plasminogen activator, urokinase
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 U； UniProt 164–425 | 片段：B Chain 突变：C122S | SO4 SULFATE ION × 2 7IN N-(BENZYLSULFONYL)SERYL-N~1~-{4-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}SERINAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；sodium citrate, ammonium sulfate, lithium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | 分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1VJA | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1C5W STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 3 ESI 4-IODOBENZO[B]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；LMW human uPA/A145 was concentrated to 10 mg/ml and
incubated in 50 mM HEPES, 5.0 mM NaCl. pH 7.0, 1.4 mM
4-iodobenzo[b]thiophene-2-carboxamidine for 15 min on ice.
The complex was crystallized by vapor diffusion in hanging drops containing
equal volumes of protein-inhibitor solution (0.28 mM uPA/A145, 1.4 mM
inhibitor) and well solution (20 % 2-propanol, 20 % PEG 4K,
100 mM sodium citrate, pH 6.5) sealed over the well.
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.211 |
| 1C5X STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 3 ESI 4-IODOBENZO[B]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；LMW human uPA/A145 was concentrated to 10 mg/ml and
incubated in 50 mM HEPES, 5.0 mM NaCl. pH 7.4, 1.4 mM
4-iodobenzo[b]thiophene-2-carboxamidine for 15 min on ice.
The complex was crystallized by vapor diffusion in hanging drops
containing equal volumes of protein-inhibitor solution (0.28 mM uPA/A145,
1.4 mM inhibitor) and well solution (20 % 2-propanol, 20 % PEG 4K,
100 mM sodium citrate, pH 6.5) sealed over the well.
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.244 |
| 1C5Y STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 3 ESP THIENO[2,3-B]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；LMW human uPA/A145 was concentrated to 10 mg/ml
and incubated in 50 mM HEPES, 5.0 mM NaCl. pH 7.0,
5.0 mM thieno[2,3-b]pyridine-2-carboxamidine for 15 min on ice.
The complex was crystallized by vapor diffusion in hanging
drops containing equal volumes of protein-inhibitor solution
(0.28 mM uPA/A145, 1.4 mM inhibitor and well solution
(20 % 2-propanol, 20 % PEG 4K, 100 mM sodium citrate,
pH 6.5) sealed over the well.
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.246 |
| 1C5Z STRUCTURAL BASIS FOR SELECTIVITY OF A SMALL MOLECULE, S1-BINDING, SUB-MICROMOLAR INHIBITOR OF UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1999-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 3 BEN BENZAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；LMW human uPA/A145 was concentrated to 10 mg/ml
and incubated in 50 mM HEPES, 5.0 mM NaCl. pH 7.0,
5.0 mM benzamidne for 15 min on ice. The complex was
crystallized by vapor diffusion in hanging drops containing
equal volumes of protein-inhibitor solution (0.28 mM uPA/A145,
1.4 mM inhibitor) and well solution (20 % 2-propanol,
20 % PEG 4K, 100 mM sodium citrate, pH 6.5) sealed over the well.
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.237 |
| 1EJN UROKINASE PLASMINOGEN ACTIVATOR B-CHAIN INHIBITOR COMPLEX 提交 2000-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
159–411（253 aa）
片段：B CHAIN
|
突变：C279S | SO4 SULFATE ION × 1 AGB N-(1-ADAMANTYL)-N'-(4-GUANIDINOBENZYL)UREA × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；298 K；pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.240 |
| 1F5L UROKINASE PLASMINOGEN ACTIVATOR B-CHAIN-AMILORIDE COMPLEX 提交 2000-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
159–411（253 aa）
片段：B CHAIN
|
突变：C279S | SO4 SULFATE ION × 2 AMR 3,5-DIAMINO-N-(AMINOIMINOMETHYL)-6-CHLOROPYRAZINECARBOXAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；298 K；pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.250 |
| 1F92 UROKINASE PLASMINOGEN ACTIVATOR B CHAIN-UKI-1D COMPLEX 提交 2000-07-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
159–411（253 aa）
片段：B CHAIN
|
突变：C279S | SO4 SULFATE ION × 2 UKP [2,4,6-TRIISOPROPYL-PHENYLSULFONYL-L-[3-AMIDINO-PHENYLALANINYL]]-N'-BETA-ALANINYL-PIPERAZINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；298 K；pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.248 |
| 1FV9 Crystal structure of human microurokinase in complex with 2-amino-5-hydroxy-benzimidazole 提交 2000-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：B CHAIN (16-243)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 1 172 2-AMINO-5-HYDROXY-BENZIMIDAZOLE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.15M LiSo4, 20% PEG 4000, succinate buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K
|
分辨率 3.00 Å |
| 1GI7 A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–423（245 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | 120 2-(2-OXO-1,2-DIHYDRO-PYRIDIN-3-YL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 CIT CITRIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.220 |
| 1GI8 A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–423（245 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | CIT CITRIC ACID × 2 BMZ 2-(2-HYDROXY-PHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.254 |
| 1GI9 A NOVEL SERINE PROTEASE INHIBITION MOTIF INVOLVING A MULTI-CENTERED SHORT HYDROGEN BONDING NETWORK AT THE ACTIVE SITE 提交 2001-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–423（245 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | 123 2-(2-HYDROXY-5-METHOXY-PHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 CIT CITRIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.238 |
| 1GJ7 ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | CIT CITRIC ACID × 2 132 6-CHLORO-2-(2-HYDROXY-BIPHENYL-3-YL)-1H-INDOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.230 |
| 1GJ8 ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | CIT CITRIC ACID × 2 133 6-FLUORO-2-(2-HYDROXY-3-ISOBUTOXY-PHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.221 |
| 1GJ9 ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | CIT CITRIC ACID × 2 134 6-FLUORO-2-[2-HYDROXY-3-(2-METHYL-CYCLOHEXYLOXY)-PHENYL]-1H-INDOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.222 |
| 1GJA ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | CIT CITRIC ACID × 2 135 N-(4-CARBAMIMIDOYL-PHENYL)-2-HYDROXY-BENZAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.209 |
| 1GJB ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | CIT CITRIC ACID × 2 130 2-(2-HYDROXY-BIPHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.259 |
| 1GJC ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-04-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | CIT CITRIC ACID × 2 130 2-(2-HYDROXY-BIPHENYL)-1H-BENZOIMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.242 |
| 1GJD ENGINEERING INHIBITORS HIGHLY SELECTIVE FOR THE S1 SITES OF SER190 TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASE DRUG TARGETS 提交 2001-05-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | CIT CITRIC ACID × 2 136 N-(4-CARBAMIMIDOYL-3-CHORO-PHENYL)-2-HYDROXY-3-IODO-5-METHYL-BENZAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.189 |
| 1KDU SEQUENTIAL 1H NMR ASSIGNMENTS AND SECONDARY STRUCTURE OF THE KRINGLE DOMAIN FROM UROKINASE 提交 1993-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
69–153（85 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1LMW LMW U-PA Structure complexed with EGRCMK (GLU-GLY-ARG Chloromethyl Ketone) 提交 1995-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
链 B
179–431（253 aa）
|
未记录 | 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å |
| 1LMW LMW U-PA Structure complexed with EGRCMK (GLU-GLY-ARG Chloromethyl Ketone) 提交 1995-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
156–178（23 aa）
链 D
179–431（253 aa）
|
未记录 | 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.50 Å |
| 1O3P Elaborate Manifold of Short Hydrogen Bond Arrays Mediating Binding of Active Site-Directed Serine Protease Inhibitors 提交 2003-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A | CIT CITRIC ACID × 2 655 2-{5-[AMINO(IMINIO)METHYL]-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL}-6-(CYCLOPENTYLOXY)BENZENOLATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.50
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.249 |
| 1O5A Dissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at the S1 site Using an Artificial Ala190 Protease (Ala190 uPA) 提交 2003-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A/S190A | 696 3-{5-[AMINO(IMINIO)METHYL]-1H-INDOL-2-YL}-1,1'-BIPHENYL-2-OLATE × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.5, pH 6.50
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.245 |
| 1O5B Dissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at the S1 site Using an Artificial Ala190 Protease (Ala190 uPA) 提交 2003-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A/S190A | ESI 4-IODOBENZO[B]THIOPHENE-2-CARBOXAMIDINE × 1 CIT CITRIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.5, pH 6.50
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.240 |
| 1O5C Dissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at the S1 site Using an Artificial Ala190 Protease (Ala190 uPA) 提交 2003-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
156–178（23 aa）
片段：SHORT CHAIN
链 B
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
突变：N145A/S190A | CR9 2-{5-[AMINO(IMINIO)METHYL]-6-FLUORO-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL}-6-[(2-METHYLCYCLOHEXYL)OXY]BENZENOLATE × 1 CIT CITRIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；2-propanol, PEG 4000, pH 6.5, vapor diffusion at 298 K, pH 6.5, pH 6.50
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.219 |
| 1OWD Substituted 2-Naphthamidine inhibitors of urokinase 提交 2003-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：residues 179-423
|
未记录 | 497 6-[AMINO(IMINO)METHYL]-N-[(4R)-4-ETHYL-1,2,3,4-TETRAHYDROISOQUINOLIN-6-YL]-2-NAPHTHAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.32 Å R-free 0.313 |
| 1OWE Substituted 2-Naphthamidine inhibitors of urokinase 提交 2003-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：residues 179-423
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 675 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-PHENYL-2-NAPHTHAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.60 Å R-free 0.236 |
| 1OWH Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2003-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：residues 179-423
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 239 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-[4-(AMINOMETHYL)PHENYL]-2-NAPHTHAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.61 Å R-free 0.265 |
| 1OWI Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2003-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：residues 179-423
|
未记录 | 426 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-[3-(CYCLOPENTYLOXY)PHENYL]-2-NAPHTHAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.93 Å R-free 0.349 |
| 1OWJ Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2003-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：residues 179-423
|
未记录 | 155 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-(1-ISOPROPYL-3,4-DIHYDROISOQUINOLIN-7-YL)-2-NAPHTHAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.10 Å R-free 0.344 |
| 1OWK Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2003-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：residues 179-423
|
未记录 | 303 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-(1-ISOPROPYL-1,2,3,4-TETRAHYDROISOQUINOLIN-7-YL)-2-NAPHTHAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å R-free 0.236 |
| 1SC8 Urokinase Plasminogen Activator B-Chain-J435 Complex 提交 2004-02-12 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
164–425（262 aa）
片段：B Chain
|
突变：C122S | SO4 SULFATE ION × 2 2IN N-(BENZYLSULFONYL)SERYL-N~1~-{4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}GLYCINAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；sodium citrate, ammonium sulfate, litium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.240 |
| 1SQA Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2004-03-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 UI1 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-[4-(AMINOMETHYL)PHENYL]-4-(PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-2-NAPHTHAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.266 |
| 1SQO Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2004-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 UI2 8-(PYRIMIDIN-2-YLAMINO)NAPHTHALENE-2-CARBOXIMIDAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.84 Å R-free 0.284 |
| 1SQT Substituted 2-Naphthamidine Inhibitors of Urokinase 提交 2004-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
|
未记录 | UI3 7-METHOXY-8-[1-(METHYLSULFONYL)-1H-PYRAZOL-4-YL]NAPHTHALENE-2-CARBOXIMIDAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.90 Å R-free 0.236 |
| 1U6Q Substituted 2-Naphthamadine inhibitors of Urokinase 提交 2004-07-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：Residues 179-423
|
未记录 | 745 TRANS-6-(2-PHENYLCYCLOPROPYL)-NAPHTHALENE-2-CARBOXAMIDINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.290 |
| 1URK SOLUTION STRUCTURE OF THE AMINO TERMINAL FRAGMENT OF UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 1994-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
26–155（130 aa）
|
未记录 | FUC alpha-L-fucopyranose × 1 | SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 1VJ9 Urokinase Plasminogen Activator B-Chain-JT464 Complex 提交 2004-02-03 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
164–425（262 aa）
片段：B Chain
|
突变：C122S | SO4 SULFATE ION × 2 5IN N-(BENZYLSULFONYL)-L-SERYL-N~1~-{4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}-O-BENZYL-L-SERINAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；277 K；sodium citrate, ammonium sulfate, lithium sulfate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.247 |
| 1W0Z Urokinase type plasminogen activator 提交 2004-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：RESIDUES 179-425
|
未记录 | SI1 N-(BUTYLSULFONYL)-D-SERYL-N-{4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}-L-ALANINAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.221 |
| 1W10 Urokinase type plasminogen activator 提交 2004-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：RESIDUES 179-425
|
未记录 | SJ1 N-(ISOBUTOXYCARBONYL)-D-SERYL-N-((1S)-4-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}-1-FORMYLBUTYL)-L-ALANINAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K
|
分辨率 2.00 Å |
| 1W11 UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 2004-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：RESIDUES 179-425
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 SK1 N-(BENZYLSULFONYL)-D-SERYL-N-{4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}-L-ALANINAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.249 |
| 1W12 UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 2004-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：RESIDUES 179-425
|
未记录 | SL1 N-((1S)-4-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}-1-FORMYLBUTYL)-2-{(3R)-3-[(BENZYLSULFONYL)AMINO]-2-OXO-5-PHENYL-2,3-DIHYDRO-1H-1,4-BENZODIAZEPIN-1-YL}ACETAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.40 Å R-free 0.261 |
| 1W13 UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 2004-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：RESIDUES 179-425
|
未记录 | SM1 N-(BENZYLSULFONYL)-D-SERYL-N-(4-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}BENZYL)-L-ALANINAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.00 Å R-free 0.230 |
| 1W14 UROKINASE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR 提交 2004-06-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：RESIDUES 179-425
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 SH1 N-[(2-PHENYLETHYL)SULFONYL]-D-SERYL-N-[(1S)-4-[(DIAMINOMETHYLENE)AMINO]-1-(HYDROXYMETHYL)BUTYL]-L-ALANINAMIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.253 |
| 2FD6 Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A 提交 2005-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
31–152（122 aa）
片段：Amino terminal residues 31-152
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.276 |
| 2FD6 Structure of Human Urokinase Plasminogen Activator in Complex with Urokinase Receptor and an anti-upar antibody at 1.9 A 提交 2005-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
31–152（122 aa）
片段：Amino terminal residues 31-152
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS；pH 6.5；298 K；4% PEG4000, 5% ethylene glycol, 5% methanol, 0.05% sodium azide, 50 mM cacodylate, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 298K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.276 |
| 2I9A Crystal structure of the free aminoterminal fragment of urokinase type plasminogen activator (ATF) 提交 2006-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
21–163（143 aa）
片段：N-terminal fragment of urokinase, residues 21-163
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；1.2 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M potassium hydrogen phosphate, 200 mM lithium sulfate, 100 mM CHES, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.208 |
| 2I9A Crystal structure of the free aminoterminal fragment of urokinase type plasminogen activator (ATF) 提交 2006-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
21–163（143 aa）
片段：N-terminal fragment of urokinase, residues 21-163
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；1.2 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M potassium hydrogen phosphate, 200 mM lithium sulfate, 100 mM CHES, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.208 |
| 2I9A Crystal structure of the free aminoterminal fragment of urokinase type plasminogen activator (ATF) 提交 2006-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
21–163（143 aa）
片段：N-terminal fragment of urokinase, residues 21-163
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；1.2 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M potassium hydrogen phosphate, 200 mM lithium sulfate, 100 mM CHES, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.208 |
| 2I9A Crystal structure of the free aminoterminal fragment of urokinase type plasminogen activator (ATF) 提交 2006-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
21–163（143 aa）
片段：N-terminal fragment of urokinase, residues 21-163
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；1.2 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M potassium hydrogen phosphate, 200 mM lithium sulfate, 100 mM CHES, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.208 |
| 2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
21–163（143 aa）
片段：ATF, residues 21-163
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
21–163（143 aa）
片段：ATF, residues 21-163
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
21–163（143 aa）
片段：ATF, residues 21-163
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 2I9B Crystal structure of ATF-urokinase receptor complex 提交 2006-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
21–163（143 aa）
片段：ATF, residues 21-163
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；22.5% w/v PEG3350, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.265 |
| 2VIN Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
|
突变：YES | ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 505 (2R)-1-(2,6-dimethylphenoxy)propan-2-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.05M COMPOUND, 27.5% PEG4000, 0.2M HEPES PH=6.6, 0.1M (NH4)(CH3COO)
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.235 |
| 2VIO Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
|
突变：YES | ACT ACETATE ION × 1 L1O 4-(2-aminoethoxy)-3,5-dichlorobenzoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.05M COMPOUND, 28% PEG4000, 0.29M HEPES PH=6.6, 5% GLYCEROL
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.250 |
| 2VIP Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
|
突变：YES | ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 L1R 4-(2-AMINOETHOXY)-3,5-DICHLORO-N-[3-(1-METHYLETHOXY)PHENYL]BENZAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.01M COMPOUND, 28% PEG4000, 0.29M HEPES PH=6.6, 5% GLYCEROL, 0.001M NA(CH3COO), 0.001M (NH4)2SO4, 10% DMSO
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.237 |
| 2VIQ Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
|
突变：YES | ACT ACETATE ION × 1 D55 4-(2-aminoethoxy)-N-(2,5-diethoxyphenyl)-3,5-dimethylbenzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.04M COMPOUND, 28% PEG4000, 5% GLYCEROL, 0.29M BISTRIS PH=6.6, 0.001M NA(CH3COO), 0.001M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.264 |
| 2VIV Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
|
突变：YES | ACT ACETATE ION × 1 VG2 4-(2-aminoethoxy)-N-(3-chloro-5-piperidin-1-ylphenyl)-3,5-dimethylbenzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.04M COMPOUND, 28% PEG4000, 5% GLYCEROL, 0.29M BISTRIS PH=6.6, 0.001M NA(CH3COO), 0.001M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.238 |
| 2VIW Fragment-Based Discovery of Mexiletine Derivatives as Orally Bioavailable Inhibitors of Urokinase-Type Plasminogen Activator 提交 2007-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–431（253 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 179-431
|
突变：YES | ACT ACETATE ION × 1 D56 4-(2-aminoethoxy)-N-(3-chloro-2-ethoxy-5-piperidin-1-ylphenyl)-3,5-dimethylbenzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 22-24% PEG4000, 0.17M (NH4)2SO4, 15% GLYCEROL, 0.1M NA(CH3COO) PH=4.0; THEN SOAKED IN 0.001M COMPOUND, 28% PEG4000, 5% GLYCEROL, 0.29M BISTRIS PH=6.6, 0.001M NA(CH3COO), 0.001M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.260 |
| 2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
156–431（276 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
|
未记录 | QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.295 |
| 2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
156–431（276 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
|
未记录 | QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.295 |
| 2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
156–431（276 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
|
未记录 | QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.295 |
| 2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
156–431（276 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
|
未记录 | QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.295 |
| 2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
156–431（276 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
|
未记录 | QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.295 |
| 2VNT Urokinase-Type Plasminogen Activator Inhibitor Complex with a 1-(7- SULPHOAMIDOISOQUINOLINYL)GUANIDINE 提交 2008-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
156–431（276 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 156-431
|
未记录 | QGG 1-({4-CHLORO-1-[(DIAMINOMETHYLIDENE)AMINO]ISOQUINOLIN-7-YL}SULFONYL)-D-PROLINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.20 Å R-free 0.295 |
| 3BT1 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
21–153（133 aa）
片段：urokinase amino terminal fragment, Urokinase-type plasminogen activator long chain A, UNP residues 21-153
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；12% PEG 3350, 50mM HEPES pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.308 |
| 3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
21–153（133 aa）
片段：urokinase amino terminal fragment, Urokinase-type plasminogen activator long chain A, UNP residues 21-153
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.272 |
| 3BT2 Structure of urokinase receptor, urokinase and vitronectin complex 提交 2007-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
21–153（133 aa）
片段：urokinase amino terminal fragment, Urokinase-type plasminogen activator long chain A, UNP residues 21-153
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICRODIALYSIS；pH 7.5；295 K；8% PEG 4000, 2.5% ethanol, 0.05% sodium azide, 50mM cacodylate pH 6.5, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 295K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.272 |
| 3KGP Crystal Structures of Urokinase-type Plasminogen Activator in Complex with 4-(Aminomethyl) Benzoic Acid and 4-(Aminomethyl-phenyl)-methanol 提交 2009-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–431（253 aa）
片段：C-terminal domain, UNP residues 179-431
|
突变：C122A, N145Q | 4AZ 4-(aminomethyl)benzoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M sodium citrate, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, 5% PEG 400, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.274 |
| 3KHV Crystal Structures of Urokinase-type Plasminogen Activator in Complex with 4-(Aminomethyl) Benzoic Acid and 4-(Aminomethyl-phenyl)-methanol 提交 2009-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–431（253 aa）
片段：C-terminal domain, UNP residues 179-431
|
突变：C122A, N145Q | 4AL [4-(aminomethyl)phenyl]methanol × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M sodium citrate, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, 5% PEG 400, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.293 |
| 3KID The Crystal Structures of 2-Aminobenzothiazole-based Inhibitors in Complexes with Urokinase-type Plasminogen Activator 提交 2009-11-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
片段：C-terminal domain, UNP residues 179-431
|
突变：C122A, N145Q | 2BS ethyl 2-amino-1,3-benzothiazole-6-carboxylate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M sodium citrate, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, 5% PEG 400, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.275 |
| 3M61 Crystal structure of complex of urokinase and a upain-1 variant(W3A) in pH4.6 condition 提交 2010-03-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–431（253 aa）
片段：C-terminal domain, UNP residues 179-431
|
突变：C122A, N145Q | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.60, 5% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.243 |
| 3MHW The complex crystal Structure of Urokianse and 2-Aminobenzothiazole 提交 2010-04-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：C-terminal domain, UNP residues 179-425
|
突变：C122S | SO4 SULFATE ION × 1 ABV 1,3-benzothiazol-2-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M sodium citrate, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, 5% PEG 400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.234 |
| 3MWI The complex crystal Structure of Urokianse and 5-nitro-1H-indole-2-amidine 提交 2010-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–424（246 aa）
片段：C-terminal domain, UNP residues 179-424
|
突变：C122A | B25 5-nitro-1H-indole-2-carboximidamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M sodium citrate, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, 5% PEG 400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.297 |
| 3OX7 The crystal structure of uPA complex with peptide inhibitor MH027 at pH4.6 提交 2010-09-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–431（253 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 179-431
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.05M SODIUM CITRATE, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NAN3, 5% PEG 400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.230 |
| 3OY5 The crystal structure of uPA complex with peptide inhibitor MH027 at pH7.4 提交 2010-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–431（253 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 179-431
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；298 K；100mM Tris-Hcl, 2.0M (NH4)2SO4, 0.05% NAN3, 5% PEG 400, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.231 |
| 3OY6 The crystal structure of uPA complex with peptide inhibitor MH036 at pH4.6 提交 2010-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–431（253 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 179-431
|
突变：C122A, N145Q | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；298 K；0.05M SODIUM CITRATE, 1.95M (NH4)2SO4, 0.05% NAN3, 5% PEG 400, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.263 |
| 3QN7 Potent and selective bicyclic peptide inhibitor (UK18) of human urokinase-type plasminogen activator(uPA) 提交 2011-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–431（253 aa）
片段：Catalytic domain, Urokinase-type plasminogen activator chain B
|
突变：C122A, N145Q | ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.3；293 K；2M ammonium sulfate, 0.05M sodium citrate, 5%(v/v) PEG 400, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.252 |
| 3U73 Crystal structure of stabilized human uPAR mutant in complex with ATF 提交 2011-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
21–152（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；295 K；0.2M NaCl, 100mM HEPES, pH7.4, 1.8 M ammonium sulfate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.0K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.258 |
| 4DVA The crystal structure of human urokinase-type plasminogen activator catalytic domain 提交 2012-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–424（246 aa）
片段：catalytic domain
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, 5% PEG400, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.244 |
| 4DW2 The crystal structure of uPA in complex with the Fab fragment of mAb-112 提交 2012-02-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 U
179–424（246 aa）
片段：catalytic domain, UNP RESIDUES 179-424
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；25% (w/v) PEG 2000 MME, 100mM Tris-HCl (pH 8.0), 0.21M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.97 Å R-free 0.300 |
| 4FU7 Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 1UP 2-[(7-carbamimidoyl-2-methoxynaphthalen-1-yl)oxy]acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 4FU8 Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | 2UP naphthalene-2-carboximidamide × 1 ACT ACETATE ION × 2 SIN SUCCINIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.239 |
| 4FU9 Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 SIN SUCCINIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 6 ACT ACETATE ION × 2 675 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-PHENYL-2-NAPHTHAMIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291 - 298.0K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.182 |
| 4FUB Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | 4UP 6-[(2S,3S)-3-phenyloxiran-2-yl]naphthalene-2-carboximidamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 6 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 ACT ACETATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.187 |
| 4FUC Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | 239 6-[(Z)-AMINO(IMINO)METHYL]-N-[4-(AMINOMETHYL)PHENYL]-2-NAPHTHAMIDE × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.187 |
| 4FUD Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | 6UP 8-aminonaphthalene-2-carboximidamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 3 SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.220 |
| 4FUE Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | 7UP 6-(1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-6-ylethynyl)naphthalene-2-carboximidamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.190 |
| 4FUF Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | 8UP 8-(3-bromopropoxy)-7-methoxynaphthalene-2-carboximidamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 ACT ACETATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.202 |
| 4FUG Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | 9UP methyl (7-carbamimidoylnaphthalen-1-yl)carbamate × 1 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.203 |
| 4FUH Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | 1U2 6-[(phenylcarbamoyl)amino]naphthalene-2-carboximidamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 7 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.183 |
| 4FUI Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | UI3 7-METHOXY-8-[1-(METHYLSULFONYL)-1H-PYRAZOL-4-YL]NAPHTHALENE-2-CARBOXIMIDAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 NA SODIUM ION × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.209 |
| 4FUJ Crystal Structure of the Urokinase 提交 2012-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
179–424（246 aa）
|
未记录 | 1U9 6-{(E)-2-[3-(2-hydroxyethyl)phenyl]ethenyl}naphthalene-2-carboximidamide × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.15 M Li2SO4, 20% polyethylene glycol MW 4000 in succinate buffer, pH 4.8-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291 - 298.0K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.205 |
| 4GLY Human urokinase-type plasminogen activator uPA in complex with the two-disulfide bridge peptide UK504 提交 2012-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, UROKINASE-TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8M Ammonium sulfate, 5% PEG400, 0.05% Sodium azide, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.204 |
| 4H42 Synthesis of a Weak Basic uPA Inhibitor and Crystal Structure of Complex with uPA 提交 2012-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–426（248 aa）
片段：human urokinase-type plasminogen activator catalytic domain
|
突变：C122A, N145Q | 11E N-[(2-amino-1,3-benzothiazol-6-yl)carbonyl]glycine × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 50 mM sodium citrate pH 4.6 and 5% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.285 |
| 4JK5 Human urokinase-type Plasminogen Activator (uPA) in complex with a bicyclic peptide inhibitor (UK18-D-Ser) 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：Catalytic domain
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；293 K；50mM Na3(cit) pH 4.9, 5% v/v PEG400, 1.8M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.213 |
| 4JK6 Human urokinase-type Plasminogen Activator (uPA) in complex with a bicyclic peptide inhibitor (UK18-D-Aba) 提交 2013-03-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：Catalytic domain
|
突变：C299A, N322Q | SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；293 K；50mM Na3(cit) pH 4.9, 5% v/v PEG400, 1.8M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.205 |
| 4K24 Structure of anti-uPAR Fab ATN-658 in complex with uPAR 提交 2013-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
21–153（133 aa）
片段：UNP residues 21-153
|
未记录 | MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M HEPES pH 7.5, 55%(v/v) Tacsimate, 2%(v/v) 2-methyl-1,3-propanediol, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
|
分辨率 4.50 Å R-free 0.275 |
| 4MNV Crystal structure of bicyclic peptide UK729 bound as an acyl-enzyme intermediate to urokinase-type plasminogen activator (uPA) 提交 2013-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.25；291 K；21% PEG4000, 16% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.216 |
| 4MNW Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK749 提交 2013-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 ACT ACETATE ION × 1 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；22% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.171 |
| 4MNX Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK811 提交 2013-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 29N 1,1',1''-(1,3,5-triazinane-1,3,5-triyl)tripropan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；22% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.227 |
| 4MNY Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK903 提交 2013-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 29O N,N',N''-benzene-1,3,5-triyltris(2-bromoacetamide) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.25；291 K；20% PEG4000, 16% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.215 |
| 4MNY Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK903 提交 2013-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 29O N,N',N''-benzene-1,3,5-triyltris(2-bromoacetamide) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.25；291 K；20% PEG4000, 16% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.215 |
| 4OS1 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK601 (bicyclic 1) 提交 2014-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.227 |
| 4OS2 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK602 (bicyclic 1) 提交 2014-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.207 |
| 4OS4 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK603 (bicyclic 1) 提交 2014-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.214 |
| 4OS5 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK603 (bicyclic 2) 提交 2014-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.200 |
| 4OS6 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK604 (bicyclic 2) 提交 2014-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.186 |
| 4OS7 Crystal structure of urokinase-type plasminogen activator (uPA) complexed with bicyclic peptide UK607 (bicyclic) 提交 2014-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
179–423（245 aa）
片段：catalytic domain (UNP residues 179-423)
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；21% PEG4000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.198 |
| 4X0W The crystal structure of mupain-1-17 in complex with murinised human uPA 提交 2014-11-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：UNP RESIDUES 179-425
|
突变：H99Y, C122A, N145Q | MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 50 mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.272 |
| 4X1N The crystal structure of mupain-1-16 in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2014-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：UNP RESIDUES 179-425
|
突变：C299A, H272Y, N322Q | MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.276 |
| 4X1P The crystal structure of mupain-1-17 in complex with murinised human uPA at pH4.6 提交 2014-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：catalytic domain (UNP RESIDUES 179-425)
|
突变：H99Y, C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG400
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.211 |
| 4X1Q The crystal structure of mupain-1 in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2014-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：catalytic domain (UNP RESIDUES 179-425)
|
突变：H99Y, C122A, N145Q | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.287 |
| 4X1R The crystal structure of mupain-1-12 in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2014-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：catalytic domain (UNP RESIDUES 179-425)
|
突变：H99Y, C122A, N145Q | PL0 1-phenylguanidine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.273 |
| 4X1S The crystal structure of mupain-1-16-D9A in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2014-11-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：catalytic domain (UNP RESIDUES 179-425)
|
突变：H99Y, C122A, N145Q | MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.249 |
| 4XSK Structure of PAItrap, an uPA mutant 提交 2015-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–424（246 aa）
片段：UNP RESIDUES 162-407
|
突变：G37R, C122A, N145Q, S195A, R217L | SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.2 M ammonium sulfate, 5% PEG 400, 50 mM sodium citrate (pH 4.6)
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.209 |
| 4ZHL The crystal structure of mupain-1-IG in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2015-04-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：UNP RESIDUES 179-425
|
突变：H99Y, C122A, N145Q | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 4.6, 5% polyethylene glycol (PEG) 400
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.262 |
| 4ZHM The crystal structure of mupain-1--16-IG in complex with murinised human uPA at pH7.4 提交 2015-04-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：UNP RESIDUES 179-425
|
突变：H99Y, C122A, N145Q | MRZ piperidine-1-carboximidamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 4.6, 5% polyethylene glycol (PEG) 400
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.264 |
| 4ZKN The crystal structure of upain-1-W3A in complex with uPA at pH5.5 提交 2015-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：UNP residues 179-425
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；50 mM sodium citrate pH 4.6, 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG 400
|
分辨率 1.36 Å R-free 0.265 |
| 4ZKO The crystal structure of upain-1-W3A in complex with uPA at pH7.4 提交 2015-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：UNP residues 179-425
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；50 mM sodium citrate pH 4.6, 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG 400
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.225 |
| 4ZKR The crystal structure of upain-1-W3A in complex with uPA at pH9.0 提交 2015-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：UNP residues 179-425
|
突变：C122A, N145Q | SO4 SULFATE ION × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50 mM sodium citrate pH 4.6, 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG400
|
分辨率 1.36 Å R-free 0.234 |
| 4ZKS The crystal structure of upain-1-W3A in complex with inactive uPA (uPA-S195A) at pH7.4 提交 2015-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–425（247 aa）
片段：UNP residues 179-425
|
突变：C122A, N145Q, S195A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；50 mM sodium citrate pH 4.6, 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG400
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.245 |
| 5HGG Crystal structure of uPA in complex with a camelid-derived antibody fragment 提交 2016-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
179–424（246 aa）
片段：UNP residues 179-424
链 B
179–424（246 aa）
片段：UNP residues 179-424
|
突变：C122A, N145Q 突变：C122A, N145Q | GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 2 TWN (3S)-3-[(2S,3S,4R)-3,4-DIMETHYLTETRAHYDROFURAN-2-YL]BUTYL LAURATE × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；289 K；Sodium Phosphate dibasic, Ammonium Sulfate, MES, Tween 20
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.196 |
| 5WXF Crystal structure of uPA in complex with upain-2-2 提交 2017-01-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C299A/N322Q | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50 mM sodium citrate, pH 4.6, and 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.245 |
| 5WXO Crystal structure of uPA in complex with upain-2-2-W3A 提交 2017-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C299A/N322Q | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.221 |
| 5WXP Crystal structure of uPA in complex with upain-2-3-W3A 提交 2017-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C299A/N322Q | ALA ALANINE × 1 CYS CYSTEINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.249 |
| 5WXQ Crystal structure of uPA in complex with upain-2-4 提交 2017-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C299A/N322Q | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.212 |
| 5WXR Crystal structure of uPA in complex with upain-2-4-W3A 提交 2017-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C299A/N322Q | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.234 |
| 5WXS Crystal structure of uPA in complex with S2444 提交 2017-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C299A/N322Q | 7YF (2R)-N-[2-[[(2S)-5-carbamimidamido-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-5-oxidanylidene-1,2-dihydropyrrole-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.266 |
| 5WXT Crystal structure of uPA-S195A in complex with S2444 提交 2017-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C299A/N322Q/S376A | 7YR 5-oxo-D-prolylglycyl-N-(4-nitrophenyl)-L-argininamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50 mM sodium citrate, pH 4.6, and 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.266 |
| 5XG4 Crystal structure of uPA in complex with quercetin 提交 2017-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–424（246 aa）
片段：UNP residues 179-424
|
未记录 | QUE 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE × 1 PG6 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate at pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.258 |
| 5YC6 The crystal structure of uPA in complex with 4-Bromobenzylamirne at pH4.6 提交 2017-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–424（246 aa）
片段：Urokinase-type plasminogen activator chain B, UNP residues 179-324
|
未记录 | PZH 1-(4-BROMOPHENYL)METHANAMINE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate (pH 4.6), 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG 400
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.228 |
| 5YC7 The crystal structure of uPA in complex with 4-Bromobenzylamirne at pH7.4 提交 2017-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–424（246 aa）
片段：Urokinase-type plasminogen activator chain B, UNP residues 179-324
|
未记录 | PZH 1-(4-BROMOPHENYL)METHANAMINE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate (pH 4.6), 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG 400
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.262 |
| 5Z1C The crystal structure of uPA in complex with 4-Iodobenzylamine at pH7.4 提交 2017-12-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–423（245 aa）
|
突变：C299U,N322U | ZXI 1-(4-iodophenyl)methanamine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate (pH 4.6), 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% PEG 400
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.143 |
| 5ZA7 uPA-HMA 提交 2018-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | HMX 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-[bis(azanyl)methylidene]-6-chloranyl-pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.227 |
| 5ZA8 uPA-BB2-27F 提交 2018-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | 27I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(1-methylpyrazol-4-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.233 |
| 5ZA9 uPA-BB2-50F 提交 2018-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | 50I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-6-(1-benzofuran-2-yl)-Ncarbamimidoyl-pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.236 |
| 5ZAE uPA-6F-HMA 提交 2018-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | EAU 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(furan-2-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.276 |
| 5ZAF uPA-BB2-28F 提交 2018-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
162–414（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | 28I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(furan-3-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.236 |
| 5ZAG uPA-BB2-94F 提交 2018-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | 94I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-pyrimidin-5-yl-pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.225 |
| 5ZAH uPA-BB2-30F 提交 2018-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | 30I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(2-methoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.268 |
| 5ZAJ uPA-31F 提交 2018-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | 32I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.239 |
| 5ZC5 uPA-NU-09F 提交 2018-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | 09I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(4-fluoranyl-1-benzofuran-2-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.235 |
| 6AG2 uPA-HMA 提交 2018-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | 9X9 3,5-bis(azanyl)-N-carbamimidoyl-6-(2-methoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate (pH 4.6), 5% PEG 400
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.252 |
| 6AG3 Crystal structure of uPA in complex with 3,5-bis(azanyl)-N-carbamimidoyl-6-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide 提交 2018-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | 9XC 3,5-bis(azanyl)-N-carbamimidoyl-6-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.267 |
| 6AG7 The crystal structure of uPA in complex with HMA-55F 提交 2018-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–423（245 aa）
|
未记录 | H55 3,5-diamino-N-carbamimidoyl-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50 mM sodium citrate, pH 4.6, and 2.0 M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 6AG9 Crystal structure of uPA in complex with 3,5-bis(azanyl)-6-(1-benzofuran-2-yl)-N-carbamimidoyl-pyrazine-2- carboxamide 提交 2018-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–431（253 aa）
|
突变：C122A, N145Q | 9XF 3,5-bis(azanyl)-6-(1-benzofuran-2-yl)-N-carbamimidoyl-pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate, pH 4.6, 2.0M ammonium sulfate supplemented with 5% polyethylene glycol 400
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.206 |
| 6JYP Crystal structure of uPA_H99Y in complex with 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-[bis(azanyl)methylidene]-6-chloranyl-pyrazine-2-carboxamide 提交 2019-04-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–424（246 aa）
|
突变：H99Y,C122A,N145Q | HMX 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-[bis(azanyl)methylidene]-6-chloranyl-pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.05M sodium citrate at pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.254 |
| 6JYQ Crystal structure of uPA_H99Y in complex with 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(furan-2-yl)pyrazine-2-carboxamide 提交 2019-04-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–424（246 aa）
|
突变：H99Y,C122A,N145Q | EAU 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(furan-2-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.05M sodium citrate at pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5% PEG 400
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.263 |
| 6L04 Crystal structure of uPA_H99Y in complex with 31F 提交 2019-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–423（245 aa）
|
突变：H99Y,C122A,N145Q | 32I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-N-carbamimidoyl-6-(2,4-dimethoxypyrimidin-5-yl)pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate at pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5%
PEG 400
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.217 |
| 6L05 Crystal structure of uPA_H99Y in complex with 50F 提交 2019-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–423（245 aa）
|
突变：H99Y,C122A,N145Q | 50I 3-azanyl-5-(azepan-1-yl)-6-(1-benzofuran-2-yl)-Ncarbamimidoyl-pyrazine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；50mM sodium citrate at pH 4.6, 1.95M (NH4)2SO4, 0.03% NaN3, 5%
PEG 400
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.261 |
| 6NMB Tranexamic Acid is an Active Site Inhibitor of Urokinase Plasminogen Activator 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
164–431（268 aa）
片段：UNP residues 164-431
|
未记录 | NO3 NITRATE ION × 1 AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris bicine, 25% v/v PEG500, 10% v/v PEG20000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.271 |
| 6NMB Tranexamic Acid is an Active Site Inhibitor of Urokinase Plasminogen Activator 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
164–431（268 aa）
片段：UNP residues 164-431
|
未记录 | NO3 NITRATE ION × 1 AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris bicine, 25% v/v PEG500, 10% v/v PEG20000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.271 |
| 6NMB Tranexamic Acid is an Active Site Inhibitor of Urokinase Plasminogen Activator 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
164–431（268 aa）
片段：UNP residues 164-431
|
未记录 | NO3 NITRATE ION × 1 AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris bicine, 25% v/v PEG500, 10% v/v PEG20000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.271 |
| 6NMB Tranexamic Acid is an Active Site Inhibitor of Urokinase Plasminogen Activator 提交 2019-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
164–431（268 aa）
片段：UNP residues 164-431
|
未记录 | NO3 NITRATE ION × 1 AMH TRANS-4-AMINOMETHYLCYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris bicine, 25% v/v PEG500, 10% v/v PEG20000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.271 |
| 6XVD Crystal structure of complex of urokinase and a upain-1 variant(W3F) in pH7.4 condition 提交 2020-01-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 U
162–414（253 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.05 M sodium citrate at pH 4.5, 1.95 M (NH4)2SO4, 0.05% NaN3, and 5% PEG400
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.203 |
| 7DZD Crystal structure of uPA in complex with cleaved camostat 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–423（245 aa）
|
突变：C122A,N145Q | GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate pH 4.6, 5% PEG 400
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.231 |
| 7VM4 Crystal structure of uPA in complex with nafamostat 提交 2021-10-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–423（245 aa）
|
未记录 | GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 5% PEG400, 20 mM sodium citrate, pH 4.6
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.224 |
| 7VM5 Crystal structure of uPA in complex with 4-guanidinobenzoic acid 提交 2021-10-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–424（246 aa）
|
未记录 | PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 5% PEG 400, 20 mM sodium citrate, pH 4.6
|
分辨率 1.97 Å R-free 0.247 |
| 7VM6 Crystal structure of uPA in complex with 6-amidino-2-naphthol 提交 2021-10-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–426（248 aa）
|
未记录 | 7R8 6-oxidanylnaphthalene-2-carboximidamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 5% PEG 400, 20 mM sodium citrate, pH 4.6
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.243 |
| 7VM7 Crystal structure of inactive uPA in complex with nafamostat 提交 2021-10-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 U
179–423（245 aa）
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未记录 | 7RF (6-carbamimidoylnaphthalen-2-yl) 4-carbamimidamidobenzoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 5% PEG 400, 20 mM sodium citrate, pH 4.6
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.242 |
| 7ZRR Crystal structure of human Urokinase-type plasminogen activator in complex with bicycle peptide inhibitor UK965 提交 2022-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
154–431（278 aa）
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未记录 | 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NH2 AMINO GROUP × 1 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.3；293 K；5% PEG400, 50mM Citrato pH 4.3, 1.8 M (NH4)2SO4, 20% Ethylene glycol
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.239 |
| 7ZRT Crystal structure of human Urokinase-type plasminogen activator in complex with bicycle peptide inhibitor UK970 提交 2022-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
162–414（253 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 ZBR 1,3,5-tris(bromomethyl)benzene × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.3；293 K；7% PEG400, 50mM Citrato, 1.8 M (NH4)2SO4; 20% Ethylene glycol
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分辨率 1.80 Å R-free 0.229 |
| 9PYF uPA Inhibitory Fab AB2 Complex 提交 2025-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
156–425（270 aa）
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突变：C122A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298.15 K；For crystallization purposes, uPA was co-incubated with AB2 in a 1:1 stoichiometric ratio for 1h and co-purified using size-exclusion chromatography. The complex co-eluted was concentrated to 15 mg/mL.Crystallization drops were produced by mixing 0.1 uL of uPA-AB2 solution with 0.1 uL of the respective crystallization solution. A single crystal was produced using a solution containing 0.2 M diammonium hydrogen citrate (Salt) and 20 percent PEG 3350 and incubating the experiment for 14 days at room temperature.
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分辨率 2.90 Å R-free 0.300 |
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| UniProt名称 | UROK_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 U； PDB构建体 1–262； UniProt 164–425 |
