1v6w

Crystal Structure Of Xylanase From Streptomyces Olivaceoviridis E-86 Complexed With 2(2)-4-O-methyl-alpha-D-glucuronosyl-xylobiose

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE

Streptomyces olivaceoviridis

UniProt Q7SI98

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 其他聚合物 3 4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose × 2 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose × 1 beta-D-xylopyranose × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q7SI98_STROI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–436; UniProt 1–436 作者链 B; PDB构建体 1–436; UniProt 1–436

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1v6w
沉积日期 deposition_date2003-12-04
结构标题 titleCrystal Structure Of Xylanase From Streptomyces Olivaceoviridis E-86 Complexed With 2(2)-4-O-methyl-alpha-D-glucuronosyl-xylobiose
关键词 keywordsALPHA-BETA BARREL, PROTEIN-SUGAR COMPLEX, CARBOHYDRATE BINDING MODULE, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1v6w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1v6w__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1v6w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)31.79 Å
Rg(电子密度)31.23 Å
总 Rg31.81 Å
原子数6679
残基数872
排除体积115910 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1v6w__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1v6wa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family familyb.42.2.1 — Ricin B-like
结构域编号 domain_idd1v6wa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.3 — beta-glycanases
结构域编号 domain_idd1v6wb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family familyb.42.2.1 — Ricin B-like
结构域编号 domain_idd1v6wb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family familyc.1.8.3 — beta-glycanases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1v6wA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id1v6wA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
结构域编号 domain_id1v6wB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id1v6wB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases

7. 引用文献 (1)