1v0f

Endosialidase of Bacteriophage K1F in complex with oligomeric alpha-2,8-sialic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-ALPHA-SIALIDASE

COLIPHAGE K1F

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 1	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1 N-acetyl-beta-neuraminic acid × 3 PHOSPHATE ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 2	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 2 N-acetyl-beta-neuraminic acid × 3 PHOSPHATE ION × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q858B1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–666； UniProt 246–910 作者链 B； PDB构建体 2–666； UniProt 246–910 作者链 C； PDB构建体 2–666； UniProt 246–910 作者链 D； PDB构建体 2–666； UniProt 246–910 作者链 E； PDB构建体 2–666； UniProt 246–910 作者链 F； PDB构建体 2–666； UniProt 246–910

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1v0f
沉积日期 deposition_date	2004-03-28
结构标题 title	Endosialidase of Bacteriophage K1F in complex with oligomeric alpha-2,8-sialic acid
关键词 keywords	ENDOSIALIDASE, POLYSIALIC ACID DEGRADATION, HYDROLASE, GLYCOSIDASE.; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1v0f__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1v0f__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1v0f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.97 Å
Rg（电子密度）	38.14 Å
总 Rg	38.63 Å
原子数	15850
残基数	1998
排除体积	277260 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1v0f__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1v0f__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ENDO-ALPHA-SIALIDASE
分子量 formula_weight	74132.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.129
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	32580

SAKGDGVTDDTAALTSALNDTPVGQKINGNGKTYKVTSLPDISRFINTRFVYERIPGQPLYYASEEFVQGELFKITDTPYYNAWPQDKAFVYENVIYAPYMGSDRHGVSRLHVSWVKSGDDGQTWSTPEWLTDLHPDYPTVNYHCMSMGVCRNRLFAMIETRTLAKNALTNCALWDRPMSRSLHLTGGITKAANQRYATIHVPDHGLFVGDFVNFSNSAVTGVSGDMTVATVIDKDNFTVLTPNQQTSDLNNAGKNWHMGTSFHKSPWRKTDLGLIPSVTEVHSFATIDNNGFAMGYHQGDVAPREVGLFYFPDAFNSPSNYVRRQIPSEYEPDASEPCIKYYDGVLYLITRGTRGDRLGSSLHRSRDIGQTWESLRFPHNVHHTTLPFAKVGDDLIMFGSERAENEWEAGAPDDRYKASYPRTFYARLNVNNWNADDIEWVNITDQIYQGGIVNSGVGVGSVVVKDNYIYYMFGGEDHFNPWTYGDNSAKDPFKSDGHPSDLYCYKMKIGPDNRVSRDFRYGAVPNRAVPVFFDTNGVRTVPAPMEFTGDLGLGHVTIRASTSSNIRSEVLMEGEYGFIGKSIPTDNPAGQRIIFCGGEGTSSTTGAQITLYGANNTDSRRIVYNGDEHLFQSADVKPYNDNVTALGGPSNRFTTAYLGSNPIVT

来源 Source

来源生物 organism	COLIPHAGE K1F
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	344021
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	600.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-acetyl-beta-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	921

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1v0fa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.2 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0fa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family family	b.108.1.3 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0fb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.2 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0fb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family family	b.108.1.3 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0fc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.2 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0fc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family family	b.108.1.3 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0fd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.2 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0fd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family family	b.108.1.3 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0fe1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.2 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0fe2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family family	b.108.1.3 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0ff1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.2 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d1v0ff2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family family	b.108.1.3 — Endo-alpha-sialidase

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	1v0fA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Endosialidase, N-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	1v0fA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1v0fA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1v0fA04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1090 — Endosialidase, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endosialidase, domain 4

结构域编号 domain_id	1v0fB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Endosialidase, N-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	1v0fB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1v0fB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1v0fB04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1090 — Endosialidase, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endosialidase, domain 4

结构域编号 domain_id	1v0fC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Endosialidase, N-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	1v0fC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1v0fC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1v0fC04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1090 — Endosialidase, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endosialidase, domain 4

结构域编号 domain_id	1v0fD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Endosialidase, N-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	1v0fD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1v0fD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1v0fD04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1090 — Endosialidase, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endosialidase, domain 4

结构域编号 domain_id	1v0fE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Endosialidase, N-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	1v0fE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1v0fE03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1v0fE04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1090 — Endosialidase, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endosialidase, domain 4

结构域编号 domain_id	1v0fF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Endosialidase, N-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	1v0fF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1v0fF03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1v0fF04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1090 — Endosialidase, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endosialidase, domain 4

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晶胞边长 a length_a	99.540 Å
晶胞边长 b length_b	131.400 Å
晶胞边长 c length_c	346.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	17
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1826
R_work r_work	0.1800
R_free r_free	0.2315

Endosialidase of Bacteriophage K1F in complex with oligomeric alpha-2,8-sialic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-ALPHA-SIALIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1v0f__assembly_2__model_1

1v0f__assembly_2__model_1 | I(q)

1v0f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (2)

Endosialidase of Bacteriophage K1F in complex with oligomeric alpha-2,8-sialic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-ALPHA-SIALIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1v0f__assembly_2__model_1

1v0f__assembly_2__model_1 | I(q)

1v0f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (2)