SAXSdb — 1uzx

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN VPS23

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–161	片段：UEV DOMAIN, RESIDUES 1-161 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UBIQUITIN × 1 （P02248） MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；22% PEG 8000, 0.1M MES PH 6.5, 0.2M (NH4)2SO4	分辨率 1.85 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1UZX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CAZ ESCRT-I core 提交 2005-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 305–385（81 aa）片段：RESIDUES 305-385	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；290 K；8-10% PEG 8000, 8-9% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES (PH 7.0- 8.0), 17 DEG C	分辨率 3.60 Å R-free 0.357
2CAZ ESCRT-I core 提交 2005-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 305–385（81 aa）片段：RESIDUES 305-385	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；290 K；8-10% PEG 8000, 8-9% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES (PH 7.0- 8.0), 17 DEG C	分辨率 3.60 Å R-free 0.357
2F66 Structure of the ESCRT-I endosomal trafficking complex 提交 2005-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 322–385（64 aa）片段：Vps23C-Terminal Domain (322-385)	突变：C344A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；100mM trisodium citrate (pH 5.6), 900mM lithium sulfate, 500mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
2F66 Structure of the ESCRT-I endosomal trafficking complex 提交 2005-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 322–385（64 aa）片段：Vps23C-Terminal Domain (322-385)	突变：C344A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；100mM trisodium citrate (pH 5.6), 900mM lithium sulfate, 500mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
2F66 Structure of the ESCRT-I endosomal trafficking complex 提交 2005-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 322–385（64 aa）片段：Vps23C-Terminal Domain (322-385) 链 D 322–385（64 aa）片段：Vps23C-Terminal Domain (322-385)	突变：C344A 突变：C344A	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；100mM trisodium citrate (pH 5.6), 900mM lithium sulfate, 500mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
2F6M Structure of a Vps23-C:Vps28-N subcomplex 提交 2005-11-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 322–385（64 aa）片段：Vps23C-terminal domain (322-385)	突变：C344A	MG MAGNESIUM ION × 1 DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；5mg/ml protein solution containing 40 mM TRIS pH 7.4, 120 mM NaCl, and 20 mM DDAO was mixed with equal volume of crystallant containing 13% PEG 3350, 200 mM MgCl2 and 20% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.261
2F6M Structure of a Vps23-C:Vps28-N subcomplex 提交 2005-11-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 322–385（64 aa）片段：Vps23C-terminal domain (322-385)	突变：C344A	DDQ DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；5mg/ml protein solution containing 40 mM TRIS pH 7.4, 120 mM NaCl, and 20 mM DDAO was mixed with equal volume of crystallant containing 13% PEG 3350, 200 mM MgCl2 and 20% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.261
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 215–385（171 aa）片段：Vps23 (215-385)	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 215–385（171 aa）片段：Vps23 (215-385)	未记录	SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 215–385（171 aa）片段：Vps23 (215-385)	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 215–385（171 aa）片段：Vps23 (215-385)	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 215–385（171 aa）片段：Vps23 (215-385)	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
2P22 Structure of the Yeast ESCRT-I Heterotetramer Core 提交 2007-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 215–385（171 aa）片段：Vps23 (215-385)	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；294 K；Crystals were grown by mixing 2 microL of 4 mg/mL protein in 50 mM Tris (pH 7.4), 150 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of 100 mM citric acid (pH 4.0), 800 mM ammonium sulfate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
3R3Q Crystal structure of the yeast Vps23 UEV domain 提交 2011-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–160（160 aa）片段：N-terminal UEV domain (UNP residues 1-160)	突变：C133A	ZN ZINC ION × 9 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 7 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；0.2 M zinc acetate, 0.1 M imidazole, 25% 1,2-propanediol, 10% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.45 Å R-free 0.184
3R42 Crystal structure of the yeast vps23 UEV domain in complex with a vps27 PSDP peptide 提交 2011-03-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–160（160 aa）片段：N-terminal UEV domain (UNP residues 1-160)	突变：C133A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；288 K；0.2 M sodium phosphate monobasic, 20% PEG3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.87 Å R-free 0.203
3R42 Crystal structure of the yeast vps23 UEV domain in complex with a vps27 PSDP peptide 提交 2011-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–160（160 aa）片段：N-terminal UEV domain (UNP residues 1-160)	突变：C133A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；288 K；0.2 M sodium phosphate monobasic, 20% PEG3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.87 Å R-free 0.203

共 6 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ST22_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–169； UniProt 1–161

UBIQUITIN

物种未注明

UniProt P02248

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–76	未记录	VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN VPS23 × 1 （P25604） MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；22% PEG 8000, 0.1M MES PH 6.5, 0.2M (NH4)2SO4	分辨率 1.85 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1UZX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CMX STRUCTURAL BASIS FOR THE SPECIFICITY OF UBIQUITIN C-TERMINAL HYDROLASES 提交 1999-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–75（75 aa）片段：ALL 链 D 1–75（75 aa）片段：ALL	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；16% PEG 6000 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.4, pH 4.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.285
1GJZ Solution structure of a dimeric N-terminal fragment of human ubiquitin 提交 2001-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–51（51 aa）片段：RESIDUES 1-51 链 B 1–51（51 aa）片段：RESIDUES 1-51	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）800MM SODIUM SULPHATE；压力 1	分辨率未提供
1UD7 SOLUTION STRUCTURE OF THE DESIGNED HYDROPHOBIC CORE MUTANT OF UBIQUITIN, 1D7 提交 1999-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–116（76 aa）	突变：I3V,V5L,I13V,L15I,I23V,V26F,I67L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.8；303 K；压力 1	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBIQ_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1uzx
沉积日期 deposition_date	2004-03-18
结构标题 title	A complex of the Vps23 UEV with ubiquitin
关键词 keywords	;TRANSPORT PROTEIN, TRANSPORT PROTEIN-COMPLEX, UEV, E2 VARIANT, UBQUITIN, ESCRT-I, VPS23, MVB SORTING, NUCLEAR PROTEIN, POLYPROTEIN, TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT; UBL CONJUGATION PATHWAY ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.25 Å
零角强度 I(0) i0	11024500.00
分子量 molecular_weight	24950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31266 Å³
包络体积 envelope_volume	36714 Å³
水化壳体积 shell_volume	17198 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.7 Å
壳层 Rg shell_rg	23.95 Å
包络 Rg envelope_rg	18.33 Å
形状 Rg shape_rg	18.24 Å
总 Rg total_rg	19.17 Å
总原子数 total_atoms	1734
残基数 n_residues	210
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.2 Å
Rg (实空间) rg_real	19.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8254
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.234
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.438
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2531000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN VPS23
分子量 formula_weight	19339.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1860

MAHHHHHHMSANGKISVPEAVVNWLFKVIQPIYNDGRTTFHDSLALLDNFHSLRPRTRVFTHSDGTPQLLLSIYGTISTGEDGSSPHSIPVIMWVPSMYPVKPPFISINLENFDMNTISSSLPIQEYIDSNGWIALPILHCWDPAAMNLIMVVQELMSLLHEPPQDQAP

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	UBIQUITIN
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1uzxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.2 — UEV domain

结构域编号 domain_id	d1uzxb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1uzxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	1uzxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.934 Å
晶胞边长 b length_b	66.032 Å
晶胞边长 c length_c	69.333 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	30.690 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2410
R_free r_free	0.2740

fit	/app/data/saxs_computation/uz/1uzx/1uzx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uz/1uzx/1uzx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uz/1uzx/1uzx.dat

A complex of the Vps23 UEV with ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN VPS23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

UBIQUITIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)