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1vcj

Influenza B virus neuraminidase complexed with 1-(4-Carboxy-2-(3-pentylamino)phenyl)-5-aminomethyl-5-hydroxymethyl-pyrrolidin-2-one

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEURAMINIDASE

物种未注明

UniProt P03474

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 78–466 片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 78-466 IBA 4-[(2R)-2-(AMINOMETHYL)-2-(HYDROXYMETHYL)-5-OXOPYRROLIDIN-1-YL]-3-[(1-ETHYLPROPYL)AMINO]BENZOIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；PEG 3350, sodium chloride, sodium nitrate, calcium chloride, sodium azide, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.40 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1VCJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B9S NOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE SELECTIVE INTERACTIONS WITH CONSERVED RESIDUES AND WATER MOLECULES IN THE ACTIVE SITE 提交 1999-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 77–466（390 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 FDI 4-(N-ACETYLAMINO)-3-[N-(2-ETHYLBUTANOYLAMINO)]BENZOIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8
分辨率 2.50 Å R-free 0.251
1B9T NOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE SELECTIVE INTERACTIONS WITH CONSERVED RESIDUES AND WATER MOLECULES IN THE ACTIVE SITE 提交 1999-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 77–466（390 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 RAI 1-(4-CARBOXY-2-GUANIDINOPENTYL)-5,5'-DI(HYDROXYMETHYL)PYRROLIDIN-2-ONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8
分辨率 2.40 Å R-free 0.271
1B9V NOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE SELECTIVE INTERACTIONS WITH CONSERVED RESIDUES AND WATER MOLECULES IN TEH ACTIVE SITE 提交 1999-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 77–466（390 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 RA2 1-[4-CARBOXY-2-(3-PENTYLAMINO)PHENYL]-5,5'-DI(HYDROXYMETHYL)PYRROLIDIN-2-ONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8
分辨率 2.35 Å R-free 0.271
1INF INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE COMPLEXED WITH BANA113 INHIBITOR 提交 1995-07-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 77–466（390 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 ST4 4-(ACETYLAMINO)-3-GUANIDINOBENZOIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4
分辨率 2.40 Å
1INV A SIALIC ACID DERIVED PHOSPHONATE ANALOG INHIBITS DIFFERENT STRAINS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE WITH DIFFERENT EFFICIENCIES 提交 1994-09-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 77–466（390 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 EQP (1R)-4-acetamido-1,5-anhydro-2,4-dideoxy-1-phosphono-D-glycero-D-galacto-octitol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 NATIVE CRYSTALS SOAKED IN 10MM EPANA SOLUTION, PH 7.4.
分辨率 2.40 Å
1IVB STRUCTURES OF AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE 提交 1994-12-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 77–466（390 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 ST1 4-(ACETYLAMINO)-3-HYDROXY-5-NITROBENZOIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 NATIVE CRYSTALS SOAKED IN 5MM BANA105 SOLUTION, PH 7.4.
分辨率 2.40 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NRAM_INBLE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–389； UniProt 78–466

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1vcj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1vcj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1vcj
沉积日期 deposition_date2004-03-09
结构标题 titleInfluenza B virus neuraminidase complexed with 1-(4-Carboxy-2-(3-pentylamino)phenyl)-5-aminomethyl-5-hydroxymethyl-pyrrolidin-2-one
关键词 keywordsneuraminidase, benzoic acid inhibitors, small molecule inhibitor, protein-inhibitor complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.46 Å
零角强度 I(0) i033588000.00
分子量 molecular_weight43623.0 kDa
排除体积 excluded_volume54048 ų
包络体积 envelope_volume60332 ų
水化壳体积 shell_volume24610 ų
包络直径 envelope_diameter64.8 Å
壳层 Rg shell_rg27.22 Å
包络 Rg envelope_rg19.89 Å
形状 Rg shape_rg19.46 Å
总 Rg total_rg20.36 Å
总原子数 total_atoms3056
残基数 n_residues389
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.5 Å
Rg (实空间) rg_real20.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33590000.0000
解质量估计 total_estimate0.8217
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.9 Å
偏度 Skewness skewness0.090
峰度 Kurtosis kurtosis-0.475
角度范围 angular_range— – 0.3900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11760000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1vcja_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.68.1 — Sialidases
家族 Family familyb.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1vcjA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)