SAXSdb — 1yv0

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yv0
沉积日期 deposition_date	2005-02-14
结构标题 title	Crystal structure of skeletal muscle troponin in the Ca2+-free state
关键词 keywords	troponin, off state, thin filament, actin binding, muscle, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.27 Å
零角强度 I(0) i0	29617300.00
分子量 molecular_weight	40554.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50355 Å³
包络体积 envelope_volume	74576 Å³
水化壳体积 shell_volume	23531 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.40 Å
包络 Rg envelope_rg	27.80 Å
形状 Rg shape_rg	28.25 Å
总 Rg total_rg	28.90 Å
总原子数 total_atoms	2844
残基数 n_residues	349
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8955
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.179
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.567
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3952000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.988

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Troponin T, fast skeletal muscle isoforms
分子量 formula_weight	12694.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T
原子数 atom_count	2844

MGASYSSYLAKADQKRGKKQTARETKKKVLAERRKPLNIDHLNEDKLRDKAKELWDWLYQLQTEKYDFAEQIKRKKYEIVTLRNRIDQAQKHSKKAGAKGKVGGRWK

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Troponin I, fast skeletal muscle
分子量 formula_weight	15853.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

SDEEKKRRAATARRQHLKSAMLQLAVTEIEKEAAAKEVEKQNYLAEHSPPLSLPGSMQELQELSKKLHAKIDSVDEERYDTEVKLQKTNKELEDLSQKLFDLRGKFKRPPLRRVRMSADAMLRALLGSKHKVNMDLR

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Troponin C, skeletal muscle
分子量 formula_weight	18261.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ASMTDQQAEARAFLSEEMIAEFKAAFDMFDADGGGDISTKELGTVMRMLGQNPTKEELDAIIEEVDEDGSGTIDFEEFLVMMVRQMKEDAKGKSEEELANCFRIFDKNADGFIDIEELGEILRATGEHVTEEDIEDLMKDSDKNNDGRIDFDEFLKMMEGVQ

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1yv0c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d1yv0i1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.25 — Troponin coil-coiled subunits
家族 Family family	h.1.25.2 — Troponin I

结构域编号 domain_id	d1yv0t1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.25 — Troponin coil-coiled subunits
家族 Family family	h.1.25.1 — Troponin T

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	134.662 Å
晶胞边长 b length_b	134.662 Å
晶胞边长 c length_c	102.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.000 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.3579
R_work r_work	0.3579
R_free r_free	0.3590

fit	/app/data/saxs_computation/yv/1yv0/1yv0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yv/1yv0/1yv0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yv/1yv0/1yv0.dat

Crystal structure of skeletal muscle troponin in the Ca2+-free state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)