1vak

T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)65

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

coat protein

Sesbania mosaic virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly（60）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 66–268	片段：residues 66-268	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.214
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 66–268	片段：residues 66-268	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.214
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 66–268	片段：residues 66-268	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.214
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 66–268	片段：residues 66-268	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.214
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 66–268	片段：residues 66-268	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.214
6	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 66–268	片段：residues 66-268	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VAK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SMV PRIMARY STRUCTURE OF SESBANIA MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN: ITS IMPLICATIONS TO THE ASSEMBLY AND ARCHITECTURE OF THE VIRUS 提交 1995-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 A 5–267（263 aa）链 B 5–267（263 aa）链 C 5–267（263 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 240	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1SMV PRIMARY STRUCTURE OF SESBANIA MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN: ITS IMPLICATIONS TO THE ASSEMBLY AND ARCHITECTURE OF THE VIRUS 提交 1995-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 5–267（263 aa）链 B 5–267（263 aa）链 C 5–267（263 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1SMV PRIMARY STRUCTURE OF SESBANIA MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN: ITS IMPLICATIONS TO THE ASSEMBLY AND ARCHITECTURE OF THE VIRUS 提交 1995-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 5–267（263 aa）链 B 5–267（263 aa）链 C 5–267（263 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1SMV PRIMARY STRUCTURE OF SESBANIA MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN: ITS IMPLICATIONS TO THE ASSEMBLY AND ARCHITECTURE OF THE VIRUS 提交 1995-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 5–267（263 aa）链 B 5–267（263 aa）链 C 5–267（263 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 24	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1SMV PRIMARY STRUCTURE OF SESBANIA MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN: ITS IMPLICATIONS TO THE ASSEMBLY AND ARCHITECTURE OF THE VIRUS 提交 1995-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 5–267（263 aa）链 B 5–267（263 aa）链 C 5–267（263 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1SMV PRIMARY STRUCTURE OF SESBANIA MOSAIC VIRUS COAT PROTEIN: ITS IMPLICATIONS TO THE ASSEMBLY AND ARCHITECTURE OF THE VIRUS 提交 1995-06-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 5–267（263 aa）链 B 5–267（263 aa）链 C 5–267（263 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 80	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1VB2 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)65-D146N-D149N 提交 2004-02-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 A 66–268（203 aa）片段：residues 66-268	突变：D146N/D149N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, Magnesium Chloride, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.40 Å R-free 0.261
1VB2 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)65-D146N-D149N 提交 2004-02-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–268（203 aa）片段：residues 66-268	突变：D146N/D149N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, Magnesium Chloride, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.40 Å R-free 0.261
1VB2 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)65-D146N-D149N 提交 2004-02-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 66–268（203 aa）片段：residues 66-268	突变：D146N/D149N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, Magnesium Chloride, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.40 Å R-free 0.261
1VB2 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)65-D146N-D149N 提交 2004-02-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 66–268（203 aa）片段：residues 66-268	突变：D146N/D149N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, Magnesium Chloride, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.40 Å R-free 0.261
1VB2 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)65-D146N-D149N 提交 2004-02-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–268（203 aa）片段：residues 66-268	突变：D146N/D149N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, Magnesium Chloride, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.40 Å R-free 0.261
1VB2 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)65-D146N-D149N 提交 2004-02-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 66–268（203 aa）片段：residues 66-268	突变：D146N/D149N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, Magnesium Chloride, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.40 Å R-free 0.261
1VB4 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)36 提交 2004-02-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 A 37–268（232 aa）片段：residues 37-268	未记录	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.30 Å R-free 0.259
1VB4 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)36 提交 2004-02-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–268（232 aa）片段：residues 37-268	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.30 Å R-free 0.259
1VB4 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)36 提交 2004-02-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 37–268（232 aa）片段：residues 37-268	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.30 Å R-free 0.259
1VB4 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)36 提交 2004-02-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 37–268（232 aa）片段：residues 37-268	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.30 Å R-free 0.259
1VB4 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)36 提交 2004-02-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–268（232 aa）片段：residues 37-268	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.30 Å R-free 0.259
1VB4 T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)36 提交 2004-02-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 37–268（232 aa）片段：residues 37-268	未记录	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.30 Å R-free 0.259
1X33 T=3 recombinant capsid of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 180	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.234
1X33 T=3 recombinant capsid of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.234
1X33 T=3 recombinant capsid of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.234
1X33 T=3 recombinant capsid of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.234
1X33 T=3 recombinant capsid of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.234
1X33 T=3 recombinant capsid of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.234
1X35 Recombinant T=3 capsid of a site specific mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	突变：P53A 突变：P53A 突变：P53A	CA CALCIUM ION × 180	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 4.10 Å R-free 0.270
1X35 Recombinant T=3 capsid of a site specific mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	突变：P53A 突变：P53A 突变：P53A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 4.10 Å R-free 0.270
1X35 Recombinant T=3 capsid of a site specific mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	突变：P53A 突变：P53A 突变：P53A	CA CALCIUM ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 4.10 Å R-free 0.270
1X35 Recombinant T=3 capsid of a site specific mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	突变：P53A 突变：P53A 突变：P53A	CA CALCIUM ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 4.10 Å R-free 0.270
1X35 Recombinant T=3 capsid of a site specific mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	突变：P53A 突变：P53A 突变：P53A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 4.10 Å R-free 0.270
1X35 Recombinant T=3 capsid of a site specific mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric	链 A 1–268（268 aa）链 B 1–268（268 aa）链 C 1–268（268 aa）	突变：P53A 突变：P53A 突变：P53A	CA CALCIUM ION × 90	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；6% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 4.10 Å R-free 0.270
1X36 T=1 capsid of an amino-terminal deletion mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 A 32–268（237 aa）片段：residues 32-268	未记录	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；4% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
1X36 T=1 capsid of an amino-terminal deletion mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–268（237 aa）片段：residues 32-268	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；4% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
1X36 T=1 capsid of an amino-terminal deletion mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 32–268（237 aa）片段：residues 32-268	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；4% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
1X36 T=1 capsid of an amino-terminal deletion mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 32–268（237 aa）片段：residues 32-268	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；4% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
1X36 T=1 capsid of an amino-terminal deletion mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–268（237 aa）片段：residues 32-268	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；4% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
1X36 T=1 capsid of an amino-terminal deletion mutant of SeMV CP 提交 2005-04-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 32–268（237 aa）片段：residues 32-268	未记录	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；4% PEG 3350, 0.1M MgCl2, Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
2VQ0 Capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant rCP(delta 48 to 59) 提交 2008-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC	链 A 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 A 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 B 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 B 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 C 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 C 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268	未记录	CA CALCIUM ION × 180	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；0.2 M LI2SO4 MONOHYDRATE, 0.1 M BISTRIS (PH7.5), 25 % PEG 3350 VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.258
2VQ0 Capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant rCP(delta 48 to 59) 提交 2008-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 A 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 B 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 B 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 C 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 C 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；0.2 M LI2SO4 MONOHYDRATE, 0.1 M BISTRIS (PH7.5), 25 % PEG 3350 VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.258
2VQ0 Capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant rCP(delta 48 to 59) 提交 2008-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 A 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 B 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 B 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 C 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 C 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268	未记录	CA CALCIUM ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；0.2 M LI2SO4 MONOHYDRATE, 0.1 M BISTRIS (PH7.5), 25 % PEG 3350 VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.258
2VQ0 Capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant rCP(delta 48 to 59) 提交 2008-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 A 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 B 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 B 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 C 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 C 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268	未记录	CA CALCIUM ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；0.2 M LI2SO4 MONOHYDRATE, 0.1 M BISTRIS (PH7.5), 25 % PEG 3350 VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.258
2VQ0 Capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant rCP(delta 48 to 59) 提交 2008-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 A 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 B 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 B 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 C 1–47（47 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268 链 C 60–268（209 aa）片段：RESIDUES 1-47,60-268	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；0.2 M LI2SO4 MONOHYDRATE, 0.1 M BISTRIS (PH7.5), 25 % PEG 3350 VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.258
2WLP Sesbania mosaic virus capsid protein dimer mutant (rCP-DEL-N65-W170K) 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–268（203 aa）片段：RESIDUES 66-268	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；0.1 M BIS TRIS (PH 6.5) AND 28% PEG 2000	分辨率 2.65 Å R-free 0.294
2WLP Sesbania mosaic virus capsid protein dimer mutant (rCP-DEL-N65-W170K) 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 66–268（203 aa）片段：RESIDUES 66-268	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；0.1 M BIS TRIS (PH 6.5) AND 28% PEG 2000	分辨率 2.65 Å R-free 0.294
4Y4Y T=1 capsid structure of SeMV Ndel65CP fused with B-domain of S. aureus protein SpA at the N-terminus (C2 crystal form) 提交 2015-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 B 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 C 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 D 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 E 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 F 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 G 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 H 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 I 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 J 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 K 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 L 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 M 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 N 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 O 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 P 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 Q 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 R 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 S 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 T 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 U 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 V 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 W 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 X 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 Y 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 Z 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 a 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 b 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 c 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268 链 d 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211, RESIDUES 66-268	未记录	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；15-20% PEG 4000, 5% Iso-propanol, 100 mM Sodium citrate	分辨率 3.00 Å R-free 0.200
4Y5Z T=1 capsid structure of SeMV Ndel65CP fused with B-domain of S. aureus protein SpA at the N-terminus (P1 crystal form) 提交 2015-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 0 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 1 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 2 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 3 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 4 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 5 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 6 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 7 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 A 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 B 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 C 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 D 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 E 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 F 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 G 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 H 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 I 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 J 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 K 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 L 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 M 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 N 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 O 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 P 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 Q 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 R 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 S 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 T 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 U 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 V 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 W 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 X 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 Y 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 Z 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 a 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 b 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 c 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 d 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 e 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 f 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 g 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 h 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 i 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 j 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 k 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 l 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 m 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 n 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 o 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 p 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 q 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 r 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 s 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 t 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 u 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 v 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 w 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 x 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 y 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 链 z 66–268（203 aa）片段：UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268	未记录	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；15-25% PEG 400, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES	分辨率 2.95 Å R-free 0.249

共 10 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9EB06_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–203； UniProt 66–268

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vak
沉积日期 deposition_date	2004-02-18
结构标题 title	T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)65
关键词 keywords	T=1 Capsid, SeMV, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.83 Å
零角强度 I(0) i0	7765650.00
分子量 molecular_weight	20731.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26035 Å³
包络体积 envelope_volume	29084 Å³
水化壳体积 shell_volume	14897 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.6 Å
壳层 Rg shell_rg	22.32 Å
包络 Rg envelope_rg	17.04 Å
形状 Rg shape_rg	16.82 Å
总 Rg total_rg	17.80 Å
总原子数 total_atoms	1455
残基数 n_residues	196
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.7 Å
Rg (实空间) rg_real	17.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7660e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7766000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8047
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.199
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.455
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1434000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.822; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	coat protein
分子量 formula_weight	21471.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1561

AVSSSRGGITVLTHSELSAEIGVTDSIVVSSELVMPYTVGTWLRGVAANWSKYSWLSVRYTYIPSCPSSTAGSIHMGFQYDMADTVPVSVNQLSNLRGYVSGQVWSGSAGLCFINGTRCSDTSTAISTTLDVSKLGKKWYPYKTSADYATAVGVDVNIATPLVPARLVIALLDGSSSTAVAAGRIYCTYTIQMIEPTASALNN

来源 Source

来源生物 organism	Sesbania mosaic virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12558
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1vaka_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.7 — Tombusviridae-like VP

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1vakA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	188.239 Å
晶胞边长 b length_b	193.954 Å
晶胞边长 c length_c	269.054 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2110
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2140

fit	/app/data/saxs_computation/va/1vak/1vak.fit
pddf	/app/data/pr_computation/va/1vak/1vak.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/va/1vak/1vak.dat