SAXSdb — 1tzs

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tzs
沉积日期 deposition_date	2004-07-12
结构标题 title	Crystal Structure of an activation intermediate of Cathepsin E
关键词 keywords	Hydrolase, aspartic protease, activation intermediate; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.89 Å
零角强度 I(0) i0	21935200.00
分子量 molecular_weight	35834.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44828 Å³
包络体积 envelope_volume	52011 Å³
水化壳体积 shell_volume	21804 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.50 Å
包络 Rg envelope_rg	20.14 Å
形状 Rg shape_rg	19.84 Å
总 Rg total_rg	20.93 Å
总原子数 total_atoms	2524
残基数 n_residues	336
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8237
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.355
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4397000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cathepsin E
分子量 formula_weight	37663.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.34
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2738

IQFTESCSMDQSAKEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSVYCTSPACKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSVEGLTVVGQQFGESVTEPGQTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPEGGAGSELIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDTGTSLITGPSDKIKQLQNAIGAAPVDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLLDFVDGMQFCSSGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGNNRVGLAPAVPWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	activation peptide from Cathepsin E
分子量 formula_weight	4222.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.34
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

GSLHRVPLRRHPSLKKKLRARSQLSEFWKSHNLDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	23-mer peptide from PelB-IgG kappa light chain fusion protein
分子量 formula_weight	2361.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MKYLLPTAAAGLLLLAAQPAMAM

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	214

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1tzsa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.2 — Pepsin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1tzsA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	1tzsA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.321 Å
晶胞边长 b length_b	61.321 Å
晶胞边长 c length_c	207.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	25.500 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2380

fit	/app/data/saxs_computation/tz/1tzs/1tzs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tz/1tzs/1tzs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tz/1tzs/1tzs.dat

Crystal Structure of an activation intermediate of Cathepsin E

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)