SAXSdb — 1ukp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-amylase

Glycine max

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–495	突变：D374Y / L481R / P487D / K462S	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–495	突变：D374Y / L481R / P487D / K462S	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–495	突变：D374Y / L481R / P487D / K462S	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–495	突变：D374Y / L481R / P487D / K462S	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1UKP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BFN BETA-AMYLASE/BETA-CYCLODEXTRIN COMPLEX 提交 1998-05-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；277 K；49% (NH4)2SO4, 0.1M NAOAC PH 5.4, 18MM 2-MERCAPTOETHANOL, AT 277K	分辨率 2.07 Å R-free 0.211
1BTC THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF SOYBEAN BETA-AMYLASE DETERMINED AT 3.0 ANGSTROMS RESOLUTION: PRELIMINARY CHAIN TRACING OF THE COMPLEX WITH ALPHA-CYCLODEXTRIN 提交 1993-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–495（491 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1BYA CRYSTAL STRUCTURES OF SOYBEAN BETA-AMYLASE REACTED WITH BETA-MALTOSE AND MALTAL: ACTIVE SITE COMPONENTS AND THEIR APPARENT ROLE IN CATALYSIS 提交 1994-01-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1BYB CRYSTAL STRUCTURES OF SOYBEAN BETA-AMYLASE REACTED WITH BETA-MALTOSE AND MALTAL: ACTIVE SITE COMPONENTS AND THEIR APPARENT ROLE IN CATALYSIS 提交 1994-01-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1BYC CRYSTAL STRUCTURES OF SOYBEAN BETA-AMYLASE REACTED WITH BETA-MALTOSE AND MALTAL: ACTIVE SITE COMPONENTS AND THEIR APPARENT ROLE IN CATALYSIS 提交 1994-01-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1BYD CRYSTAL STRUCTURES OF SOYBEAN BETA-AMYLASE REACTED WITH BETA-MALTOSE AND MALTAL: ACTIVE SITE COMPONENTS AND THEIR APPARENT ROLE IN CATALYSIS 提交 1994-01-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UKO Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-30	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
1UKO Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-30	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
1UKO Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-30	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
1UKO Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region 提交 2003-08-30	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–495（495 aa）	突变：D374Y / L481R / P487D	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
1V3H The roles of Glu186 and Glu380 in the catalytic reaction of soybean beta-amylase 提交 2003-11-02	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：F76L, E186Q	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.181
1V3I The roles of Glu186 and Glu380 in the catalytic reaction of soybean beta-amylase 提交 2003-11-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：F76L, E380Q	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
1WDP The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase 提交 2004-05-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.27 Å R-free 0.174
1WDQ The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase 提交 2004-05-17	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：T342V	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.28 Å R-free 0.174
1WDR The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase 提交 2004-05-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：T342S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GLC alpha-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.35 Å R-free 0.172
1WDS The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase 提交 2004-05-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–495（495 aa）	突变：T342A	GLC alpha-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；ammonium sulfate, sodium acetate, 2-mercaptoethanol, EDTA, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.64 Å R-free 0.200

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMYB_SOYBN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–495； UniProt 1–495 作者链 B； PDB构建体 1–495； UniProt 1–495 作者链 C； PDB构建体 1–495； UniProt 1–495 作者链 D； PDB构建体 1–495； UniProt 1–495

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ukp
沉积日期 deposition_date	2003-08-31
结构标题 title	Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region
关键词 keywords	(alpha/beta)8 barrel, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.09 Å
零角强度 I(0) i0	736306000.00
分子量 molecular_weight	223920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	279620 Å³
包络体积 envelope_volume	358090 Å³
水化壳体积 shell_volume	67952 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.6 Å
壳层 Rg shell_rg	48.70 Å
包络 Rg envelope_rg	43.43 Å
形状 Rg shape_rg	44.08 Å
总 Rg total_rg	44.30 Å
总原子数 total_atoms	15780
残基数 n_residues	1960
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.3 Å
Rg (实空间) rg_real	44.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	736200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8673
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.374
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.297
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	186700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.819

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-amylase
分子量 formula_weight	56033.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.2
突变 mutation	D374Y / L481R / P487D / K462S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16785

ATSDSNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFTCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREYIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLSPSAPKIPIEVLLEATKPTRPFPWLDETDMKVDG

来源 Source

来源生物 organism	Glycine max
通用名 common_name	soybean
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3847
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1005

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1ukpa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1ukpb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1ukpc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1ukpd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ukpA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1ukpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1ukpC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1ukpD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.463 Å
晶胞边长 b length_b	78.801 Å
晶胞边长 c length_c	88.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.92 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.90 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/uk/1ukp/1ukp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uk/1ukp/1ukp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uk/1ukp/1ukp.dat

Crystal structure of soybean beta-amylase mutant substituted at surface region

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-amylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction