SAXSdb — 1u4s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-lactate dehydrogenase

Plasmodium falciparum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–316	未记录	BIH NAPHTHALENE-2,6-DISULFONIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.188

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1U4S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CEQ CHLOROQUINE BINDS IN THE COFACTOR BINDING SITE OF PLASMODIUM FALCIPARUM LACTATE DEHYDROGENASE. 提交 1999-03-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.238
1CET CHLOROQUINE BINDS IN THE COFACTOR BINDING SITE OF PLASMODIUM FALCIPARUM LACTATE DEHYDROGENASE. 提交 1999-03-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	CLQ N4-(7-CHLORO-QUINOLIN-4-YL)-N1,N1-DIETHYL-PENTANE-1,4-DIAMINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.193
1LDG PLASMODIUM FALCIPARUM L-LACTATE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH NADH AND OXAMATE 提交 1996-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 OXM OXAMIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.74 Å R-free 0.235
1T24 Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with NAD+ and 4-hydroxy-1,2,5-oxadiazole-3-carboxylic acid 提交 2004-04-20	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 OXQ 4-HYDROXY-1,2,5-OXADIAZOLE-3-CARBOXYLIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.167
1T25 Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with NADH and 3-hydroxyisoxazole-4-carboxylic acid 提交 2004-04-20	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 GAG 3-HYDROXYISOXAZOLE-4-CARBOXYLIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.186
1T26 Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with NADH and 4-hydroxy-1,2,5-thiadiazole-3-carboxylic acid 提交 2004-04-20	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 GBD 4-HYDROXY-1,2,5-THIADIAZOLE-3-CARBOXYLIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.209
1T2C Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with NADH 提交 2004-04-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.01 Å R-free 0.184
1T2D Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with NAD+ and oxalate 提交 2004-04-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	OXL OXALATE ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.10 Å R-free 0.152
1T2E Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase S245A, A327P mutant complexed with NADH and oxamate 提交 2004-04-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–316（316 aa）	突变：S245A, A327P	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 OXM OXAMIC ACID × 4 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.191
1U4O Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with 2,6-naphthalenedicarboxylic acid 提交 2004-07-26	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–316（315 aa）	未记录	NDD 2,6-DICARBOXYNAPHTHALENE × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.181
1U5A Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with 3,5-dihydroxy-2-naphthoic acid 提交 2004-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–316（315 aa）	未记录	BIK 3,7-DIHYDROXY-2-NAPHTHOIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.173
1U5C Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with 3,7-dihydroxynaphthalene-2-carboxylic acid and NAD+ 提交 2004-07-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–316（315 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 BIK 3,7-DIHYDROXY-2-NAPHTHOIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.239
1XIV Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with 2-({4-chloro-[hydroxy(methoxy)methyl]cyclohexyl}amino)ethane-1,1,2-triol 提交 2004-09-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–316（315 aa）	未记录	RB2 2-({4-CHLORO-2-[HYDROXY(METHOXY)METHYL]CYCLOHEXYL}AMINO)ETHANE-1,1,2-TRIOL × 4 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.179
2A94 Structure of Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed to APADH. 提交 2005-07-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–316（315 aa）	未记录	AP0 ACETYL PYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE, REDUCED × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.50 Å R-free 0.176
2X8L Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase apo structure 提交 2010-03-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–316（316 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；275 K；MPD, HEPES, IMIDAZOLE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 2	分辨率 1.60 Å R-free 0.167

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LDH1_PLAFD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–315； UniProt 2–316

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u4s
沉积日期 deposition_date	2004-07-26
结构标题 title	Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with 2,6-naphthalenedisulphonic acid
关键词 keywords	Protein-ligand complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.43 Å
零角强度 I(0) i0	18467600.00
分子量 molecular_weight	33386.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42264 Å³
包络体积 envelope_volume	48566 Å³
水化壳体积 shell_volume	20884 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.96 Å
包络 Rg envelope_rg	19.62 Å
形状 Rg shape_rg	19.45 Å
总 Rg total_rg	20.30 Å
总原子数 total_atoms	2340
残基数 n_residues	301
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.4 Å
Rg (实空间) rg_real	20.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8833
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.218
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.354
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3432000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L-lactate dehydrogenase
分子量 formula_weight	34846.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2575

APKAKIVLVGSGMIGGVMATLIVQKNLGDVVLFDIVKNMPHGKALDTSHTNVMAYSNCKVSGSNTYDDLAGADVVIVTAGFTKAPGKSDKEWNRDDLLPLNNKIMIEIGGHIKKNCPNAFIIVVTNPVDVMVQLLHQHSGVPKNKIIGLGGVLDTSRLKYYISQKLNVCPRDVNAHIVGAHGNKMVLLKRYITVGGIPLQEFINNKLISDAELEAIFDRTVNTALEIVNLHASPYVAPAAAIIEMAESYLKDLKKVLICSTLLEGQYGHSDIFGGTPVVLGANGVEQVIELQLNSEEKAKFDEAIAETKRMKALAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NAPHTHALENE-2,6-DISULFONIC ACID
分子量 formula_weight	288.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	235

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1u4sa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.5 — LDH N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1u4sa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.162 — LDH C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.162.1 — LDH C-terminal domain-like
家族 Family family	d.162.1.1 — Lactate & malate dehydrogenases, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1u4sa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1u4sA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1u4sA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	110 — L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.094 Å
晶胞边长 b length_b	86.096 Å
晶胞边长 c length_c	91.327 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.360 Å
R 因子 r_factor	0.1384
R_work r_work	0.1358
R_free r_free	0.1877

fit	/app/data/saxs_computation/u4/1u4s/1u4s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u4/1u4s/1u4s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u4/1u4s/1u4s.dat

Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with 2,6-naphthalenedisulphonic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-lactate dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction