SAXSdb — 1usi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEUCINE-SPECIFIC BINDING PROTEIN

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–369	未记录	PHE PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 24–369	未记录	PHE PHENYLALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.80 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1USI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1USG L-leucine-binding protein, apo form 提交 2003-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–369（346 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PEG 5000, SODIUM ACETATE PH 4.6, AMMONIUM SULPHATE, COCL2.	分辨率 1.53 Å R-free 0.216
1USK L-leucine-binding protein with leucine bound 提交 2003-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–369（346 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；PEG 4000, SODIUM CITRATE, PH 5.6, 2-PROPANOL	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1USK L-leucine-binding protein with leucine bound 提交 2003-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–369（346 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；PEG 4000, SODIUM CITRATE, PH 5.6, 2-PROPANOL	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1USK L-leucine-binding protein with leucine bound 提交 2003-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 24–369（346 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；PEG 4000, SODIUM CITRATE, PH 5.6, 2-PROPANOL	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1USK L-leucine-binding protein with leucine bound 提交 2003-11-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 24–369（346 aa）	未记录	LEU LEUCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；PEG 4000, SODIUM CITRATE, PH 5.6, 2-PROPANOL	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
2LBP STRUCTURE OF THE L-LEUCINE-BINDING PROTEIN REFINED AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION AND COMPARISON WITH THE LEU(SLASH)ILE(SLASH)VAL-BINDING PROTEIN STRUCTURE 提交 1989-04-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–369（346 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
8Q52 A PBP-like protein built from fragments of different folds 提交 2023-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–163（140 aa）链 A 273–351（79 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG 4000, 0.1M Tris.HCl, 0.3M Li sulfate	分辨率 2.15 Å R-free 0.253

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIVK_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–346； UniProt 24–369 作者链 C； PDB构建体 1–346； UniProt 24–369

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1usi
沉积日期 deposition_date	2003-11-24
结构标题 title	L-leucine-binding protein with phenylalanine bound
关键词 keywords	LEUCINE-BINDING PROTEIN, PROTEIN STRUCTURE, ABC TRANSPORT SYSTEMS, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.06 Å
零角强度 I(0) i0	91159700.00
分子量 molecular_weight	74132.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92414 Å³
包络体积 envelope_volume	109000 Å³
水化壳体积 shell_volume	33441 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.53 Å
包络 Rg envelope_rg	27.14 Å
形状 Rg shape_rg	27.05 Å
总 Rg total_rg	27.83 Å
总原子数 total_atoms	5216
残基数 n_residues	692
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	91160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8920
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.349
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.346
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.922

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LEUCINE-SPECIFIC BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	37079.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5515

DDIKVAVVGAMSGPIAQWGDMEFNGARQAIKDINAKGGIKGDKLVGVEYDDACDPKQAVAVANKIVNDGIKYVIGHLCSSSTQPASDIYEDEGILMISPGATNPELTQRGYQHIMRTAGLDSSQGPTAAKYILETVKPQRIAIIHDKQQYGEGLARSVQDGLKAANANVVFFDGITAGEKDFSALIARLKKENIDFVYYGGYYPEMGQMLRQARSVGLKTQFMGPEGVGNASLSNIAGDAAEGMLVTMPKRYDQDPANQGIVDALKADKKDPSGPYVWITYAAVQSLATALERTGSDEPLALVKDLKANGANTVIGPLNWDEKGDLKGFDFGVFQWHADGSSTKAK

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHENYLALANINE
分子量 formula_weight	165.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	299

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1usia_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

结构域编号 domain_id	d1usic_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.93 — Periplasmic binding protein-like I
超家族 Superfamily superfamily	c.93.1 — Periplasmic binding protein-like I
家族 Family family	c.93.1.1 — L-arabinose binding protein-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1usiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1usiA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1usiC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	1usiC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.236 Å
晶胞边长 b length_b	78.143 Å
晶胞边长 c length_c	70.183 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	35.000 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2220

fit	/app/data/saxs_computation/us/1usi/1usi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/us/1usi/1usi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/us/1usi/1usi.dat

L-leucine-binding protein with phenylalanine bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEUCINE-SPECIFIC BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction