SAXSdb — 1u63

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L1P

Methanocaldococcus jannaschii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–219	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	49 NT FRAGMENT OF MRNA FOR L1 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；PEG 10000, MPD, KCL, NACl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.40 Å R-free 0.302
2	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–219	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	49 NT FRAGMENT OF MRNA FOR L1 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；PEG 10000, MPD, KCL, NACl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.40 Å R-free 0.302

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1U63	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CJS CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN L1 FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII 提交 1999-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–232（219 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.30 Å R-free 0.271
1I2A CRYSTAL STRUCTURE OF L1 RIBOSOMAL PROTEIN FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII WITH 1.85A RESOLUTION. 提交 2001-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–232（219 aa）	未记录	PTL PENTANAL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；301.5 K；PEG 10000, HEPES-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301.5K	分辨率 1.85 Å R-free 0.247
4LQ4 crystal structure of mutant ribosomal protein L1 from Methanococcus jannaschii with deletion of 8 residues from C-terminus 提交 2013-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–211（211 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG4000, 10% isopropanol, 0.1 M Hepes-NaOH, 0.5 mkl 0.8 KNa-tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.220

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL1_METJA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 C； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1u63
沉积日期 deposition_date	2004-07-29
结构标题 title	THE STRUCTURE OF A RIBOSOMAL PROTEIN L1-mRNA COMPLEX
关键词 keywords	RIBOSOME, RIBOSOMAL PROTEIN, MRNA-PROTEIN COMPLEX, TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.46 Å
零角强度 I(0) i0	169523000.00
分子量 molecular_weight	80945.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91742 Å³
包络体积 envelope_volume	129990 Å³
水化壳体积 shell_volume	38016 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.4 Å
壳层 Rg shell_rg	35.84 Å
包络 Rg envelope_rg	28.30 Å
形状 Rg shape_rg	28.46 Å
总 Rg total_rg	29.02 Å
总原子数 total_atoms	5510
残基数 n_residues	514
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	169500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8890
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.237
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.972

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	49 NT FRAGMENT OF MRNA FOR L1
分子量 formula_weight	15867.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,D
原子数 atom_count	5510

GGGAGUGAAGGAGGCUCGCGAACUCGCGAAGCCGAGAAACUUCACUCCC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L1P
分子量 formula_weight	25123.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C

MDREALLQAVKEARELAKPRNFTQSFEFIATLKEIDMRKPENRIKTEVVLPHGRGKEAKIAVIGTGDLAKQAEELGLTVIRKEEIEELGKNKRKLRKIAKAHDFFIAQADLMPLIGRYMGVILGPRGKMPKPVPANANIKPLVERLKKTVVINTRDKPYFQVLVGNEKMTDEQIVDNIEAVLNVVAKKYEKGLYHIKDAYVKLTMGPAVKVKKEKAKKK

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1u63a1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.24 — Ribosomal protein L1
超家族 Superfamily superfamily	e.24.1 — Ribosomal protein L1
家族 Family family	e.24.1.1 — Ribosomal protein L1

结构域编号 domain_id	d1u63c1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.24 — Ribosomal protein L1
超家族 Superfamily superfamily	e.24.1 — Ribosomal protein L1
家族 Family family	e.24.1.1 — Ribosomal protein L1

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1u63A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1u63A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — Ribosomal protein L1/L10, domain II

结构域编号 domain_id	1u63C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribosomal protein L1/L10, rRNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1u63C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — Ribosomal protein L1/L10, domain II

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	212.290 Å
晶胞边长 b length_b	68.900 Å
晶胞边长 c length_c	115.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	122.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2760
R_work r_work	0.2760
R_free r_free	0.3020

fit	/app/data/saxs_computation/u6/1u63/1u63.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u6/1u63/1u63.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u6/1u63/1u63.dat

THE STRUCTURE OF A RIBOSOMAL PROTEIN L1-mRNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L1P

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)