Finger of EEA1 提交 2010-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–183（168 aa）片段：residues 16-183	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；18% PEG 4000, 50mM sodium acetate, 0.2M sodium-potassium phosphate, 10% glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.03 Å R-free 0.260
3MJH Crystal Structure of Human Rab5A in complex with the C2H2 Zinc Finger of EEA1 提交 2010-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 16–183（168 aa）片段：residues 16-183	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；18% PEG 4000, 50mM sodium acetate, 0.2M sodium-potassium phosphate, 10% glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.03 Å R-free 0.260
4Q9U Crystal structure of the Rab5, Rabex-5delta and Rabaptin-5C21 complex 提交 2014-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 15–184（170 aa）片段：UNP residues 15-184 链 F 15–184（170 aa）片段：UNP residues 15-184	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5；289 K；1.0M NaH2PO4/K2HPO4, pH 5.0, hanging drop, temperature 289K	分辨率 4.62 Å R-free 0.343
7BL1 human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2021-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 DDD 16–183（168 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 20, blot time 6 s	分辨率 9.80 Å
9RX5 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-AAAA-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）	突变：C19A, C63S, Q79L 突变：C19A, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.15 Å
9RX6 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-ERIR-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–212（212 aa）	突变：C19S, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.52 Å
9RX9 VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS34 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–212（212 aa）	突变：C19S, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.99 Å
9RXA VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–212（212 aa）	突变：C19S, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.00 Å
9RXB VPS34-CII (VPS34/VPS15/BECLIN1/UVRAG) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS34 and VPS15 subunits 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–212（212 aa）链 F 1–212（212 aa）	突变：C19S, C63S, Q79L 突变：C19S, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.03 Å
9S47 Human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2025-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–212（212 aa）	突变：C19S, C63S, Q79L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 9.88 Å

共 19 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB5A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–171； UniProt 15–184 作者链 B； PDB构建体 2–171； UniProt 15–184 作者链 C； PDB构建体 2–171； UniProt 15–184 作者链 D； PDB构建体 2–171； UniProt 15–184

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tu4
沉积日期 deposition_date	2004-06-24
结构标题 title	Crystal Structure of Rab5-GDP Complex
关键词 keywords	RAB5, GTPASE, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.98 Å
零角强度 I(0) i0	103584000.00
分子量 molecular_weight	77380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95169 Å³
包络体积 envelope_volume	120740 Å³
水化壳体积 shell_volume	34440 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.52 Å
包络 Rg envelope_rg	29.81 Å
形状 Rg shape_rg	29.98 Å
总 Rg total_rg	30.55 Å
总原子数 total_atoms	5350
残基数 n_residues	648
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8770
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.337
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.352
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.862

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-5A
分子量 formula_weight	19306.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5659

MGNKICQFKLVLLGESAVGKSSLVLRFVKGQFHEFQESTIGAAFLTQTVCLDDTTVKFEIWDTAGQERYHSLAPMYYRGAQAAIVVYDITNEESFARAKNWVKELQRQASPNIVIALSGNKADLANKRAVDFQEAQSYADDNSLLFMETSAKTSMNVNEIFMAIAKKLPKN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	309

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1tu4a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1tu4b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1tu4c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1tu4d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1tu4A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tu4B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tu4C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1tu4D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.900 Å
晶胞边长 b length_b	84.900 Å
晶胞边长 c length_c	199.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.610 Å
R 因子 r_factor	0.2170
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2740

fit	/app/data/saxs_computation/tu/1tu4/1tu4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tu/1tu4/1tu4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tu/1tu4/1tu4.dat

Crystal Structure of Rab5-GDP Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-5A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction