SAXSdb — 1ud0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

70 kDa heat-shock-like protein

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 542–646 链 B； UniProt 542–646	片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.309
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 542–646 链 D； UniProt 542–646	片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.309
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 542–646 链 B； UniProt 542–646 链 C； UniProt 542–646 链 D； UniProt 542–646	片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.309
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 542–646 链 B； UniProt 542–646 链 C； UniProt 542–646 链 D； UniProt 542–646	片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.309

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1UD0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CKR HIGH RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF THE HEAT SHOCK COGNATE-70 KD SUBSTRATE BINDING DOMAIN OBTAINED BY MULTIDIMENSIONAL NMR TECHNIQUES 提交 1999-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 385–542（158 aa）片段：SUBSTRATE BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE；压力 1 NMR样品组成 1.5 MM 15N OR 15N,13C LABELED PROTEIN 5%D20/95%H2O AND 100%D2O	分辨率未提供
7HSC HIGH RESOLUTION SOLUTION STRUCTURE OF THE HEAT SHOCK COGNATE-70 KD SUBSTRATE BINDING DOMAIN OBTAINED BY MULTIDIMENSIONAL NMR TECHNIQUES 提交 1999-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 385–543（159 aa）片段：SUBSTRATE BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE；压力 1 NMR样品组成 1.5 MM 15N OR 15N,13C LABELED PROTEIN 5%D20/95%H2O AND 100%D2O	分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HSP7C_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–113； UniProt 542–646 作者链 B； PDB构建体 9–113； UniProt 542–646 作者链 C； PDB构建体 9–113； UniProt 542–646 作者链 D； PDB构建体 9–113； UniProt 542–646

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ud0
沉积日期 deposition_date	2003-04-24
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL 10-kDA SUBDOMAIN OF HSC70
关键词 keywords	HSC70, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.98 Å
零角强度 I(0) i0	27904100.00
分子量 molecular_weight	38945.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47806 Å³
包络体积 envelope_volume	64896 Å³
水化壳体积 shell_volume	21149 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.08 Å
包络 Rg envelope_rg	28.37 Å
形状 Rg shape_rg	27.89 Å
总 Rg total_rg	28.69 Å
总原子数 total_atoms	2682
残基数 n_residues	320
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8852
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.257
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.686
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3443000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.824; Smooth: 0.874

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	70 kDa heat-shock-like protein
分子量 formula_weight	12450.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2705

LVPRGSHMLESYAFNMKATVEDEKLQGKINDEDKQKILDKCNEIISWLDKNQTAEKEEFEHQQKELEKVCNPIITKLYQSAGGMPGGMPGGFPGGGAPPSGGASSGPTIEEVD

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	23

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1ud0a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.4 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain
家族 Family family	a.8.4.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	d1ud0a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ud0b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.4 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain
家族 Family family	a.8.4.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	d1ud0b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ud0c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.4 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain
家族 Family family	a.8.4.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	d1ud0c2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1ud0d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.4 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain
家族 Family family	a.8.4.1 — Heat shock protein 70kD (HSP70), C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	d1ud0d2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ud0A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ud0B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ud0C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1ud0D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.479 Å
晶胞边长 b length_b	117.479 Å
晶胞边长 c length_c	163.777 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.450 Å
最低分辨率 resolution_low	14.930 Å
R 因子 r_factor	0.2490
R_work r_work	0.2490
R_free r_free	0.3090

fit	/app/data/saxs_computation/ud/1ud0/1ud0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ud/1ud0/1ud0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ud/1ud0/1ud0.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL 10-kDA SUBDOMAIN OF HSC70

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

70 kDa heat-shock-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction