1u3e

DNA binding and cleavage by the HNH homing endonuclease I-HmuI

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u3e
沉积日期 deposition_date	2004-07-21
结构标题 title	DNA binding and cleavage by the HNH homing endonuclease I-HmuI
关键词 keywords	HNH catalytic motif, Helix-turn-helix DNA binding domain, protein-DNA complex, DNA binding protein-DNA COMPLEX; DNA binding protein/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.73 Å
零角强度 I(0) i0	53126900.00
分子量 molecular_weight	42944.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47250 Å³
包络体积 envelope_volume	69173 Å³
水化壳体积 shell_volume	19990 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.00 Å
包络 Rg envelope_rg	32.00 Å
形状 Rg shape_rg	31.68 Å
总 Rg total_rg	32.06 Å
总原子数 total_atoms	2905
残基数 n_residues	246
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7331
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.554
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.515
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1803000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.601; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.335; Smooth: 0.389

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	36-MER
分子量 formula_weight	11039.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2936

GTAATGAGCCTAACGCTCAGCAATTCCCACGTAAGA

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPTPTPAPCPGPTPGPGPGPAPAPTPTPGPCPTPGPAPGP*C)-3'
分子量 formula_weight	6494.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CTTACGTGGGAATTGCTGAGC

Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(PGPTPTPAPGPGPCPTPCPAPTPTPAPCP*T)-3'
分子量 formula_weight	4575.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GTTAGGCTCATTACT

Entity 4 polymer

描述 description	HNH homing endonuclease
分子量 formula_weight	19803.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MEWKDIKGYEGHYQVSNTGEVYSIKSGKTLKHQIPKDGYHRIGLFKGGKGKTFQVHRLVAIHFCEGYEEGLVVDHKDGNKDNNLSTNLRWVTQKINVENQMSRGTLNVSKAQQIAKIKNQKPIIVISPDGIEKEYPSTKCACEELGLTRGKVTDVLKGHRIHHKGYTFRYKLNG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus phage SPO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10685
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	STRONTIUM ION
分子量 formula_weight	87.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	31

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1u3em1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.3 — Intron-encoded homing endonucleases

结构域编号 domain_id	d1u3em2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.285 — DNA-binding domain of intron-encoded endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.285.1 — DNA-binding domain of intron-encoded endonucleases
家族 Family family	d.285.1.1 — DNA-binding domain of intron-encoded endonucleases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1u3eM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	75 — Homing Intron 3 (I-Ppo) Encoded Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1u3eM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	45.000 Å
晶胞边长 b length_b	108.300 Å
晶胞边长 c length_c	248.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.920 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/u3/1u3e/1u3e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u3/1u3e/1u3e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u3/1u3e/1u3e.dat

DNA binding and cleavage by the HNH homing endonuclease I-HmuI

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)