SAXSdb — 1vet

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting protein 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–124	未记录	Late endosomal/lysosomal Mp1 interacting protein × 1 （Q9JHS3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；PEG4000, Tris, Magnesium Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VET	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1VEU Crystal structure of the p14/MP1 complex at 2.15 A resolution 提交 2004-04-05	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–124（124 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；PEG4000, Tris, Magnesium Chloride, Sodium/Potassium Phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.15 Å R-free 0.262

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MK1I1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 1–124

Late endosomal/lysosomal Mp1 interacting protein

Mus musculus

UniProt Q9JHS3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–125	未记录	Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting protein 1 × 1 （O88653）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；PEG4000, Tris, Magnesium Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VET	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SKO MP1-p14 Complex 提交 2004-03-05	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–124（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；14% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl buffer, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
1SZV Structure of the Adaptor Protein p14 reveals a Profilin-like Fold with Novel Function 提交 2004-04-06	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.3mM P14 U-15N,13C; 50mM phosphate \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.3mM P14 U-15N,13C; 50mM phosphate \| 100% D2O NMR样品组成 0.3mM P14 U-2H,15N,13C; 50mM phosphate \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1VEU Crystal structure of the p14/MP1 complex at 2.15 A resolution 提交 2004-04-05	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；PEG4000, Tris, Magnesium Chloride, Sodium/Potassium Phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.15 Å R-free 0.262
2ZL1 MP1-p14 Scaffolding complex 提交 2008-04-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；11%(w/v) PEG 3350, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
3CPT MP1-p14 Scaffolding complex 提交 2008-04-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–125（124 aa）	突变：Y56A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；10%(w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.277

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LM1P_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vet
沉积日期 deposition_date	2004-04-05
结构标题 title	Crystal Structure of p14/MP1 at 1.9 A resolution
关键词 keywords	profilin, scaffold, adaptor, SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING COMPLEX; SIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.26 Å
零角强度 I(0) i0	11261500.00
分子量 molecular_weight	25681.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32528 Å³
包络体积 envelope_volume	37314 Å³
水化壳体积 shell_volume	17463 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.5 Å
壳层 Rg shell_rg	24.18 Å
包络 Rg envelope_rg	18.74 Å
形状 Rg shape_rg	18.24 Å
总 Rg total_rg	19.28 Å
总原子数 total_atoms	1806
残基数 n_residues	240
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.2 Å
Rg (实空间) rg_real	19.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7853
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.451
峰度 Kurtosis kurtosis	0.087
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4032000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.459; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.829; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting protein 1
分子量 formula_weight	13567.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2064

MADDLKRFLYKKLPSVEGLHAIVVSDRDGVPVIKVANDSAPEHALRPGFLSTFALATDQGSKLGLSKNKSIICYYNTYQVVQFNRLPLVVSFIASSSANTGLIVSLEKELAPLFEELIKVVEVS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Late endosomal/lysosomal Mp1 interacting protein
分子量 formula_weight	13490.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MLRPKALTQVLSQANTGGVQSTLLLNNEGSLLAYSGYGDTDARVTAAIASNIWAAYDRNGNQAFNEDSLKFILMDCMEGRVAITRVANLLLCMYAKETVGFGMLKAKAQALVQYLEEPLTQVAAS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	258

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1veta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.7 — Roadblock/LC7 domain
家族 Family family	d.110.7.1 — Roadblock/LC7 domain

结构域编号 domain_id	d1vetb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.7 — Roadblock/LC7 domain
家族 Family family	d.110.7.1 — Roadblock/LC7 domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1vetA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dynein light chain 2a, cytoplasmic

结构域编号 domain_id	1vetB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dynein light chain 2a, cytoplasmic

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.078 Å
晶胞边长 b length_b	63.289 Å
晶胞边长 c length_c	72.383 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/ve/1vet/1vet.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ve/1vet/1vet.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ve/1vet/1vet.dat

Crystal Structure of p14/MP1 at 1.9 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Late endosomal/lysosomal Mp1 interacting protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)