1vha

Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

Haemophilus influenzae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	MANGANESE (II) ION × 3 ACETIC ACID × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	MANGANESE (II) ION × 2 ACETIC ACID × 3 PYROPHOSPHATE 2- × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	MANGANESE (II) ION × 10 ACETIC ACID × 12 PYROPHOSPHATE 2- × 4 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ISPF_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–160； UniProt 2–158 作者链 B； PDB构建体 4–160； UniProt 2–158 作者链 C； PDB构建体 4–160； UniProt 2–158 作者链 D； PDB构建体 4–160； UniProt 2–158 作者链 E； PDB构建体 4–160； UniProt 2–158 作者链 F； PDB构建体 4–160； UniProt 2–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vha
沉积日期 deposition_date	2003-12-01
结构标题 title	Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
关键词 keywords	structural genomics, Lyase; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vha__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vha__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vha__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.48 Å
Rg（电子密度）	38.00 Å
总 Rg	38.42 Å
原子数	13906
残基数	1804
排除体积	247520 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1vha__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1vha__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1vha__assembly_3__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
分子量 formula_weight	18763.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	7224

MSLIRIGHGFDVHAFGEDRPLIIGGVEVPYHTGFIAHSDGDVALHALTDAILGAAALGDIGKLFPDTDMQYKNADSRGLLREAFRQVQEKGYKIGNVDITIIAQAPKMRPHIDAMRAKIAEDLQCDIEQVNVKATTTEKLGFTGRQEGIACEAVALLIRQEGGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus influenzae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	226

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1vhaa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1vhaa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vhab1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1vhab2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vhac1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1vhac2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vhad1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1vhad2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vhae1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1vhae2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1vhaf1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.5 — IpsF-like
家族 Family family	d.79.5.1 — IpsF-like

结构域编号 domain_id	d1vhaf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1vhaA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1vhaB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1vhaC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1vhaD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1vhaE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

结构域编号 domain_id	1vhaF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

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晶胞边长 a length_a	104.715 Å
晶胞边长 b length_b	104.715 Å
晶胞边长 c length_c	195.864 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	45.550 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2440
R_free r_free	0.2880

Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vha__assembly_3__model_1

1vha__assembly_3__model_1 | I(q)

1vha__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vha__assembly_3__model_1

1vha__assembly_3__model_1 | I(q)

1vha__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)