SAXSdb — 1ubd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ubd
沉积日期 deposition_date	1996-10-04
结构标题 title	CO-CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN YY1 ZINC FINGER DOMAIN BOUND TO THE ADENO-ASSOCIATED VIRUS P5 INITIATOR ELEMENT
关键词 keywords	;TRANSCRIPTION INITIATION, INITIATOR ELEMENT, YY1, ZINC FINGER PROTEIN, DNA- PROTEIN RECOGNITION, COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA), TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.84 Å
零角强度 I(0) i0	20352300.00
分子量 molecular_weight	25453.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27932 Å³
包络体积 envelope_volume	36918 Å³
水化壳体积 shell_volume	16499 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.84 Å
包络 Rg envelope_rg	19.96 Å
形状 Rg shape_rg	19.79 Å
总 Rg total_rg	20.49 Å
总原子数 total_atoms	1722
残基数 n_residues	154
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.4 Å
Rg (实空间) rg_real	20.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20350000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8779
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.422
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.285
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1601000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPGPGPTPCPTPCPCPAPTPTPTPTPGPAPA PGPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	6165.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1809

AGGGTCTCCATTTTGAAGCG

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPCPTPTPCPAPAPAPAPTPGPGPAPGPAPC PCPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CGCTTCAAAATGGAGACCCT

Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (YY1 ZINC FINGER DOMAIN)
分子量 formula_weight	14189.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEPRTIACPHKGCTKMFRDNSAMRKHLHTHGPRVHVCAECGKAFVESSKLKRHQLVHTGEKPFQCTFEGCGKRFSLDFNLRTHVRIHTGDRPYVCPFDGCNKKFAQSTNLKSHILTHAKAKNNQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	87

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1ubdc1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1ubdc2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1ubdc3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1ubdc4
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ubdC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1ubdC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1ubdC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1ubdC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.000 Å
晶胞边长 b length_b	65.700 Å
晶胞边长 c length_c	117.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2120
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.3300

fit	/app/data/saxs_computation/ub/1ubd/1ubd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ub/1ubd/1ubd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ub/1ubd/1ubd.dat

CO-CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN YY1 ZINC FINGER DOMAIN BOUND TO THE ADENO-ASSOCIATED VIRUS P5 INITIATOR ELEMENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)