1uuy

Structure of a molybdopterin-bound cnx1g domain links molybdenum and copper metabolism

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 48.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1uuy
沉积日期 deposition_date	2004-01-12
结构标题 title	Structure of a molybdopterin-bound cnx1g domain links molybdenum and copper metabolism
关键词 keywords	CHELATASE, MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS; CHELATASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.48 Å
零角强度 I(0) i0	6378210.00
分子量 molecular_weight	17926.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22316 Å³
包络体积 envelope_volume	24635 Å³
水化壳体积 shell_volume	14103 Å³
包络直径 envelope_diameter	47.2 Å
壳层 Rg shell_rg	20.68 Å
包络 Rg envelope_rg	14.78 Å
形状 Rg shape_rg	14.49 Å
总 Rg total_rg	15.58 Å
总原子数 total_atoms	1246
残基数 n_residues	161
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.2 Å
Rg (实空间) rg_real	15.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3780e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7640e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6378000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8967
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.044
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.473
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1809000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1
分子量 formula_weight	17699.5 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1449

VPGPEYKVAILTVSDTVSAGAGPDRSGPRAVSVVDSSSEKLGGAKVVATAVVPDEVERIKDILQKWSDVDEMDLILTLGGTGFTPRDVTPEATKKVIERETPGLLFVMMQESLKITPFAMLARSAAGIRGSTLIINMPGNPNAVAECMEALLPALKHALKQIKGDKR

来源 Source

来源生物 organism	ARABIDOPSIS THALIANA
通用名 common_name	MOUSE-EAR CRESS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER
分子量 formula_weight	395.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	PROPANOIC ACID
分子量 formula_weight	74.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	COPPER (I) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	168

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1uuya_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.57 — Molybdenum cofactor biosynthesis proteins
超家族 Superfamily superfamily	c.57.1 — Molybdenum cofactor biosynthesis proteins
家族 Family family	c.57.1.1 — MogA-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1uuyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	980 — Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MoaB/Mog-like domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	171.090 Å
晶胞边长 b length_b	171.090 Å
晶胞边长 c length_c	171.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	F 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	210
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	27.000 Å
R 因子 r_factor	0.1630
R_work r_work	0.1620
R_free r_free	0.1790

fit	/app/data/saxs_computation/uu/1uuy/1uuy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uu/1uuy/1uuy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uu/1uuy/1uuy.dat