1umg

Crystal structure of fructose-1,6-bisphosphatase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1umg
沉积日期 deposition_date	2003-09-30
结构标题 title	Crystal structure of fructose-1,6-bisphosphatase
关键词 keywords	;fructose-1, 6-bisphosphatase, Hyperthermophilic archaea, alpha-beta-beta-alpha four layer sandwich, magnesium ion, phosphatase, octamer, three metal-assisted mechanism, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.62 Å
零角强度 I(0) i0	26993900.00
分子量 molecular_weight	40337.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50755 Å³
包络体积 envelope_volume	59004 Å³
水化壳体积 shell_volume	23575 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.7 Å
壳层 Rg shell_rg	27.52 Å
包络 Rg envelope_rg	21.53 Å
形状 Rg shape_rg	20.62 Å
总 Rg total_rg	21.55 Å
总原子数 total_atoms	2836
残基数 n_residues	359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.3 Å
Rg (实空间) rg_real	21.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8351
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.381
峰度 Kurtosis kurtosis	0.127
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6391000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	385aa long conserved hypothetical protein
分子量 formula_weight	40098.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3098

KTTISVIKADIGSLAGHHIVHPDTMAAANKVLASAKEQGIILDYYITHVGDDLQLIMTHTRGELDTKVHETAWNAFKEAAKVAKDLGLYAAGQDLLSDSFSGNVRGLGPGVAEMEIEERASEPIAIFMADKTEPGAYNLPLYKMFADPFNTPGLVIDPTMHGGFKFEVLDVYQGEAVMLSAPQEIYDLLALIGTPARYVIRRVYRNEDNLLAAVVSIERLNLIAGKYVGKDDPVMIVRLQHGLPALGEALEAFAFPHLVPGWMRGSHYGPLMPVSQRDAKATRFDGPPRLLGLGFNVKNGRLVGPTDLFDDPAFDETRRLANIVADYMRRHGPFMPHRLEPTEMEYTTLPLILEKLKDRFKK

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus tokodaii str. 7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273063
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,6-FRUCTOSE DIPHOSPHATE (LINEAR FORM)
分子量 formula_weight	340.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	262

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1umga_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.280 — Sulfolobus fructose-1,6-bisphosphatase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.280.1 — Sulfolobus fructose-1,6-bisphosphatase-like
家族 Family family	d.280.1.1 — Sulfolobus fructose-1,6-bisphosphatase-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.778 Å
晶胞边长 b length_b	111.778 Å
晶胞边长 c length_c	153.174 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.230 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.1970

fit	/app/data/saxs_computation/um/1umg/1umg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/um/1umg/1umg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/um/1umg/1umg.dat