SAXSdb — 1u3a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol: disulfide interchange protein dsbA

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–208 链 B； UniProt 20–208 链 D； UniProt 20–208 链 E； UniProt 20–208	突变：C33A	PE5 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；281 K；PEG-MME550, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K, pH 6.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1U3A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A23 SOLUTION NMR STRUCTURE OF REDUCED DSBA FROM ESCHERICHIA COLI, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–208（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 1013 NMR样品组成 20 MM SODIUM PHOSPHATE IN H2O	分辨率未提供
1A24 SOLUTION NMR STRUCTURE OF REDUCED DSBA FROM ESCHERICHIA COLI, FAMILY OF 20 STRUCTURES 提交 1998-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–208（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 1013 NMR样品组成 20 MM SODIUM PHOSPHATE IN H2O	分辨率未提供
1A2J OXIDIZED DSBA CRYSTAL FORM II 提交 1998-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–208（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；27% PEG 4K IN 0.1M ACETATE BUFFER PH 5.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.227
1A2L REDUCED DSBA AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1998-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–208（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6 30% (W/V) PEG 4000 AND 40MM DTT.	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
1A2L REDUCED DSBA AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1998-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–208（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6 30% (W/V) PEG 4000 AND 40MM DTT.	分辨率 2.70 Å R-free 0.285
1A2M OXIDIZED DSBA AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION, CRYSTAL FORM III 提交 1998-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–208（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6 30% (W/V) PEG 4000.	分辨率 2.70 Å R-free 0.308
1A2M OXIDIZED DSBA AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION, CRYSTAL FORM III 提交 1998-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–208（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6 30% (W/V) PEG 4000.	分辨率 2.70 Å R-free 0.308
1AC1 DSBA MUTANT H32L 提交 1997-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–208（189 aa）链 B 20–208（189 aa）	突变：H32L 突变：H32L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.3；CACODYLATE PH 6.3 PEG 8K 25%	分辨率 2.00 Å R-free 0.220
1ACV DSBA MUTANT H32S 提交 1997-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–208（189 aa）链 B 20–208（189 aa）	突变：H32S 突变：H32S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.3；CACODYLATE PH 6.3, PEG 8K 25%	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
1BQ7 DSBA MUTANT P151A, ROLE OF THE CIS-PROLINE IN THE ACTIVE SITE OF DSBA 提交 1998-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 20–208（189 aa）链 B 20–208（189 aa）链 C 20–208（189 aa）链 D 20–208（189 aa）链 E 20–208（189 aa）链 F 20–208（189 aa）	突变：P151A 突变：P151A 突变：P151A 突变：P151A 突变：P151A 突变：P151A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；25% PEG 8,000 100 MM NACL 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5 10% DMSO DIFFUSION VAPOR AT ROOM TEMPERATURE, SEEDING	分辨率 2.80 Å R-free 0.289
1DSB CRYSTAL STRUCTURE OF THE DSBA PROTEIN REQUIRED FOR DISULPHIDE BOND FORMATION IN VIVO 提交 1993-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–208（189 aa）链 B 20–208（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1FVJ THE 2.06 ANGSTROM STRUCTURE OF THE H32Y MUTANT OF THE DISULFIDE BOND FORMATION PROTEIN (DSBA) 提交 1996-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–208（189 aa）	突变：H32Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.218
1FVJ THE 2.06 ANGSTROM STRUCTURE OF THE H32Y MUTANT OF THE DISULFIDE BOND FORMATION PROTEIN (DSBA) 提交 1996-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 20–208（189 aa）	突变：H32Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.06 Å R-free 0.218
1FVK THE 1.7 ANGSTROM STRUCTURE OF WILD TYPE DISULFIDE BOND FORMATION PROTEIN (DSBA) 提交 1996-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–208（189 aa）链 B 20–208（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.231
1TI1 crystal structure of a mutant DsbA 提交 2004-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–208（189 aa）	突变：C33A	D12 DODECANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；281 K；PEG 8000, Bicine, DDM, MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1UN2 Crystal structure of circularly permuted CPDSBA_Q100T99: Preserved Global Fold and Local Structural Adjustments 提交 2003-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 119–208（90 aa）片段：THIOREDOXIN-LIKE DOMAIN, HELICAL DOMAIN RESIDUES, 119-208 链 A 20–118（99 aa）片段：THIOREDOXIN-LIKE DOMAIN, HELICAL DOMAIN RESIDUES, 119-208	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；25% PEG 8000, 7-10% DMSO, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.256

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSBA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–189； UniProt 20–208 作者链 B； PDB构建体 1–189； UniProt 20–208 作者链 D； PDB构建体 1–189； UniProt 20–208 作者链 E； PDB构建体 1–189； UniProt 20–208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u3a
沉积日期 deposition_date	2004-07-21
结构标题 title	mutant DsbA
关键词 keywords	thiol oxidoreductase, thiol disulfide interchange, thioredoxin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.31 Å
零角强度 I(0) i0	106112000.00
分子量 molecular_weight	83530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	105150 Å³
包络体积 envelope_volume	134790 Å³
水化壳体积 shell_volume	35751 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.99 Å
包络 Rg envelope_rg	31.99 Å
形状 Rg shape_rg	32.30 Å
总 Rg total_rg	32.83 Å
总原子数 total_atoms	5889
残基数 n_residues	749
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	106100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8885
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.362
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.512
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.907

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thiol: disulfide interchange protein dsbA
分子量 formula_weight	21123.0 kDa
突变 mutation	C33A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E
原子数 atom_count	6148

AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHAYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAMALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQLNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL
分子量 formula_weight	398.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	259

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1u3aa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.13 — DsbA-like

结构域编号 domain_id	d1u3ab_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.13 — DsbA-like

结构域编号 domain_id	d1u3ad_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.13 — DsbA-like

结构域编号 domain_id	d1u3ae_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.13 — DsbA-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1u3aA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1u3aB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1u3aD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	1u3aE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.956 Å
晶胞边长 b length_b	82.282 Å
晶胞边长 c length_c	113.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	45.000 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2720

fit	/app/data/saxs_computation/u3/1u3a/1u3a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u3/1u3a/1u3a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u3/1u3a/1u3a.dat

mutant DsbA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol: disulfide interchange protein dsbA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction