SAXSdb — 1viw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-AMYLASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–471	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ALPHA-AMYLASE-INHIBITOR × 2 （P02873） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7	分辨率 3.00 Å R-free 0.291
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–471	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ALPHA-AMYLASE-INHIBITOR × 1 （P02873） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7	分辨率 3.00 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VIW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CLV YELLOW MEAL WORM ALPHA-AMYLASE IN COMPLEX WITH THE AMARANTH ALPHA-AMYLASE INHIBITOR 提交 1999-05-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–471（470 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；12% PEG 1000, 12% PEG 8000, pH 5.4	分辨率 2.00 Å R-free 0.190
1JAE STRUCTURE OF TENEBRIO MOLITOR LARVAL ALPHA-AMYLASE 提交 1997-09-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–471（470 aa）片段：RESIDUES 1 - 471	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；200 MM SODIUM ACETATE, 100 MM BISTRIS-HCL PH 6.5 30% W/V PEG 8000	分辨率 1.65 Å R-free 0.206
1TMQ STRUCTURE OF TENEBRIO MOLITOR LARVAL ALPHA-AMYLASE IN COMPLEX WITH RAGI BIFUNCTIONAL INHIBITOR 提交 1998-01-13	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–471（470 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 200MM AMMONIUM PHOSPHATE, 100MM TRIS-HCL, PH 8.5, 50% (W/V) 2-METHYL-2,4- PENTANEDIOL	分辨率 2.50 Å R-free 0.261

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMY_TENMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–471； UniProt 2–471

ALPHA-AMYLASE-INHIBITOR

物种未注明

UniProt P02873

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–228	未记录	ALPHA-AMYLASE × 2 （P56634） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7	分辨率 3.00 Å R-free 0.291
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–228	未记录	ALPHA-AMYLASE × 1 （P56634） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7	分辨率 3.00 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1VIW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DHK STRUCTURE OF PORCINE PANCREATIC ALPHA-AMYLASE 提交 1996-10-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 24–246（223 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.85 Å R-free 0.220

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEA1_PHAVU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–205； UniProt 24–228

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1viw
沉积日期 deposition_date	1998-07-21
结构标题 title	TENEBRIO MOLITOR ALPHA-AMYLASE-INHIBITOR COMPLEX
关键词 keywords	COMPLEX (GLYCOSIDASE-INHIBITOR), HYDROLASE, LECTIN, INSECT ALPHA-AMYLASE, INHIBITORS, COMPLEX (GLYCOSIDASE-INHIBITOR) complex; COMPLEX (GLYCOSIDASE/INHIBITOR)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.45 Å
零角强度 I(0) i0	96622800.00
分子量 molecular_weight	74063.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90926 Å³
包络体积 envelope_volume	106880 Å³
水化壳体积 shell_volume	33482 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.1 Å
壳层 Rg shell_rg	33.93 Å
包络 Rg envelope_rg	26.74 Å
形状 Rg shape_rg	26.42 Å
总 Rg total_rg	27.21 Å
总原子数 total_atoms	5218
残基数 n_residues	668
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.9 Å
Rg (实空间) rg_real	27.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	96620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8944
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.316
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.399
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.969

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ALPHA-AMYLASE
分子量 formula_weight	51233.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5218

QKDANFASGRNSIVHLFEWKWNDIADECERFLQPQGFGGVQISPPNEYLVADGRPWWERYQPVSYIINTRSGNESAFTDMTRRCNDAGVRIYVDAVINHMTGMNGVGTSGSSADHDGMNYPAVPYGSGDFHSPCEVNNYQDADNVRNCELVGLRDLNAGSDYVRGVLIDYMNHMIDLGVAGFRVDAAKHMSPGDLSVIFDGLKNLNTDYGFADGARPFIYQEVIDLGGEAISKNEYTGFGCVLEFQFGVSLGNAFQGGNQLKNLANWGPEWGLLEGLDAVVFVDNHDNQRTGGSQILTYKNPKPYKMAIAFMLAHPYGTTRIMSSFDFTDNDQGPPQDGSGNLISPGINDDNTCSNGYVCEHRWRQVYGMVGFRNAVEGTQVENWWSNDDNQIAFSRGSQGFVAFTNGGDLNQNLNTGLPAGTYCDVISGELSGGSCTGKSVTVGDNGSADISLGSAEDDGVLAIHVNAKL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ALPHA-AMYLASE-INHIBITOR
分子量 formula_weight	22714.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ATETSFIIDAFNKTNLILQGDATVSSNGNLQLSYNSYDSMSRAFYSAPIQIRDSTTGNVASFDTNFTMNIRTHRQANSAVGLDFVLVPVQPESKGDTVTVEFDTFLSRISIDVNNNDIKSVPWDVHDYDGQNAEVRITYNSSTKVFSVSLSNPSTGKSNNVSTTVELEKEVYDWVSVGFSATSGAYQWSYETHDVLSWSFSSKFI

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1viwa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1viwa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1viwb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1viwA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1viwA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	1viwB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	168.475 Å
晶胞边长 b length_b	75.911 Å
晶胞边长 c length_c	61.989 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.2910

fit	/app/data/saxs_computation/vi/1viw/1viw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vi/1viw/1viw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vi/1viw/1viw.dat

TENEBRIO MOLITOR ALPHA-AMYLASE-INHIBITOR COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-AMYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ALPHA-AMYLASE-INHIBITOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)