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1usg

L-leucine-binding protein, apo form

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEUCINE-SPECIFIC BINDING PROTEIN

ESCHERICHIA COLI

UniProt P04816

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 24–369 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；PEG 5000, SODIUM ACETATE PH 4.6, AMMONIUM SULPHATE, COCL2. 分辨率 1.53 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1USG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1USI L-leucine-binding protein with phenylalanine bound 提交 2003-11-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–369（346 aa）
未记录 PHE PHENYLALANINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1USI L-leucine-binding protein with phenylalanine bound 提交 2003-11-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 24–369（346 aa）
未记录 PHE PHENYLALANINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1USK L-leucine-binding protein with leucine bound 提交 2003-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–369（346 aa）
未记录 LEU LEUCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；PEG 4000, SODIUM CITRATE, PH 5.6, 2-PROPANOL
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1USK L-leucine-binding protein with leucine bound 提交 2003-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–369（346 aa）
未记录 LEU LEUCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；PEG 4000, SODIUM CITRATE, PH 5.6, 2-PROPANOL
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1USK L-leucine-binding protein with leucine bound 提交 2003-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 24–369（346 aa）
未记录 LEU LEUCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；PEG 4000, SODIUM CITRATE, PH 5.6, 2-PROPANOL
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1USK L-leucine-binding protein with leucine bound 提交 2003-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 24–369（346 aa）
未记录 LEU LEUCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；PEG 4000, SODIUM CITRATE, PH 5.6, 2-PROPANOL
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
2LBP STRUCTURE OF THE L-LEUCINE-BINDING PROTEIN REFINED AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION AND COMPARISON WITH THE LEU(SLASH)ILE(SLASH)VAL-BINDING PROTEIN STRUCTURE 提交 1989-04-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–369（346 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
8Q52 A PBP-like protein built from fragments of different folds 提交 2023-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–163（140 aa）
链 A 273–351（79 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG 4000, 0.1M Tris.HCl, 0.3M Li sulfate
分辨率 2.15 Å R-free 0.253

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LIVK_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–346； UniProt 24–369

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1usg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1usg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1usg
沉积日期 deposition_date2003-11-24
结构标题 titleL-leucine-binding protein, apo form
关键词 keywordsLEUCINE-BINDING PROTEIN, PROTEIN STRUCTURE, ABC TRANSPORT SYSTEMS, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.33 Å
零角强度 I(0) i023906300.00
分子量 molecular_weight36901.0 kDa
排除体积 excluded_volume45981 ų
包络体积 envelope_volume53991 ų
水化壳体积 shell_volume20764 ų
包络直径 envelope_diameter77.8 Å
壳层 Rg shell_rg28.32 Å
包络 Rg envelope_rg22.33 Å
形状 Rg shape_rg22.30 Å
总 Rg total_rg23.15 Å
总原子数 total_atoms2596
残基数 n_residues346
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.4 Å
Rg (实空间) rg_real23.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23910000.0000
解质量估计 total_estimate0.8867
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.7 Å
偏度 Skewness skewness0.370
峰度 Kurtosis kurtosis-0.437
角度范围 angular_range— – 0.3450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4000000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.990
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1usga_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamilyc.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family familyc.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1usgA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id1usgA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)