SAXSdb — 1vdj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Troponin I, fast skeletal muscle

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 131–182	片段：residues 131-182	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VDJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1VDI Solution structure of actin-binding domain of troponin in Ca2+-free state 提交 2004-03-22	当前字段一致	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–182（52 aa）片段：residues 131-182	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1YTZ Crystal structure of skeletal muscle troponin in the Ca2+-activated state 提交 2005-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–182（182 aa）	未记录	DR6 ALPHA-[4-(1,1,3,3 - TETRAMETHYLBUTYL)PHENYL]-OMEGA-HYDROXY-POLY(OXY-1,2-ETHANEDIYL) × 3 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 200 mM NaCl, 0.1 M immidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.338
1YTZ Crystal structure of skeletal muscle troponin in the Ca2+-activated state 提交 2005-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 1–182（182 aa）	未记录	DR6 ALPHA-[4-(1,1,3,3 - TETRAMETHYLBUTYL)PHENYL]-OMEGA-HYDROXY-POLY(OXY-1,2-ETHANEDIYL) × 6 CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 200 mM NaCl, 0.1 M immidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.338
1YV0 Crystal structure of skeletal muscle troponin in the Ca2+-free state 提交 2005-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–137（137 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M tri-Sodium Citrate dihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 7.00 Å R-free 0.359
1YV0 Crystal structure of skeletal muscle troponin in the Ca2+-free state 提交 2005-02-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 1–137（137 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M tri-Sodium Citrate dihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 7.00 Å R-free 0.359
2W49 ISOMETRICALLY CONTRACTING INSECT ASYNCHRONOUS FLIGHT MUSCLE 提交 2008-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 2 4–144（141 aa）片段：RESIDUES 4-144 链 5 4–144（141 aa）片段：RESIDUES 4-144 链 8 4–144（141 aa）片段：RESIDUES 4-144 链 Z 4–144（141 aa）片段：RESIDUES 4-144	未记录	CA CALCIUM ION × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM MOPS BUFFER, 5 MM NAN3, AND MGCL2, ATP, CACL2, AND EGTA IN VARYING MILLIMOLAR CONCENTRATIONS；20 MM MOPS BUFFER, 5 MM NAN3, AND MGCL2, ATP, CACL2, AND EGTA IN VARYING MILLIMOLAR CONCENTRATIONS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 HELIUM；SMASH AGAINST A LIQUID HELIUM COOLED GOLD COATED COPPER MIRROR	分辨率 35.00 Å
2W4U Isometrically contracting insect asynchronous flight muscle quick frozen after a length step 提交 2008-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 2 4–144（141 aa）片段：RESIDUES 4-144 链 5 4–144（141 aa）片段：RESIDUES 4-144 链 8 4–144（141 aa）片段：RESIDUES 4-144 链 Z 4–144（141 aa）片段：RESIDUES 4-144	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM MOPS BUFFER, 5 MM NAN3, AND MGCL2, ATP, CACL2, AND EGTA IN VARYING MILLIMOLAR CONCENTRATIONS；20 MM MOPS BUFFER, 5 MM NAN3, AND MGCL2, ATP, CACL2, AND EGTA IN VARYING MILLIMOLAR CONCENTRATIONS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 HELIUM；SMASH AGAINST A LIQUID HELIUM COOLED GOLD COATED COPPER MIRROR	分辨率 35.00 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNNI2_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–52； UniProt 131–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vdj
沉积日期 deposition_date	2004-03-22
结构标题 title	Solution structure of actin-binding domain of troponin in Ca2+-bound state
关键词 keywords	troponin, actin, tropomyosin, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.32 Å
零角强度 I(0) i0	239200000.00
分子量 molecular_weight	122200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150340 Å³
包络体积 envelope_volume	24023 Å³
水化壳体积 shell_volume	12194 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.7 Å
壳层 Rg shell_rg	22.62 Å
包络 Rg envelope_rg	18.73 Å
形状 Rg shape_rg	14.28 Å
总 Rg total_rg	14.71 Å
总原子数 total_atoms	17160
残基数 n_residues	1040
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.4 Å
Rg (实空间) rg_real	14.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	239200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4963
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	13.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.735
峰度 Kurtosis kurtosis	0.223
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	81830.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.422; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.078; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1vdja1
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.22 — Troponin I fragments
超家族 Superfamily superfamily	j.22.1 — Troponin I fragments
家族 Family family	j.22.1.1 — Troponin I fragments

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1vdjA00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Troponin I, fast skeletal muscle
分子量 formula_weight	6140.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17160

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/vd/1vdj/1vdj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vd/1vdj/1vdj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vd/1vdj/1vdj.dat

Solution structure of actin-binding domain of troponin in Ca2+-bound state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Troponin I, fast skeletal muscle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)