SAXSdb — 1vai

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cyclophilin B

Escherichia coli

UniProt P20752

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–190	突变：K163T	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；AMMONIUM SULPHATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.229
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 25–190	突变：K163T	(ACE)AAPA(MCM) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；AMMONIUM SULPHATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VAI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CLH THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI PERIPLASMIC CYCLOPHILIN 提交 1993-12-20	突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–190（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1J2A Structure of E. coli cyclophilin B K163T mutant 提交 2002-12-26	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–190（166 aa）	突变：K163T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.225
1V9T Structure of E. coli cyclophilin B K163T mutant bound to succinyl-ALA-PRO-ALA-P-nitroanilide 提交 2004-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–166（166 aa）	突变：K163T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, methanol, sodium azide, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.221
1V9T Structure of E. coli cyclophilin B K163T mutant bound to succinyl-ALA-PRO-ALA-P-nitroanilide 提交 2004-02-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–166（166 aa）	突变：K163T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, methanol, sodium azide, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.221

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPIA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–166； UniProt 25–190 作者链 B； PDB构建体 1–166； UniProt 25–190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vai
沉积日期 deposition_date	2004-02-17
结构标题 title	Structure of e. coli cyclophilin B K163T mutant bound to n-acetyl-ala-ala-pro-ala-7-amino-4-methylcoumarin
关键词 keywords	BETA BARREL, isomerase; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.27 Å
零角强度 I(0) i0	21869600.00
分子量 molecular_weight	35664.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44484 Å³
包络体积 envelope_volume	54744 Å³
水化壳体积 shell_volume	18390 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.86 Å
包络 Rg envelope_rg	26.11 Å
形状 Rg shape_rg	26.26 Å
总 Rg total_rg	26.96 Å
总原子数 total_atoms	2518
残基数 n_residues	336
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.7 Å
Rg (实空间) rg_real	26.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7678
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.402
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.839
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8751000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.561; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.589; Smooth: 0.707

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	cyclophilin B
分子量 formula_weight	18070.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
突变 mutation	K163T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2715

AKGDPHVLLTTSAGNIELELDKQKAPVSVQNFVDYVNSGFYNNTTFHRVIPGFMIQGGGFTEQMQQKKPNPPIKNEADNGLRNTRGTIAMARTADKDSATSQFFINVADNAFLDHGQRDFGYAVFGKVVKGMDVADKISQVPTHDVGPYQNVPSKPVVILSATVLP

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	(ACE)AAPA(MCM)
分子量 formula_weight	511.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

XAAPAX

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	197

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1vaia_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family family	b.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)

结构域编号 domain_id	d1vaib_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family family	b.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1vaiA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclophilin-like

结构域编号 domain_id	1vaiB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclophilin-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.730 Å
晶胞边长 b length_b	78.730 Å
晶胞边长 c length_c	56.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2290

fit	/app/data/saxs_computation/va/1vai/1vai.fit
pddf	/app/data/pr_computation/va/1vai/1vai.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/va/1vai/1vai.dat

Structure of e. coli cyclophilin B K163T mutant bound to n-acetyl-ala-ala-pro-ala-7-amino-4-methylcoumarin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cyclophilin B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)